第一部分加權基因共表達網絡（WGCNA）在肝癌基因表達譜中的應用目的:采用加權基因共表達網絡等生物信息學方法研究肝癌基因表達譜與臨床特征的關系。方法:從NCBI-GEO數據庫（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/）下載所有芯片數據及附帶的臨床信息,GSE14520為訓練集、GSE6764、GSE76427及GSE54236驗證集。對GSE14520原始數據CEL文件進行質量控制后,并用RMA算法對數據集進行背景校及標準化處理,利用R語言加載程序包“l(fā)imma”進行分析差異表達基因,采用“WGCNA”程序包構建加權基因共表達網絡,在模塊-特征關系圖中尋找最高相關性的顯著性模塊和臨床特征,利用函數函數“networkScreening”尋找模塊內樞紐基因,并結合蛋白質-蛋白質相互作用（protein-protein interaction,PPI）網絡篩選出關鍵基因。對篩選出的關鍵基因進行COX比例風險模型（proportional hazards model,簡稱COX模型）建模,并對模型進行預后預測,GSE6764驗證集對關鍵基因的臨床分期進行驗證、GSE... 

【文章來源】：武漢大學湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數】：92 頁

【學位級別】：博士

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引言
第一部分 加權基因共表達網絡（WGCNA）在肝癌基因表達譜中的應用
    1.1 前言
    1.2 材料與方法
    1.3 結果
    1.4 討論
第二部分 ABAT基因在肝癌中的表達水平及預后相關性
    2.1 前言
    2.2 材料與方法
    2.3 結果
    2.4 討論
第三部分 ABAT基因在肝癌細胞中的表達及功能研究
    3.1 前言
    3.2 材料與方法
    3.3 結果
    3.4 討論
全文總結
參考文獻
綜述
    參考文獻
攻博期間發(fā)表的科研成果
致謝



本文編號：3157660