第一部分加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)（WGCNA）在肝癌基因表達(dá)譜中的應(yīng)用目的:采用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)等生物信息學(xué)方法研究肝癌基因表達(dá)譜與臨床特征的關(guān)系。方法:從NCBI-GEO數(shù)據(jù)庫（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/）下載所有芯片數(shù)據(jù)及附帶的臨床信息,GSE14520為訓(xùn)練集、GSE6764、GSE76427及GSE54236驗(yàn)證集。對GSE14520原始數(shù)據(jù)CEL文件進(jìn)行質(zhì)量控制后,并用RMA算法對數(shù)據(jù)集進(jìn)行背景校及標(biāo)準(zhǔn)化處理,利用R語言加載程序包“l(fā)imma”進(jìn)行分析差異表達(dá)基因,采用“WGCNA”程序包構(gòu)建加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),在模塊-特征關(guān)系圖中尋找最高相關(guān)性的顯著性模塊和臨床特征,利用函數(shù)函數(shù)“networkScreening”尋找模塊內(nèi)樞紐基因,并結(jié)合蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（protein-protein interaction,PPI）網(wǎng)絡(luò)篩選出關(guān)鍵基因。對篩選出的關(guān)鍵基因進(jìn)行COX比例風(fēng)險模型（proportional hazards model,簡稱COX模型）建模,并對模型進(jìn)行預(yù)后預(yù)測,GSE6764驗(yàn)證集對關(guān)鍵基因的臨床分期進(jìn)行驗(yàn)證、GSE... 

【文章來源】：武漢大學(xué)湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：92 頁

【學(xué)位級別】：博士

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縮略詞表
引言
第一部分 加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)（WGCNA）在肝癌基因表達(dá)譜中的應(yīng)用
    1.1 前言
    1.2 材料與方法
    1.3 結(jié)果
    1.4 討論
第二部分 ABAT基因在肝癌中的表達(dá)水平及預(yù)后相關(guān)性
    2.1 前言
    2.2 材料與方法
    2.3 結(jié)果
    2.4 討論
第三部分 ABAT基因在肝癌細(xì)胞中的表達(dá)及功能研究
    3.1 前言
    3.2 材料與方法
    3.3 結(jié)果
    3.4 討論
全文總結(jié)
參考文獻(xiàn)
綜述
    參考文獻(xiàn)
攻博期間發(fā)表的科研成果
致謝



本文編號：3157660