基于BP和LSTM神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的基因表達(dá)預(yù)測(cè)研究
發(fā)布時(shí)間:2021-04-16 01:43
隨著生命科學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)的迅猛發(fā)展,生物數(shù)據(jù)呈指數(shù)級(jí)增長(zhǎng),在質(zhì)量和數(shù)量上都極大地豐富了生物信息學(xué)的數(shù)據(jù)資源,為解開(kāi)生命奧秘提供了數(shù)據(jù)基礎(chǔ);蛐酒夹g(shù)作為分子生物學(xué)在實(shí)驗(yàn)領(lǐng)域的一項(xiàng)重大突破,被應(yīng)用于測(cè)量基因的表達(dá)水平,為探索生命的本質(zhì)提供了極大的便利,成為探究生命奧妙的重要工具之一。基因表達(dá)譜是在基因芯片的基礎(chǔ)上,通過(guò)雜交測(cè)序方法,利用探針標(biāo)記所得互補(bǔ)序列而來(lái)。根據(jù)基因在不同條件下表達(dá)的差異,利用基因表達(dá)譜可以進(jìn)行環(huán)境檢測(cè)和防治、藥物篩選、基因功能發(fā)現(xiàn)、復(fù)雜疾病診斷、個(gè)性化治療、農(nóng)作物優(yōu)育優(yōu)選及司法鑒定等。因此研究基因表達(dá)譜具有重要的理論價(jià)值和應(yīng)用意義。盡管獲取全基因組表達(dá)譜的成本在逐步下降,然而基于基因芯片技術(shù)產(chǎn)生數(shù)千甚至上萬(wàn)條基因表達(dá)譜數(shù)據(jù),不僅生物過(guò)程繁雜,而且一般的實(shí)驗(yàn)室無(wú)法承擔(dān)這一高額的費(fèi)用。NIH LINCS研究人員分析了約1000個(gè)精心挑選的landmark基因,并依托線(xiàn)性回歸的方法推測(cè)剩余target基因的表達(dá)。但是線(xiàn)性回歸預(yù)測(cè)基因表達(dá)的方法往往忽略了基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)的非線(xiàn)性特征,無(wú)法精確的預(yù)測(cè)基因表達(dá)。BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)可以提取輸入和輸出數(shù)據(jù)之間較為復(fù)雜的非線(xiàn)性映射,LSTM...
【文章來(lái)源】:太原理工大學(xué)山西省 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:64 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
基因芯片技術(shù)實(shí)現(xiàn)過(guò)程
圖 2-2 DNN 網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)Fig. 2-2 DNN network structure 的層與層之間是全連接的,即第 i 層的任意一個(gè)神經(jīng)元一定與第 i+1相連。雖然 DNN 看起來(lái)很復(fù)雜,但是從一個(gè)小的局部模型來(lái)看,
21圖 3-2 BP 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)Fig. 3-2 BP neural network structure神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)由輸入層、隱藏層和輸出層組成,輸入層的每
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于支持向量機(jī)遞歸特征消除和特征聚類(lèi)的致癌基因選擇方法[J]. 葉小泉,吳云峰. 廈門(mén)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2018(05)
[2]基于加權(quán)密集連接卷積網(wǎng)絡(luò)的深度強(qiáng)化學(xué)習(xí)方法[J]. 夏旻,宋穩(wěn)柱,施必成,劉佳. 計(jì)算機(jī)應(yīng)用. 2018(08)
[3]混雜數(shù)據(jù)的多核幾何平均度量學(xué)習(xí)[J]. 齊忍,朱鵬飛,梁建青. 軟件學(xué)報(bào). 2017(11)
[4]大數(shù)據(jù)背景下的生物信息學(xué)研究現(xiàn)狀[J]. 王俊,郭麗,吳建盛,湯麗華,胡棟. 南京郵電大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2017(04)
[5]遷移學(xué)習(xí)研究進(jìn)展[J]. 莊福振,羅平,何清,史忠植. 軟件學(xué)報(bào). 2015(01)
[6]云平臺(tái)下基因-基因相互作用識(shí)別算法[J]. 劉桂霞,李廣力,李涵. 吉林大學(xué)學(xué)報(bào)(理學(xué)版). 2014(03)
