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小麥抗赤霉病QTL Qfhb.yzu-4B候選基因TaG3LEA的克隆和生物信息學(xué)分析

發(fā)布時(shí)間:2021-04-11 19:28
  本課題組前期的蛋白組學(xué)研究發(fā)現(xiàn)一個(gè)小麥赤霉病抗性相關(guān)基因,該基因編碼三型胚胎發(fā)育晚期豐富蛋白(G3LEA),該蛋白只在抗病品種中富集。已有研究表明,該基因在高等植物中廣泛的參與了生長(zhǎng)、發(fā)育及各種逆境抵御的調(diào)控過(guò)程。本研究利用美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心數(shù)據(jù)庫(kù)(NCBI)獲取小麥TaG3LEA基因CDS序列并和測(cè)序小麥品種“中國(guó)春”參考序列進(jìn)行比對(duì),該基因位于4B染色體上已知抗赤霉病QTL區(qū)間。根據(jù)前期關(guān)聯(lián)分析結(jié)果,日本小麥品種TOKAII66在4B染色體上已知抗赤霉病QTL上攜帶有利變異,而美國(guó)小麥品種Clark攜帶不利等位變異,然后設(shè)計(jì)了擴(kuò)增的引物并分別擴(kuò)增小麥品種TOKAII66和Clark的TaG3LEA基因,將擴(kuò)增的特異片段回收、克隆和測(cè)序,根據(jù)堿基差異開(kāi)發(fā)了可區(qū)別抗、感等位變異的基因特異性標(biāo)記并利用開(kāi)發(fā)的功能標(biāo)記對(duì)244個(gè)小麥品種構(gòu)成的自然群體進(jìn)行基因型分析,明確不同等位變異在自然群體中的分布。接著對(duì)接種赤霉菌和接種綠豆湯的小麥TOKAII66和蘇麥3號(hào)(在目標(biāo)位點(diǎn)上攜帶不利等位變異)做不同時(shí)期的表達(dá)模式分析;采用生物信息學(xué)方法解析了小麥TaG3LEA家族基因的進(jìn)化。主要結(jié)果如下... 

【文章來(lái)源】:揚(yáng)州大學(xué)江蘇省

【文章頁(yè)數(shù)】:75 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【部分圖文】:

小麥抗赤霉病QTL Qfhb.yzu-4B候選基因TaG3LEA的克隆和生物信息學(xué)分析


圖1:在中國(guó)春預(yù)測(cè)的的基因結(jié)構(gòu)

小麥抗赤霉病QTL Qfhb.yzu-4B候選基因TaG3LEA的克隆和生物信息學(xué)分析


PCR檢測(cè)DNAFigZAgarose酬electroPhoresls

序列,響應(yīng)元件,揚(yáng)州大學(xué),順式作用元件


30?揚(yáng)州大學(xué)碩士學(xué)位論文測(cè)序結(jié)果表明TOKAII66和Clark之間僅存在1個(gè)SNP變異,該SNP位于起始密碼上游約1?kb的位置,是順式作用元件EBOXBNNAPA?ABRE?(ABA響應(yīng)元件)的核心基。隨后,我們將該SNP轉(zhuǎn)化為CAPS標(biāo)記,標(biāo)記交由華大基因公司合成。??中國(guó)春參考序列??

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]中國(guó)小麥赤霉病的危害及抗性遺傳改良[J]. 程順和,張勇,別同德,高德榮,張伯橋.  江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2012(05)
[2]大豆LEA基因家族全基因組鑒定、分類(lèi)和表達(dá)[J]. 李樂(lè),許紅亮,楊興露,李雅軒,胡英考.  中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2011(19)
[3]第三組胚胎晚期豐富蛋白lea3基因研究概述[J]. 湯曉倩,于麗霞,武曉璐,鄢波.  生命科學(xué). 2010(06)
[4]LEA蛋白研究進(jìn)展[J]. 白永琴,楊青川.  生物技術(shù)通報(bào). 2009(09)
[5]植物抗逆蛋白(LEA3)22-氨基酸耐鹽結(jié)構(gòu)域在酵母細(xì)胞中的鑒定[J]. 劉昀,李冉輝,汪為茂,梁翔宇,鄭易之.  植物研究. 2009(01)
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[7]外源lea3基因轉(zhuǎn)化紫花苜蓿的研究[J]. 王瑛,朱寶成,孫毅,張琳宇,羅建平.  核農(nóng)學(xué)報(bào). 2007(03)
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[9]小麥耐逆基因-TaLEA2轉(zhuǎn)化擬南芥的研究[J]. 趙詠梅,楊建雄,俞嘉寧,原江鋒.  西北植物學(xué)報(bào). 2006(01)
[10]用開(kāi)苞導(dǎo)入法將抗旱耐鹽基因?qū)胗衩鬃越幌档某醪窖芯縖J]. 劉祥久,姜敏,張喜華,楊立國(guó),郭延玲,郝楠.  雜糧作物. 2005(03)

碩士論文
[1]小麥與葉銹菌互作中Wrab17基因的克隆、表達(dá)及功能研究[D]. 楊高山.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015



本文編號(hào):3131829

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