黃河鯉Gsdfs基因結(jié)構(gòu)、表達(dá)模式及其與miRNA靶標(biāo)關(guān)系的分析
發(fā)布時間:2021-05-11 05:23
TGF-β(transformation growth factor-β,TGF-β)超家族在脊椎動物的生殖、發(fā)育、生長等方面都有著重要的作用,Gsdf是TGF-β超家族的新成員,其僅僅在魚類中存在,并且在大多數(shù)的硬骨魚類的性腺中特異性表達(dá),成為魚類性別決定基因研究的一個強有力的候選基因,因此本實驗對黃河鯉中Gsdf基因從結(jié)構(gòu)到功能進(jìn)行了初步的研究。本研究首先從實驗室構(gòu)建的黃河鯉(Cyprinus carpio var)轉(zhuǎn)錄組庫中篩選出Gsdf基因序列,之后通過DNAman比對、Blast搜索、PCR測序驗證等方法確定2個正確的全長序列:Gsdf1,全長1444 bp,編碼154個氨基酸,有TGF-β結(jié)構(gòu)域以及8個保守的半胱氨酸殘基,含有4個外顯子和3個內(nèi)含子;Gsdf2,全長1355 bp,編碼191個氨基酸,有TGF-β結(jié)構(gòu)域以及8個保守的半胱氨酸殘基,含有5個外顯子和4個內(nèi)含子。氨基酸序列比對結(jié)果顯示黃河鯉的Gsdf1、Gsdf2和斑馬魚(Barchydanio rerio var)的Gsdf相似性最高,分別為49.3%和57.0%,但是和紅鰭東方鲀(Takifugu rubri...
【文章來源】:河南師范大學(xué)河南省
【文章頁數(shù)】:74 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
1 前言
1.1 魚類的性別決定
1.1.1 魚類的性染色體類型
1.1.2 魚類的性別決定的相關(guān)環(huán)境因素
1.1.3 魚類的性別決定基因
1.2 Gsdf(gonadal soma-derived factor)的研究進(jìn)展
1.2.1 TGF-β超家族的概述
1.2.2 Gsdf的結(jié)構(gòu)
1.2.3 Gsdf的功能研究
1.3 MicroRNA的研究進(jìn)展
1.3.1 miRNA的概述
1.3.2 miRNA與靶基因的相互作用機制
1.3.3 miR-22的研究進(jìn)展
1.3.4 miR-210的研究進(jìn)展
1.4 本研究的目的和意義
2 材料與方法
2.1 材料
2.1.1 實驗動物-黃河鯉
2.1.2 細(xì)胞系、宿主菌株和載體質(zhì)粒
2.1.3 儀器設(shè)備
2.1.4 主要試劑
2.1.5 主要溶液的配制
2.1.6 實驗中所用引物
2.2 方法
2.2.1 Gsdfs基因的生物信息學(xué)分析
2.2.2 RNA的提取和c DNA的合成
2.2.3 Quantitative real-time PCR(qRT-PCR)及數(shù)據(jù)分析
2.2.4 原位雜交
2.2.5 miRNA與靶基因關(guān)系的驗證
2.2.6 黃河鯉Gsdf1多克隆抗體的制備
2.2.7 miRNA mimics對離體性腺中Gsdf1表達(dá)的影響
2.2.8 統(tǒng)計學(xué)分析
3 結(jié)果
3.1 黃河鯉Gsdfs基因的生物信息學(xué)分析
3.1.1 Gsdfs基因的序列的驗證
3.1.2 Gsdfs基因的序列分析
3.1.3 Gsdfs基因氨基酸序列同源性分析
3.1.4 Gsdfs基因染色體同線性分析
3.1.5 Gsdfs基因轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點分析
3.2 黃河鯉Gsdfs基因表達(dá)模式分析
3.2.1 黃河鯉Gsdfs基因在胚胎中的表達(dá)模式
3.2.2 Gsdfs基因的時空表達(dá)模式
