我國(guó)是世界上最大的水稻生產(chǎn)國(guó)和消費(fèi)國(guó),全球有超過(guò)一半的人口以水稻為主要糧食。水稻（Oryza sativa L.）屬喜溫作物,其生長(zhǎng)需要適宜的溫度。當(dāng)環(huán)境溫度超出水稻適宜生長(zhǎng)溫度的上限時(shí),會(huì)影響其正常的生長(zhǎng)發(fā)育并對(duì)產(chǎn)量造成損失。培育耐高溫脅迫的水稻新品種是應(yīng)對(duì)全球氣候變暖導(dǎo)致氣溫升高的有效策略。隨著水稻3K基因組測(cè)序工作的完成,使得從大量水稻品種的基因組中挖掘出耐熱基因的研究成為可能,這可為耐高溫脅迫水稻新品種的選育積累寶貴的基因資源。本研究首先從水稻3K基因組計(jì)劃和NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中下載獲取22個(gè)具有不同耐熱脅迫能力水稻品種的基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)。其中水稻品種Azucena（CX151）為高溫敏感型品種,其余21個(gè)為耐熱脅迫型水稻品種;也從NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)的GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中下載熱脅迫處理下高溫敏感型水稻品種Azucena的RNA-seq數(shù)據(jù),及前人研究獲得的熱脅迫處理下的耐熱脅迫型水稻品種CO39的差異表達(dá)基因數(shù)據(jù)。然后,以The Rice Annotation Project（RAP）下載的Nipponbare基因組（Ver.7.0）為參考基因組,通過(guò)比較基因組學(xué)和比較轉(zhuǎn)錄組學(xué)系統(tǒng)的開(kāi)展水稻... 

【文章來(lái)源】：福建農(nóng)林大學(xué)福建省

【文章頁(yè)數(shù)】：93 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 引言
    1.1 高溫?zé)岷?duì)水稻生長(zhǎng)發(fā)育的影響
    1.2 水稻對(duì)熱脅迫的應(yīng)激反應(yīng)
    1.3 水稻耐熱新品種的選育
    1.4 基因組重測(cè)序分析技術(shù)
        1.4.1 高通量測(cè)序數(shù)據(jù)及其質(zhì)量控制
        1.4.2 基因組重測(cè)序序列組裝與比較分析
        1.4.3 基因組SNPs的挖掘
    1.5 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）分析技術(shù)
        1.5.1 RNA-seq技術(shù)原理
        1.5.2 RNA-seq數(shù)據(jù)的分析應(yīng)用
    1.6 存在的問(wèn)題與本文主要研究?jī)?nèi)容
2 材料與方法
    2.1 數(shù)據(jù)收集
        2.1.1 參考基因組及注釋文件的收集
        2.1.2 水稻基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)的收集
        2.1.3 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的收集
    2.2 數(shù)據(jù)處理
        2.2.1 高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控
        2.2.2 水稻潛在耐熱脅迫SNPs的挖掘
        2.2.3 突變位點(diǎn)的注釋及篩選
        2.2.4 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的組裝和定量
        2.2.5 基因差異表達(dá)分析
        2.2.6 差異表達(dá)基因的GO注釋
        2.2.7 水稻耐熱基因及受熱誘導(dǎo)表達(dá)基因的篩選
        2.2.8 預(yù)測(cè)ns SNPs對(duì)蛋白質(zhì)功能的影響
        2.2.9 對(duì)被ns SNPs影響的蛋白質(zhì)進(jìn)行功能結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)
3 結(jié)果與分析
    3.1 供試水稻品種耐熱性狀分析
    3.2 供試水稻品種的基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)分析
        3.2.1 供試水稻基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控
        3.2.2 供試水稻品種基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)的比對(duì)分析
        3.2.3 供試22 個(gè)水稻品種的基因組突變位點(diǎn)分析
        3.2.4 耐熱脅迫水稻基因組中突變位點(diǎn)的注釋分析
        3.2.5 水稻潛在耐熱脅迫基因突變位點(diǎn)的篩選
    3.3 不同抗感性狀水稻品種在熱脅迫下的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
        3.3.1 熱脅迫下熱敏感型水稻品種Azucena的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控分析..
        3.3.2 熱脅迫下熱敏感型水稻品種Azucena的差異表達(dá)基因分析
        3.3.3 熱脅迫下熱敏感型水稻品種Azucena差異表達(dá)基因的GO注釋分析
        3.3.4 熱脅迫下耐熱水稻品種CO39 的差異表達(dá)基因分析
        3.3.5 熱脅迫下耐熱型水稻品種CO39 差異表達(dá)基因的GO注釋分析
        3.3.6 熱脅迫下水稻CO39和Azucena差異表達(dá)基因GO注釋的比較分析
        3.3.7 熱脅迫誘導(dǎo)水稻差異表達(dá)基因的篩選
        3.3.8 水稻品種CO39 潛在受熱誘導(dǎo)表達(dá)基因的挖掘及GO注釋分析
    3.4 水稻品種中具有潛在耐熱ns SNPs且差異表達(dá)的基因分析
        3.4.1 水稻品種CO39 差異表達(dá)基因ns SNPs分析
        3.4.2 3個(gè)水稻潛在耐熱基因的GO注釋分析
        3.4.3 3個(gè)水稻潛在耐熱基因上ns SNP對(duì)基因功能影響的預(yù)測(cè)分析
        3.4.4 水稻耐熱基因Os09g0349700上ns SNP位點(diǎn)對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的影響..
4 討論
    4.1 22個(gè)供試水稻品種全基因組重測(cè)序的組裝質(zhì)量
    4.2 挖掘獲得水稻潛在的耐熱基因
    4.3 挖掘獲得水稻熱脅迫誘導(dǎo)表達(dá)基因
    4.4 獲得3 個(gè)具有耐熱ns SNPs又受熱誘導(dǎo)表達(dá)的基因
5 展望
    5.1 水稻潛在耐高溫脅迫基因的功能驗(yàn)證
    5.2 基因間的互作研究
參考文獻(xiàn)
附錄 A
附錄 B
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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