發(fā)布時間：2021-04-18 06:28

　　目的地塞米松（DEX）是經(jīng)典的構(gòu)建動物腭裂模型的藥物,但目前尚未有學(xué)者對其誘導(dǎo)動物腭裂發(fā)生中的基因表達變化進行測序研究,文章試圖利用DEX誘導(dǎo)小鼠腭裂發(fā)生的模型進行基因測序,以構(gòu)建完整的差異表達基因庫。方法胚胎第10.5天（E10.5）時隨機數(shù)字表法將孕鼠分為DEX組與等滲鹽水組,DEX組按照6 mg/kg的濃度腹腔注射DEX（DEX預(yù)先溶于等滲鹽水中,于E10.5-12.5每天同一時間連續(xù)注射3 d）,等滲鹽水組則按照同樣劑量和同樣時間腹腔注射等滲鹽水,于E14.5收集小鼠頜面部中份組織,利用Illumina平臺對提取的樣本進行測序,篩選出差異表達基因（DEGs）并選擇部分基因進行qPCR驗證,最后利用生物信息學(xué)技術(shù)對DEGs進行GO和KEGG分析,推測其參與的生物學(xué)功能及信號通路。結(jié)果樣本中檢測出的DEGs有796條,其中Dio1、Gm867、Grm5、Kcnk12、Otp等上調(diào)表達492條,Krt71、Ccer2、Cryba1、Crygf、Gja8等下調(diào)表達304條,且qPCR驗證結(jié)果與測序結(jié)果一致。生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)DEGs參與細胞發(fā)育、細胞分化、細胞黏附等多個生物學(xué)過程,并富... 

【文章來源】：醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報. 2020,33(10)北大核心

【文章頁數(shù)】：5 頁

【部分圖文】：

本組樣本差異表達基因火山圖

通過對篩選出來的DEGs進行GO功能分析,可知DEGs主要涉及多細胞有機體發(fā)育、RNA聚合酶Ⅱ啟動子的轉(zhuǎn)錄調(diào)控、離子轉(zhuǎn)運、細胞分化和細胞黏附等生物學(xué)過程。根據(jù)enrich factor值的大小,按降序排列作圖,取前20個結(jié)果,見圖2。2.4 差異表達基因的通路顯著性富集分析

將DEGs以P<0.05為篩選條件進行KEGG pathway分析,結(jié)果顯示DEGs可能涉及PI3K-AKT、Wnt及Hedgehog等信號通路,這與之前的研究結(jié)果相吻合。根據(jù)enrich factor值的大小,按降序排列作圖,取前20個結(jié)果,見圖3。2.5 q-PCR驗證

【參考文獻】：
期刊論文
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[3]地塞米松誘導(dǎo)小鼠腭裂及E-鈣黏素基因表達的研究[J]. 龐驍霄,李麗,馬利,鄭謙,李承浩.  華西口腔醫(yī)學(xué)雜志. 2015(06)
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[5]新一代高通量RNA測序數(shù)據(jù)的處理與分析[J]. 王曦,汪小我,王立坤,馮智星,張學(xué)工.  生物化學(xué)與生物物理進展. 2010(08)
[6]不同劑量地塞米松對小鼠胚胎腭裂發(fā)生的影響[J]. 何葦,盧勝軍,李承浩,蒙田,周京琳,石冰.  國際口腔醫(yī)學(xué)雜志. 2009(03)

博士論文
[1]環(huán)境因素（地塞米松、維甲酸和二噁英）誘導(dǎo)腭裂的發(fā)病機制[D]. 胡曉.南方醫(yī)科大學(xué) 2013



本文編號：3144990