利用生物信息學(xué)方法對(duì)石斛組蛋白去甲基化關(guān)鍵酶基因JmjC進(jìn)行全基因組鑒定,通過qRT-PCR檢測(cè)DoJMJ組織表達(dá)模式及對(duì)不同光周期的響應(yīng)。結(jié)果表明,在鐵皮石斛（Dendrobium officinale）基因組上共鑒定到17個(gè)JmjC,保守結(jié)構(gòu)域分析結(jié)果顯示,該家族蛋白劃分為5個(gè)亞家族（JARID1、JHDM3、JHDM2、JMJD6和JmjC-only）,各亞家族所含保守結(jié)構(gòu)域數(shù)量不等;基因結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn),各亞家族的外顯子和內(nèi)含子數(shù)量有所差異,同一亞家族具有相似的外顯子/內(nèi)含子結(jié)構(gòu);啟動(dòng)子順式作用元件分析發(fā)現(xiàn)DoJMJ家族成員啟動(dòng)子區(qū)域有諸多Auxin、ABA、GA、MeJA、SA等激素響應(yīng)元件及光、干旱、低溫、防御和脅迫等環(huán)境信號(hào)響應(yīng)元件;qRT-PCR數(shù)據(jù)表明,金釵石斛（Dendrobiumnobile）中該家族10個(gè)成員在莖和葉片中表達(dá)量較高,少數(shù)成員在根中的表達(dá)較高,所有成員在果實(shí)中表達(dá)均較低,推測(cè)Do JMJ主要在莖和葉片發(fā)育過程發(fā)揮作用;此外,該家族成員在不同光周期下呈現(xiàn)不同的表達(dá)模式,11個(gè)成員在12 h（光照）/12 h（黑暗）下表達(dá)量較高,少數(shù)成員在4 h/20 h... 

【文章來源】：園藝學(xué)報(bào). 2020,47(08)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：16 頁

【部分圖文】：

鐵皮石斛JmjC域序列比對(duì)組（A、B)

有研究表明，基因的內(nèi)含子數(shù)量及位置對(duì)其表達(dá)有重要的調(diào)控作用（Parra et al.,2011；王紅飛和尚慶茂，2019）。DoJMJ家族成員均含有內(nèi)含子，大多成員內(nèi)含子都在6個(gè)以上，其中DoJMJ03內(nèi)含子最多，為19個(gè)，DoJMJ15內(nèi)含子數(shù)量最少，僅有1個(gè)（圖3）。其中各亞家族的外顯子/內(nèi)含子變化趨勢(shì)有所差異，同一亞家族外顯子/內(nèi)含子數(shù)量相當(dāng)。圖3 鐵皮石斛JmjC家族成員基因結(jié)構(gòu)分析

圖2 鐵皮石斛（Do）、水稻（Os）和擬南芥（At)JmjC基因編碼蛋白的系統(tǒng)發(fā)育分析使用MEME軟件對(duì)DoJMJ家族蛋白保守基序的分布情況進(jìn)行分析，共鑒定到30個(gè)保守基序（圖4）。17個(gè)DoJMJ中含有保守基序類型和數(shù)量不同，其中DoJMC16含有最少的保守基序，僅2個(gè)（Motif1、Motif 27），而含有保守基序最多的成員為DoJMJ03，有19個(gè)。其中，某些基序只在特定類別的DoJMJ中存在，如JMJD6亞家族中含有Motif 17、Motif 19和Motif 30,JHDM 3亞家族中包含特異性的Motif 18；此外，JHDM2亞家族含有Motif 2、Motif 5、Motif 9、Motif 13等特異性保守基序。DoJMJ蛋白基序出現(xiàn)在N端與C端位置的數(shù)量較為均衡，說明各成員基序之間離散程度差異小，暗示DoJMJ家族成員功能可能較為保守。Motif 1在成員中分布較為廣泛，推測(cè)JmjC可能在調(diào)控植物生長(zhǎng)發(fā)育過程中發(fā)揮重要作用。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
[1]番茄響應(yīng)鎘脅迫相關(guān)基因SlJMJ的克隆及功能驗(yàn)證[D]. 孫維悅.哈爾濱師范大學(xué) 2019
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本文編號(hào)：3120249