目的基于生物信息挖掘技術(shù),分析N-myc下游調(diào)控基因（NDRG）家族在肝細(xì)胞癌（HCC）患者組織中的表達(dá)情況及與病理特征和預(yù)后的相關(guān)性。方法利用ONCOMINE、GEPIA和Kaplan-Meier Plotter挖掘了HCC患者的NDRG表達(dá)和生存數(shù)據(jù)。共收集419例HCC組織的基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析NDRG家族表達(dá)差異,將其分為肝癌組（n=369）和正常肝組織組（n=50）。生存分析共收集364例HCC組織的NDRG家族基因表達(dá)數(shù)據(jù),分為低表達(dá)組[NDRG1（212例）、NDRG2（185例）、NDRG3（182例）、NDRG4（184例）]和高表達(dá)組[NDRG1（152例）、NDRG2（179例）、NDRG3（182例）、NDRG4（180例）]。計(jì)量資料兩組間比較采用t檢驗(yàn),多組間比較采用單因素方差分析,進(jìn)一步比較采用Dunnett-t檢驗(yàn);生存分析采用log-rank檢驗(yàn)。結(jié)果 HCC組織中NDRG1/3的表達(dá)水平高于正常肝組織,而NDRG2在癌組織中的表達(dá)水平低于正常肝組織（P值均<0. 05）。不同病理分期NDRG1/2/3/4表達(dá)差異組間比較差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（F值分別... 

【文章來源】：臨床肝膽病雜志. 2020,36(06)北大核心

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【部分圖文】：

NDRG家族mRNA高低轉(zhuǎn)錄水平的生存差異

利用ONCOM-INE數(shù)據(jù)庫(kù)比較不同類型癌組織與正常組織中的NDRG家族的轉(zhuǎn)錄水平(圖1)。對(duì)Chen Liver的數(shù)據(jù)集中197個(gè)標(biāo)本進(jìn)行測(cè)序發(fā)現(xiàn)，與正常肝組織相比，HCC中的NDRG1和NDRG3過表達(dá)(P值均<0.05)，但NDRG4在HCC組織中的表達(dá)低于正常肝組織(P=0.657)(表1)。對(duì)Wurmbach Liver數(shù)據(jù)集75個(gè)標(biāo)本進(jìn)行測(cè)序發(fā)現(xiàn)，與正常肝組織相比，HCC中NDRG2低表達(dá)(P=1.000)(表1)。因差異倍數(shù)log2FC<2，進(jìn)一步進(jìn)行亞組分析。從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/?acc=GSE6764)中檢索Wurmbach Liver的測(cè)序數(shù)據(jù)，分析NDRG2在HCC不同病理分期的轉(zhuǎn)錄水平，各分期分別與正常肝組織比較差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P值均<0.05)(圖2)。

對(duì)Wurmbach Liver數(shù)據(jù)集75個(gè)標(biāo)本進(jìn)行測(cè)序發(fā)現(xiàn)，與正常肝組織相比，HCC中NDRG2低表達(dá)(P=1.000)(表1)。因差異倍數(shù)log2FC<2，進(jìn)一步進(jìn)行亞組分析。從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/?acc=GSE6764)中檢索Wurmbach Liver的測(cè)序數(shù)據(jù)，分析NDRG2在HCC不同病理分期的轉(zhuǎn)錄水平，各分期分別與正常肝組織比較差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P值均<0.05)(圖2)。2.2 NDRG家族mRNA水平與HCC臨床病理特征的關(guān)系


本文編號(hào)：3127900