水稻在生長的過程中受到干旱、鹽等非生物逆境因素脅迫,會造成大面積的減產(chǎn)、品質(zhì)下降甚至壞死。尋找與水稻的抗逆相關(guān)的關(guān)鍵基因,對提高水稻在逆境脅迫條件下的生存能力有重大意義�；蛐酒夹g(shù)的出現(xiàn)到飛速發(fā)展為水稻的抗逆性研究提供了一個新的技術(shù)平臺�；诜肿由锞W(wǎng)絡(luò)對高通量的基因表達數(shù)據(jù)進行分析和挖掘成為當下生物信息學的研究熱點。本文針對水稻基因表達數(shù)據(jù)的特點,開展了基于加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)挖掘水稻抗逆基因的研究,主要結(jié)果如下:（1）基于經(jīng)驗貝葉斯理論的Limma算法提取水稻差異表達基因。水稻基因表達數(shù)據(jù)維數(shù)高達5萬多,對其進行預(yù)處理并且篩選出差異表達基因有助于挖掘生物學意義明確的信息基因。本文引入limma算法,基于樣本特征向量對基因表達向量進行線性擬合,并對擬合結(jié)果進行經(jīng)驗貝葉斯檢驗,最后通過對基因表達變化倍數(shù)和顯著性差異P值設(shè)定合理的閾值,來提取水稻差異表達基因。（2）基于加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)（WGCNA）挖掘水稻抗逆相關(guān)基因模塊�；蚬脖磉_網(wǎng)絡(luò)是以基因表達的相似性為基礎(chǔ)而構(gòu)建的分子生物網(wǎng)絡(luò),網(wǎng)絡(luò)中致密的連通子圖往往具有特定的生物學功能。本文基于WGCNA構(gòu)建水稻差異表達基因共表達網(wǎng)絡(luò),并通過... 

【文章來源】：湖南農(nóng)業(yè)大學湖南省

【文章頁數(shù)】：57 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

預(yù)處理步驟Fig.2-1Preprocessingstep

PM 矯正有四種方法：mas;methods;pmonly;subtractmm。綜合表達定量的五種方法：avgdiff;liwong;mas;mediampolish;playerout。本文選取了用 RMA 方法對數(shù)據(jù)進行背景矯正，對樣本數(shù)據(jù)進行降噪處理。具體實現(xiàn)代碼如下：首先是調(diào)用 Affy 軟件包，然后是設(shè)置好工作路徑，最后則是用 RMA 方法對數(shù)據(jù)進行處理。圖 2-2 所示是本文使用 RMA 方法對一個樣本數(shù)據(jù)進行預(yù)處理的前后對比。library(affy) #調(diào)用 affy 包setwd("E:/R_work/GSE14403") #設(shè)置工作路徑AffyData<-ReadAffy(widget=TRUE)exprsSet.RMA<-rma(AffyData)

在實際中，在這種網(wǎng)絡(luò)一是如果使用二進制法（能因共表達，我們無法確定個問題，它使用的是一種軟判斷每組基因之間連接的可使用 soft thresholding，作者標準轉(zhuǎn)變成了連接權(quán)重。而A 借用了一個以生物學意義作pology criterion）。之后就可以進行加權(quán)基因共兩兩基因相互作用的結(jié)果，構(gòu)多的基因，網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建前可以文對數(shù)據(jù)進行共表達網(wǎng)絡(luò)構(gòu)分析的整體流程如下（圖 3


本文編號：3102445