發(fā)布時間：2021-04-09 15:54

　　目的基于生物信息挖掘技術,分析N-myc下游調控基因（NDRG）家族在肝細胞癌（HCC）患者組織中的表達情況及與病理特征和預后的相關性。方法利用ONCOMINE、GEPIA和Kaplan-Meier Plotter挖掘了HCC患者的NDRG表達和生存數(shù)據(jù)。共收集419例HCC組織的基因表達數(shù)據(jù)分析NDRG家族表達差異,將其分為肝癌組（n=369）和正常肝組織組（n=50）。生存分析共收集364例HCC組織的NDRG家族基因表達數(shù)據(jù),分為低表達組[NDRG1（212例）、NDRG2（185例）、NDRG3（182例）、NDRG4（184例）]和高表達組[NDRG1（152例）、NDRG2（179例）、NDRG3（182例）、NDRG4（180例）]。計量資料兩組間比較采用t檢驗,多組間比較采用單因素方差分析,進一步比較采用Dunnett-t檢驗;生存分析采用log-rank檢驗。結果 HCC組織中NDRG1/3的表達水平高于正常肝組織,而NDRG2在癌組織中的表達水平低于正常肝組織（P值均<0. 05）。不同病理分期NDRG1/2/3/4表達差異組間比較差異均有統(tǒng)計學意義（F值分別... 

【文章來源】：臨床肝膽病雜志. 2020,36(06)北大核心

【文章頁數(shù)】：5 頁

【部分圖文】：

NDRG家族mRNA高低轉錄水平的生存差異

利用ONCOM-INE數(shù)據(jù)庫比較不同類型癌組織與正常組織中的NDRG家族的轉錄水平(圖1)。對Chen Liver的數(shù)據(jù)集中197個標本進行測序發(fā)現(xiàn)，與正常肝組織相比，HCC中的NDRG1和NDRG3過表達(P值均<0.05)，但NDRG4在HCC組織中的表達低于正常肝組織(P=0.657)(表1)。對Wurmbach Liver數(shù)據(jù)集75個標本進行測序發(fā)現(xiàn)，與正常肝組織相比，HCC中NDRG2低表達(P=1.000)(表1)。因差異倍數(shù)log2FC<2，進一步進行亞組分析。從GEO數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/?acc=GSE6764)中檢索Wurmbach Liver的測序數(shù)據(jù)，分析NDRG2在HCC不同病理分期的轉錄水平，各分期分別與正常肝組織比較差異均有統(tǒng)計學意義(P值均<0.05)(圖2)。

對Wurmbach Liver數(shù)據(jù)集75個標本進行測序發(fā)現(xiàn)，與正常肝組織相比，HCC中NDRG2低表達(P=1.000)(表1)。因差異倍數(shù)log2FC<2，進一步進行亞組分析。從GEO數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/?acc=GSE6764)中檢索Wurmbach Liver的測序數(shù)據(jù)，分析NDRG2在HCC不同病理分期的轉錄水平，各分期分別與正常肝組織比較差異均有統(tǒng)計學意義(P值均<0.05)(圖2)。2.2 NDRG家族mRNA水平與HCC臨床病理特征的關系


本文編號：3127900