[7]基于PCA和LDA方法的腫瘤基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)分類(lèi)[J]. 李志文,蔡先發(fā),韋佳,周怡. 北京生物醫(yī)學(xué)工程. 2014(01)
[8]基于聚類(lèi)和微粒群優(yōu)化的基因選擇方法[J]. 劉金勇,鄭恩輝,陸慧娟. 數(shù)據(jù)采集與處理. 2014(01)
[9]HMMER及同源比對(duì)預(yù)測(cè)大豆病程相關(guān)蛋白[J]. 王晶,張麗偉,劉春燕,李玉花,陳慶山,胡國(guó)華. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2011(06)
[10]基于組學(xué)數(shù)據(jù)構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)[J]. 束永俊,李勇,朱延明. 生物信息學(xué). 2010(03)
碩士論文
[1]譜聚類(lèi)在基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析中的應(yīng)用與研究[D]. 鄧小燕.重慶大學(xué) 2010
本文編號(hào):3140496
【文章來(lái)源】:太原理工大學(xué)山西省 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:64 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
基因芯片技術(shù)實(shí)現(xiàn)過(guò)程
圖 2-2 DNN 網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)Fig. 2-2 DNN network structure 的層與層之間是全連接的,即第 i 層的任意一個(gè)神經(jīng)元一定與第 i+1相連。雖然 DNN 看起來(lái)很復(fù)雜,但是從一個(gè)小的局部模型來(lái)看,
21圖 3-2 BP 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)Fig. 3-2 BP neural network structure神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)由輸入層、隱藏層和輸出層組成,輸入層的每
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于支持向量機(jī)遞歸特征消除和特征聚類(lèi)的致癌基因選擇方法[J]. 葉小泉,吳云峰. 廈門(mén)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2018(05)
[2]基于加權(quán)密集連接卷積網(wǎng)絡(luò)的深度強(qiáng)化學(xué)習(xí)方法[J]. 夏旻,宋穩(wěn)柱,施必成,劉佳. 計(jì)算機(jī)應(yīng)用. 2018(08)
[3]混雜數(shù)據(jù)的多核幾何平均度量學(xué)習(xí)[J]. 齊忍,朱鵬飛,梁建青. 軟件學(xué)報(bào). 2017(11)
[4]大數(shù)據(jù)背景下的生物信息學(xué)研究現(xiàn)狀[J]. 王俊,郭麗,吳建盛,湯麗華,胡棟. 南京郵電大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2017(04)
[5]遷移學(xué)習(xí)研究進(jìn)展[J]. 莊福振,羅平,何清,史忠植. 軟件學(xué)報(bào). 2015(01)
[6]云平臺(tái)下基因-基因相互作用識(shí)別算法[J]. 劉桂霞,李廣力,李涵. 吉林大學(xué)學(xué)報(bào)(理學(xué)版). 2014(03)
[7]基于PCA和LDA方法的腫瘤基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)分類(lèi)[J]. 李志文,蔡先發(fā),韋佳,周怡. 北京生物醫(yī)學(xué)工程. 2014(01)
[8]基于聚類(lèi)和微粒群優(yōu)化的基因選擇方法[J]. 劉金勇,鄭恩輝,陸慧娟. 數(shù)據(jù)采集與處理. 2014(01)
[9]HMMER及同源比對(duì)預(yù)測(cè)大豆病程相關(guān)蛋白[J]. 王晶,張麗偉,劉春燕,李玉花,陳慶山,胡國(guó)華. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2011(06)
[10]基于組學(xué)數(shù)據(jù)構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)[J]. 束永俊,李勇,朱延明. 生物信息學(xué). 2010(03)
碩士論文
[1]譜聚類(lèi)在基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析中的應(yīng)用與研究[D]. 鄧小燕.重慶大學(xué) 2010
本文編號(hào):3140496
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