目的:本研究主要通過全外顯子測序（Whole exome sequencing,WES）檢測大腸癌（Colorectal cancer,CRC）轉(zhuǎn)移相關(guān)基因及其調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)分析,從而探究基因突變和CRC轉(zhuǎn)移之間的關(guān)系。方法:收集組織樣本共22對(duì),其中包含確診CRC患者原發(fā)灶22例和配對(duì)轉(zhuǎn)移灶22例,將樣本中的DNA提取后進(jìn)行WES檢測和突變位點(diǎn)的鑒定,比較不同發(fā)病位置、轉(zhuǎn)移時(shí)間及轉(zhuǎn)移部位對(duì)突變譜的影響,并對(duì)肝轉(zhuǎn)移樣本進(jìn)行深入挖掘及調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)分析,最終篩選出與CRC轉(zhuǎn)移發(fā)生、發(fā)展相關(guān)的基因。結(jié)果:1)原發(fā)灶中共發(fā)現(xiàn)9669個(gè)突變基因,其中628個(gè)基因在半數(shù)以上的樣本中發(fā)生突變,365個(gè)基因在CRC表達(dá)譜中差異表達(dá),6個(gè)基因（CDC25B、KCTD9、ATIC、PSMD14、NAT10和MIPEP）在所有CRC相關(guān)的表達(dá)譜和甲基化譜中均出現(xiàn)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。2)轉(zhuǎn)移灶中共發(fā)現(xiàn)7199個(gè)突變基因,其中613個(gè)基因在半數(shù)以上的樣本中發(fā)生突變,66個(gè)基因（包括MUC12、MUC4、MUC2、MUC5B、NBPF1、AHNAK、GPRIN2、SPON1、UGT2B4）在CRC轉(zhuǎn)移譜中差異表達(dá),這些基因參與免疫... 