3.3 黃河鯉Gsdfs基因表達(dá)定位分析
3.3.1 黃河鯉Gsdfs mRNA在成熟性腺中的定位
3.3.2 黃河鯉Gsdfs mRNA胚胎整體原位雜交結(jié)果
3.4 miRNA與Gsdf1基因靶標(biāo)關(guān)系的驗證
3.4.1 miRNA與Gsdf1基因靶標(biāo)關(guān)系的離體驗證
3.4.2 Gsdf1基因與miRNA表達(dá)相關(guān)性分析
3.4.3 miRNA mimics對離體性腺中Gsdf1表達(dá)的影響
4 討論
4.1 黃河鯉Gsdfs基因的生物信息學(xué)分析
4.2 黃河鯉Gsdfs基表達(dá)模式及功能預(yù)測
4.3 黃河鯉中miRNA與Gsdf1基因靶標(biāo)關(guān)系的驗證
參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文目錄
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]紅鰭東方鲀gsdf基因的克隆及表達(dá)模式分析[J]. 閆紅偉,田雨順,姜麗楠,王連順,劉洋,劉奇,劉圣聰. 大連海洋大學(xué)學(xué)報. 2016(02)
[2]MicroRNA-195與Smad7靶向關(guān)系的研究[J]. 孔彪,沈冬麗,芮濤,張國輝. 江蘇大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版). 2015(04)
[3]shRNA沉默survivin對鼻咽癌CNE-2裸鼠移植瘤增殖和凋亡的影響[J]. 趙留芳,李曉江,馬靜,張楠,王虎. 臨床耳鼻咽喉頭頸外科雜志. 2013(08)
[4]microRNA與血液系統(tǒng)腫瘤的研究進(jìn)展[J]. 周玨宇,馬文麗,鄭文嶺. 醫(yī)學(xué)分子生物學(xué)雜志. 2006(02)
[5]溫度對泥鰍和大鱗副泥鰍性腺分化的影響和CYP19a基因的克隆與時空表達(dá)[J]. 南平,杜啟艷,燕帥國,常重杰. 中國水產(chǎn)科學(xué). 2005(04)
[6]大鱗副泥鰍ZZ/ZW型性別決定的細(xì)胞遺傳學(xué)證據(jù)[J]. 常重杰,余其興. 遺傳. 1997(03)
碩士論文
[1]雙熒光素酶報告基因檢測miR-185與AKT1靶標(biāo)關(guān)系[D]. 曹大龍.蚌埠醫(yī)學(xué)院 2015
[2]羅非魚gsdf在性腺的表達(dá)及其在性別決定中的功能[D]. 楊惠惠.西南大學(xué) 2014
本文編號:3180805
【文章來源】:河南師范大學(xué)河南省
【文章頁數(shù)】:74 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
1 前言
1.1 魚類的性別決定
1.1.1 魚類的性染色體類型
1.1.2 魚類的性別決定的相關(guān)環(huán)境因素
1.1.3 魚類的性別決定基因
1.2 Gsdf(gonadal soma-derived factor)的研究進(jìn)展
1.2.1 TGF-β超家族的概述
1.2.2 Gsdf的結(jié)構(gòu)
1.2.3 Gsdf的功能研究
1.3 MicroRNA的研究進(jìn)展
1.3.1 miRNA的概述
1.3.2 miRNA與靶基因的相互作用機制
1.3.3 miR-22的研究進(jìn)展
1.3.4 miR-210的研究進(jìn)展
1.4 本研究的目的和意義
2 材料與方法
2.1 材料
2.1.1 實驗動物-黃河鯉
2.1.2 細(xì)胞系、宿主菌株和載體質(zhì)粒
2.1.3 儀器設(shè)備
2.1.4 主要試劑
2.1.5 主要溶液的配制
2.1.6 實驗中所用引物
2.2 方法
2.2.1 Gsdfs基因的生物信息學(xué)分析
