[目的]了解昭通市昭陽區(qū)2016年新報(bào)告HIV-1陽性人群基因型、亞型分布特征,為該地區(qū)后續(xù)HIV-1毒株傳播規(guī)律和流行趨勢(shì)的研究提供依據(jù);了解2016年昭陽區(qū)新報(bào)告HIV-1陽性人群（未經(jīng)抗病毒治療）原發(fā)耐藥毒株流行情況,探索各主要流行亞型與HIV-1耐藥發(fā)生和流行的關(guān)系,為首選治療方案的制定提供參考,為更好地開展抗病毒治療提供科學(xué)依據(jù)。[方法]本研究采用橫斷面調(diào)查方式對(duì)2016年云南省昭通市昭陽區(qū)境內(nèi)新報(bào)告的HIV-1陽性人群進(jìn)行流行病學(xué)調(diào)查,并采集抗凝全血,分離血漿,使用RNA核酸提取試劑盒提取核酸并進(jìn)行RT-PCR和Nested-PCR擴(kuò)增HIV-1env和pol基因序列片段,擴(kuò)增產(chǎn)物送至昆明擎科公司測(cè)序,測(cè)序結(jié)果使用SeqMan軟件進(jìn)行序列拼接和處理;使用MEGA軟件進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建和使用SimPlot軟件對(duì)基因序列進(jìn)行重組分析;將pol基因序列片段提交至美國斯坦福大學(xué)耐藥數(shù)據(jù)庫HIV Drug Resistance Database （http://hivdb.stanford.edu/）進(jìn)行耐藥性分析,使用SPSS17.0軟件分析HIV-1陽性人群流行病學(xué)特征和分子流行... 

【文章來源】：昆明醫(yī)科大學(xué)云南省

【文章頁數(shù)】：69 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖３?ｐｏｌ區(qū)巢式ＰＣＲ原理??

圖２?ｅｎｖ區(qū)巢式ＰＣＲ原理??（方格表示帶擴(kuò)增的目的基因片段，下方數(shù)據(jù)表示參考序列ＨＸＢ２上的位置，紅色箭??頭表示第一輪擴(kuò)增引物，綠色箭頭表示第二輪擴(kuò)增引物，同時(shí)綠色箭頭表示測(cè)序引物。）??②ｐｏ丨區(qū)一步法ＲＴ－ＰＣＲ??原理及及參考序列ＨＸＢ２位置：通過從患者血漿標(biāo)本中分離得到病毒ＲＮＡ，??然后通過ＲＴ－ＰＣＲ對(duì)基因序列中ｐｏｌ區(qū)約１１７９ｂｐ目的基因先進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄再使用??ＴａＫａＲａ?Ｏｎｅ?Ｓｔｅｐ?ＲＴ－ＰＣＲ?（ＡＭＶ）試劑盒和一對(duì)靶序列的外側(cè)引物擴(kuò)增從而提高??模板量，然后采用Ｐｒｅｍｉｘ?Ｅｘ?Ｔａｑ?Ｖｅｒｓｉｏｎ?２．０?ｐｌｕｓ?ｄｙｅ試劑和一對(duì)內(nèi)側(cè)引物擴(kuò)增得??到特異產(chǎn)物，見圖３。根據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道［５６］，使用相關(guān)研宄所用的引物、配置反應(yīng)體??系、設(shè)定反應(yīng)條件進(jìn)行試驗(yàn)。??ｒ??（?ｈｃＣＩＳ?：ｔＡ：?ｖ??Ｒ＞Ｂ?．??ｍ，ｉ?ｖ?’??：ｉｖ

??后從電泳槽內(nèi)取出，置于全自動(dòng)凝膠成像系統(tǒng)下觀察條帶并拍照保存，見圖４。??＾＾＾．．；２?Ｊ?｝?＾?ｏ?ｆｌ??圖４?ＨＩＶ－１?ｅｎｖ，ｐｏｌ基因片段ＰＣＲ擴(kuò)增產(chǎn)物結(jié)果??（Ｍ１０００，?Ｍ２０００?分別為?ｌＯＯＯｂｐ，２０００ｂｐＤＮＡ?Ｌａｄｄｅｒ?Ｍａｒｋｅｒ，?１?為陽性對(duì)照，２?為??陰性對(duì)照，３－２２為樣品）??（６）?ＰＣＲ擴(kuò)增產(chǎn)物序列測(cè)定??挑�。校茫谊栃詷颖舅椭晾ッ鞔T擎公司完成ＰＣＲ產(chǎn)物純化及序列測(cè)定，ｅｎｖ??區(qū)擴(kuò)增產(chǎn)物長度為５３９ｂｐ，雙向測(cè)序，測(cè)序引物為第二輪擴(kuò)增引物，見表Ｋｐｏｌ??區(qū)擴(kuò)增長度為１１７９ｂｐ，包含蛋白酶基因全長９９個(gè)氨基酸和逆轉(zhuǎn)錄酶區(qū)至少前??３００個(gè)氨基酸，正向測(cè)序，測(cè)序引物，見表１。???表１?ｅｎｖ區(qū)、ｐｏｌ區(qū)所用測(cè)序引物序列???引物名稱?引物序列?方向相對(duì)位置??ｅｎｖ－３３ＦＭ＊?５


本文編號(hào)：3211353