百脈根Hsp70s基因家族的生物信息學(xué)分析
發(fā)布時間:2021-04-03 03:53
熱激蛋白(HSPs)是細(xì)胞受逆境誘導(dǎo)產(chǎn)生的一類具有穩(wěn)定蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、修復(fù)變性蛋白和維護(hù)生物膜穩(wěn)定等功能的分子伴侶,同時,在緩解植物高溫傷害和提高熱耐受性等方面有重要的調(diào)控作用。根據(jù)百脈根基因組數(shù)據(jù),利用生物信息學(xué)方法對百脈根Hsp70基因(LjHsp70s)家族的基因結(jié)構(gòu)、染色體分布、選擇壓力、順式作用元件、表達(dá)特性和系統(tǒng)進(jìn)化等進(jìn)行分析。結(jié)果表明,LjHsp70s家族有18個成員,分為4類,它們的內(nèi)含子和外顯子數(shù)量為1~8,含有多個保守基序,分布在6條染色體上,編碼602~703個氨基酸,均編碼酸性親水蛋白;含有激素、光照及脅迫等響應(yīng)順式作用元件,LjHsp70s在百脈根的根、莖、葉等部位均有表達(dá),但其表達(dá)量不同;該家族基因在進(jìn)化過程中主要受負(fù)選擇作用,進(jìn)化上較為保守,家族成員與擬南芥和煙草的Hsp70基因可分為6組,但是百脈根LjHsp70s基因僅存在于4個亞族中,表明其與擬南芥、煙草的Hsp70s基因家族成員之間進(jìn)化關(guān)系密切,同時也存在一定差異。LjHsp70s基因在百脈根的各個部位均有表達(dá),對百脈根生長發(fā)育過程起著重要的作用,研究結(jié)果為解析百脈根LjHsp70s基因功能提供了依據(jù)。
【文章來源】:山地農(nóng)業(yè)生物學(xué)報. 2020,39(05)
【文章頁數(shù)】:8 頁
【部分圖文】:
百脈根、擬南芥和煙草的Hsp70s基因家族成員的系統(tǒng)發(fā)育樹
為充分了解百脈根LjHsp70s基因家族的組成和分布形式,根據(jù)其在染色體上的定位信息,制作染色體分布圖(圖4),以 Chr0 代表對所有不能定位到染色體的基因所虛構(gòu)的一條染色體[17]。百脈根LjHsp70s基因家族18個成員分布于6條染色體內(nèi),在染色體中分布的位置有所不同,大多數(shù)分布于染色體的兩端;其中每條染色體中的LjHsp70s基因個數(shù)有所差異,1號染體上分布最多,含有7個家族成員,并且LjHsp70-5、LjHsp70-6、LjHsp70-7、LjHsp70-8四個基因以串聯(lián)重復(fù)出現(xiàn);6號染色體上含有3個家族成員,4號染色體上含有2個家族成員,2號和3號染色體上分布最少,僅有1個基因家族成員,將4個不能確定位置的成員歸納于Chr0染色體上。圖3 百脈根LjHsp70s基因保守結(jié)構(gòu)域蛋白分析
百脈根LjHsp70s基因保守結(jié)構(gòu)域蛋白分析
本文編號:3116566
【文章來源】:山地農(nóng)業(yè)生物學(xué)報. 2020,39(05)
【文章頁數(shù)】:8 頁
【部分圖文】:
百脈根、擬南芥和煙草的Hsp70s基因家族成員的系統(tǒng)發(fā)育樹
為充分了解百脈根LjHsp70s基因家族的組成和分布形式,根據(jù)其在染色體上的定位信息,制作染色體分布圖(圖4),以 Chr0 代表對所有不能定位到染色體的基因所虛構(gòu)的一條染色體[17]。百脈根LjHsp70s基因家族18個成員分布于6條染色體內(nèi),在染色體中分布的位置有所不同,大多數(shù)分布于染色體的兩端;其中每條染色體中的LjHsp70s基因個數(shù)有所差異,1號染體上分布最多,含有7個家族成員,并且LjHsp70-5、LjHsp70-6、LjHsp70-7、LjHsp70-8四個基因以串聯(lián)重復(fù)出現(xiàn);6號染色體上含有3個家族成員,4號染色體上含有2個家族成員,2號和3號染色體上分布最少,僅有1個基因家族成員,將4個不能確定位置的成員歸納于Chr0染色體上。圖3 百脈根LjHsp70s基因保守結(jié)構(gòu)域蛋白分析
百脈根LjHsp70s基因保守結(jié)構(gòu)域蛋白分析
本文編號:3116566
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