2.2.2 RNA的提取和c DNA的合成
2.2.3 Quantitative real-time PCR(qRT-PCR)及數(shù)據(jù)分析
2.2.4 原位雜交
2.2.5 miRNA與靶基因關(guān)系的驗證
2.2.6 黃河鯉Gsdf1多克隆抗體的制備
2.2.7 miRNA mimics對離體性腺中Gsdf1表達(dá)的影響
2.2.8 統(tǒng)計學(xué)分析
3 結(jié)果
3.1 黃河鯉Gsdfs基因的生物信息學(xué)分析
3.1.1 Gsdfs基因的序列的驗證
3.1.2 Gsdfs基因的序列分析
3.1.3 Gsdfs基因氨基酸序列同源性分析
3.1.4 Gsdfs基因染色體同線性分析
3.1.5 Gsdfs基因轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點分析
3.2 黃河鯉Gsdfs基因表達(dá)模式分析
3.2.1 黃河鯉Gsdfs基因在胚胎中的表達(dá)模式
3.2.2 Gsdfs基因的時空表達(dá)模式
3.3 黃河鯉Gsdfs基因表達(dá)定位分析
3.3.1 黃河鯉Gsdfs mRNA在成熟性腺中的定位
3.3.2 黃河鯉Gsdfs mRNA胚胎整體原位雜交結(jié)果
3.4 miRNA與Gsdf1基因靶標(biāo)關(guān)系的驗證
3.4.1 miRNA與Gsdf1基因靶標(biāo)關(guān)系的離體驗證
3.4.2 Gsdf1基因與miRNA表達(dá)相關(guān)性分析
3.4.3 miRNA mimics對離體性腺中Gsdf1表達(dá)的影響
4 討論
4.1 黃河鯉Gsdfs基因的生物信息學(xué)分析
4.2 黃河鯉Gsdfs基表達(dá)模式及功能預(yù)測
4.3 黃河鯉中miRNA與Gsdf1基因靶標(biāo)關(guān)系的驗證
參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文目錄
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]紅鰭東方鲀gsdf基因的克隆及表達(dá)模式分析[J]. 閆紅偉,田雨順,姜麗楠,王連順,劉洋,劉奇,劉圣聰. 大連海洋大學(xué)學(xué)報. 2016(02)
[2]MicroRNA-195與Smad7靶向關(guān)系的研究[J]. 孔彪,沈冬麗,芮濤,張國輝. 江蘇大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版). 2015(04)
[3]shRNA沉默survivin對鼻咽癌CNE-2裸鼠移植瘤增殖和凋亡的影響[J]. 趙留芳,李曉江,馬靜,張楠,王虎. 臨床耳鼻咽喉頭頸外科雜志. 2013(08)
[4]microRNA與血液系統(tǒng)腫瘤的研究進(jìn)展[J]. 周玨宇,馬文麗,鄭文嶺. 醫(yī)學(xué)分子生物學(xué)雜志. 2006(02)
[5]溫度對泥鰍和大鱗副泥鰍性腺分化的影響和CYP19a基因的克隆與時空表達(dá)[J]. 南平,杜啟艷,燕帥國,常重杰. 中國水產(chǎn)科學(xué). 2005(04)
[6]大鱗副泥鰍ZZ/ZW型性別決定的細(xì)胞遺傳學(xué)證據(jù)[J]. 常重杰,余其興. 遺傳. 1997(03)
碩士論文
[1]雙熒光素酶報告基因檢測miR-185與AKT1靶標(biāo)關(guān)系[D]. 曹大龍.蚌埠醫(yī)學(xué)院 2015
[2]羅非魚gsdf在性腺的表達(dá)及其在性別決定中的功能[D]. 楊惠惠.西南大學(xué) 2014
本文編號:3180805
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