目的:運用生物信息學(xué)方法篩選宮頸癌（CC）樞紐基因,并挖掘CC預(yù)后分析的潛在分子標(biāo)志。方法:選取基因表達數(shù)據(jù)庫（GEO）中CC表達數(shù)據(jù)集,利用R語言中的軟件包篩選CC組織與正常宮頸組織中存在的差異表達基因（DEGs）;并進行基因本體（GO）分析、基因組百科全書（KEGG）通路分析、蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、Cytoscape軟件尋找樞紐基因、The Kaplan Meier plotter網(wǎng)站繪制樞紐基因生存曲線圖,采用腫瘤基因組圖譜（TCGA）數(shù)據(jù)庫的UALCAN在線數(shù)據(jù)庫驗證CC患者樞紐基因的表達,采用人類蛋白質(zhì)圖譜（HPA）數(shù)據(jù)庫分析相關(guān)蛋白的免疫組織化學(xué)結(jié)果。結(jié)果:鑒定219個上調(diào)基因和182個下調(diào)基因,KEGG通路分析結(jié)果顯示差異表達基因主要富集在細胞周期、DNA復(fù)制、卵母細胞減數(shù)分裂、p53信號通路及花生四烯酸代謝等通路;篩選出的樞紐基因CDK1、KIF11、CCNB1、CDC45及CXCL8在CC中表達上調(diào)（P <0. 05）,并與CC患者總體生存率（OS）相關(guān)（P <0. 05）,同時在TCGA數(shù)據(jù)庫中樞紐基因的表達趨勢與GEO數(shù)據(jù)庫中相同（P &l... 

【文章來源】：貴州醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 2020,45(12)

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【部分圖文】：

GSE7803、GSE9750及GSE63514差異表達基因的火山圖

GO分析結(jié)果顯示，DEGs的細胞定位主要在染色體、無膜細胞器、角質(zhì)包膜及紡錘體中。在生物學(xué)過程的分析中，DEGs與細胞周期、有絲分裂細胞周期、細胞周期過程及M期有關(guān);DEGs的分子功能主要富集在絲氨酸型內(nèi)肽酶活性、絲氨酸型肽酶活性、絲氨酸水解酶活性、細胞周期素依賴性蛋白激酶調(diào)節(jié)活性及內(nèi)肽酶活性(表2)。DEGs的KEGG通路富集結(jié)果顯示，細胞周期、DNA復(fù)制、卵母細胞減數(shù)分裂、p53信號通路及花生四烯酸代謝是主要途徑(表3)。2.3 樞紐基因的篩選及PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

401個DEGs被用于構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)，結(jié)果表明，PPI網(wǎng)絡(luò)具有明顯高于預(yù)期的交互作用(P<1.0×10-16)，節(jié)點數(shù)為398，邊緣數(shù)為4 899。經(jīng)過12種算法的計算，由于第11個基因與第10個基因在12種算法中出現(xiàn)次數(shù)相同，故本研究共篩選出11個樞紐基因(CDK1、KIF11、BUB1B、CCNB1、CC-ND1、CDC20、CDC45、CXCL8、ECT2、ESR1及TOP2A，表4)，其中除了ESR1和CCND1基因在CC組織中表達下調(diào)外，其余基因表達上調(diào);11個樞紐基因重新導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫后構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)顯示蛋白間有較高的交互作用(P=1.95×10-10，圖3)。2.4 樞紐基因的生存分析及TCGA數(shù)據(jù)庫驗證樞紐基因的表達結(jié)果

【參考文獻】：
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