【文章來源】：寧波大學(xué)浙江省

【文章頁數(shù)】：138 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
1 引言
    1.1 CRC概述
    1.2 全外顯子測序
    1.3 基于WES對(duì) CRC轉(zhuǎn)移的研究
        1.3.1 WES數(shù)據(jù)分析及軟件
    1.4 本研究目的及其意義
2 實(shí)驗(yàn)材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)儀器
    2.2 實(shí)驗(yàn)試劑
    2.3 主要耗材
    2.4 樣本的準(zhǔn)備及測序
        2.4.1 樣本的選取
        2.4.2 送檢樣本的要求
        2.4.3 DNA提取的方法
        2.4.4 DNA質(zhì)量的檢測
        2.4.5 DNA的片段化
        2.4.6 文庫的制備
    2.5 全外顯子測序
        2.5.1 外顯子捕獲
        2.5.2 高通量測序
        2.5.3 測序數(shù)據(jù)的處理及分析
        2.5.4 CNV檢測方法
    2.6 甲基化數(shù)據(jù)的下載及分析
        2.6.1 甲基化數(shù)據(jù)的下載
        2.6.2 甲基化數(shù)據(jù)的分析
    2.7 表達(dá)譜的下載及分析
        2.7.1 表達(dá)譜的下載
        2.7.2 表達(dá)譜的分析
    2.8 調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        2.8.1 蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        2.8.2 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合關(guān)系網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        2.8.3 RNA結(jié)合蛋白關(guān)系網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
    2.9 組織特異性指數(shù)的計(jì)算
    2.10 GO功能和KEGG通路注釋分析
3 結(jié)果
    3.1 樣本及測序結(jié)果的基本信息
        3.1.1 樣本的篩選流程及基本信息
        3.1.2 組織DNA提取的結(jié)果
        3.1.3 WES測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控
    3.2 原發(fā)灶與人類基因組比較
        3.2.1 原發(fā)灶突變位點(diǎn)及突變基因的信息
        3.2.2 原發(fā)灶突變與表達(dá)的關(guān)聯(lián)分析
        3.2.3 原發(fā)灶突變與甲基化的關(guān)聯(lián)分析
        3.2.4 小結(jié)
    3.3 CRC轉(zhuǎn)移灶與人類基因組比較
        3.3.1 轉(zhuǎn)移灶突變位點(diǎn)及突變基因的信息
        3.3.2 轉(zhuǎn)移灶突變與表達(dá)的關(guān)聯(lián)分析
        3.3.3 小結(jié)
    3.4 原發(fā)灶和轉(zhuǎn)移灶中的突變比較
        3.4.1 原發(fā)灶和轉(zhuǎn)移灶中突變位點(diǎn)及突變基因數(shù)目
        3.4.2 原發(fā)灶特異性基因
        3.4.3 轉(zhuǎn)移灶特異性基因
        3.4.4 轉(zhuǎn)移灶與原發(fā)灶交集基因
        3.4.5 小結(jié)
    3.5 升結(jié)腸、降結(jié)腸、直腸的比較
        3.5.1 升結(jié)腸、降結(jié)腸、直腸的突變位點(diǎn)及基因
        3.5.2 升結(jié)腸、降結(jié)腸、直腸的突變基因的功能分析
        3.5.3 小結(jié)
    3.6 同時(shí)性轉(zhuǎn)移與異時(shí)性轉(zhuǎn)移的比較
        3.6.1 同時(shí)性轉(zhuǎn)移與異時(shí)性轉(zhuǎn)移中的突變位點(diǎn)及基因
        3.6.2 同時(shí)性轉(zhuǎn)移與異時(shí)性轉(zhuǎn)移中的突變基因的功能分析
        3.6.3 小結(jié)
    3.7 不同部位轉(zhuǎn)移灶與原發(fā)灶的比較
        3.7.1 肺轉(zhuǎn)移
        3.7.2 卵巢轉(zhuǎn)移
        3.7.3 肝轉(zhuǎn)移
        3.7.4 三種轉(zhuǎn)移組織之間的交集及差異
        3.7.5 小結(jié)
    3.8 肝轉(zhuǎn)移特異性相關(guān)基因分析
        3.8.1 肝轉(zhuǎn)移灶拷貝數(shù)變化
        3.8.2 肝轉(zhuǎn)移特異性相關(guān)突變基因
        3.8.3 突變位點(diǎn)對(duì)基因功能的影響
        3.8.4 組織特異性分析
        3.8.5 基因調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)分析
        3.8.6 小結(jié)
4 討論
    4.1 CRC原發(fā)灶相關(guān)的突變基因
    4.2 CRC轉(zhuǎn)移灶相關(guān)的突變基因
    4.3 肝轉(zhuǎn)移相關(guān)的突變基因
    4.4 不足之處
    4.5 總結(jié)
參考文獻(xiàn)
附錄A 部分中英文對(duì)照表
附錄B 附表
附錄C 綜述
    參考文獻(xiàn)
在學(xué)研究成果
致謝
Abstract
論文摘要


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Identification of liver metastasis-associated genes in human colon carcinoma by mRNA profiling[J]. Jianling Liu,Dan Wang,Chaoqi Zhang,Zhen Zhang,Xinfeng Chen,Jingyao Lian,Jinbo Liu,Guixian Wang,Weitang Yuan,Zhenqiang Sun,Weijia Wang,Mengjia Song,Yaping Wang,Qian Wu,Ling Cao,Dong Wang,Yi Zhang.  Chinese Journal of Cancer Research. 2018(06)
[2]腫瘤微環(huán)境——腫瘤轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵因素[J]. 楊芳,于雁.  中國肺癌雜志. 2015(01)
[3]p53 mutations in colorectal cancer-molecular pathogenesis and pharmacological reactivation[J]. Xiao-Lan Li,Jianbiao Zhou,Zhi-Rong Chen,Wee-Joo Chng.  World Journal of Gastroenterology. 2015(01)
[4]Colorectal cancer: From prevention to personalized medicine[J]. Gemma Binefa,Francisco Rodríguez-Moranta,àlex Teule,Manuel Medina-Hayas.  World Journal of Gastroenterology. 2014(22)



本文編號(hào)：3151909