低溫脅迫下意大利蜜蜂預蛹的差異表達基因趨勢分析
發(fā)布時間:2021-05-17 04:47
【目的】蜜蜂是典型的具有發(fā)育狹溫性的全變態(tài)昆蟲。本研究以對低溫最敏感的意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica預蛹為研究對象,通過低溫脅迫不同時間的差異表達基因(differentially expressed genes, DEGs)趨勢分析,探討低溫脅迫對蜜蜂發(fā)育影響的關鍵基因!痉椒ā繉3日齡意大利蜜蜂封蓋子預蛹進行20℃低溫脅迫18 h(T18)和36 h(T36),以未經低溫脅迫的預蛹為對照(CK),通過Illumina HiSeqTM平臺進行轉錄組學測定。利用Short Time-series Expression Miner(STEM)軟件對2個處理組與對照組比較共有的差異表達基因進行趨勢分析,再進一步對顯著富集趨勢模式中富集的差異表達基因進行GO分類和KEGG pathway分析。利用RT-qPCR對隨機挑選的5個DEGs的表達模式進行驗證!窘Y果】對檢測到1 062個T18 vs CK和T36 vs CK共有的DEGs進行趨勢分析,發(fā)現3個顯著的基因表達模式,包括2個上調表達模式(Profile 6,有539個基因;Profil...
【文章來源】:昆蟲學報. 2020,63(06)北大核心CSCD
【文章頁數】:9 頁
【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1 供試蜜蜂
1.2 高通量測序及測序數據質量評估
1.3 差異表達基因趨勢分析
1.4 差異表達基因GO及KEGG pathway富集分析
1.5 RT-qPCR基因驗證
1.6 數據分析
2 結果
2.1 測序結果質量
2.2 差異表達基因趨勢
2.3 差異表達基因的GO分類
2.4 差異表達基因的KEGG pathway富集分析
2.5 差異表達基因的RT-qPCR驗證
3 討論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]準噶爾小胸鱉甲短時低溫脅迫響應的轉錄組分析[J]. 庫爾班·吐松,陸雪瑩,劉小寧,馬紀. 昆蟲學報. 2016(06)
[2]低溫導致中華蜜蜂后翅翅脈的新變異[J]. 周冰峰,朱翔杰,李月. 生態(tài)學報. 2011(05)
本文編號:3191107
【文章來源】:昆蟲學報. 2020,63(06)北大核心CSCD
【文章頁數】:9 頁
【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1 供試蜜蜂
1.2 高通量測序及測序數據質量評估
1.3 差異表達基因趨勢分析
1.4 差異表達基因GO及KEGG pathway富集分析
1.5 RT-qPCR基因驗證
1.6 數據分析
2 結果
2.1 測序結果質量
2.2 差異表達基因趨勢
2.3 差異表達基因的GO分類
2.4 差異表達基因的KEGG pathway富集分析
2.5 差異表達基因的RT-qPCR驗證
3 討論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]準噶爾小胸鱉甲短時低溫脅迫響應的轉錄組分析[J]. 庫爾班·吐松,陸雪瑩,劉小寧,馬紀. 昆蟲學報. 2016(06)
[2]低溫導致中華蜜蜂后翅翅脈的新變異[J]. 周冰峰,朱翔杰,李月. 生態(tài)學報. 2011(05)
本文編號:3191107
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