維吾爾族飼鴿者肺DNA異常甲基化基因的篩選
發(fā)布時間：2021-03-09 10:53
目的:通過對維吾爾族飼鴿者肺全基因組DNA的篩選,得到異常甲基化基因,從而為飼鴿者肺的發(fā)生機制研究提供依據(jù)。方法:根據(jù)納入及排除標準收集病例資料及血樣標本（總納入12例,其中患病組A組4例,陰性對照組B組4例,正常對照組C組4例）,對所取全血標本進行DNA提取,在Illumina Human Methylation 450K甲基化芯片技術(shù)的支持下對提取DNA進行甲基化檢測,篩選DNA異常甲基化基因。結(jié)果:（1）A vs B:共計226個CpG位點在甲基化水平上存在差異,有138個差異甲基化基因數(shù)目。GO分析列出21個差異的基因功能類別條目。KEGG通路的功能注解與分析后得到9個差異甲基化基因通路。（2）B vs C:共計260個CpG位點在甲基化水平上存在差異,有140個差異甲基化基因數(shù)目。GO分析僅列出1個差異的基因功能類別條目。KEGG通路的功能注解與分析后得到1個差異甲基化基因通路。（3）B vs C:共計243個CpG位點在甲基化水平上存在差異,有109個差異甲基化基因數(shù)目。GO分析列出3個差異的基因功能類別條目。KEGG通路的功能注解與分析后沒有得到差異甲基化基因通路。（4）...
【文章來源】：新疆醫(yī)科大學(xué)新疆維吾爾自治區(qū)
【文章頁數(shù)】：60 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
實驗流程Fig.1Experimentalprocess
醫(yī)院確診的 4 例飼鴿者肺患者為病例組（A 組照組（B 組）4 例，為維吾爾族飼養(yǎng)鴿子時間在現(xiàn)的維吾爾族人；正常對照組（C 組）為 4 例其中對照組 4 例，年齡、性別、籍貫等均病例）、陰性對照組(B 組)及健康對照組(C析分析，在 Illumina 甲基化 HM450K BeadChip 礎(chǔ)之上實現(xiàn)背景數(shù)值校正預(yù)處理，之后對探針在對原始甲基化數(shù)據(jù)進行基礎(chǔ)處理之后，用各關(guān)系數(shù)(Pearson Correlation Coefficiency, PCC)，基化譜相關(guān)性進行分析，對 A、B、C 三組兩兩都有較高的相關(guān)性，這在一定程度上表明樣本。除此之外，對三組的探針進行統(tǒng)計，得到平照組之間的聯(lián)系進行明確，最終的結(jié)果證明患關(guān)性檢驗 P=2.2e-16），見圖 4，圖 5，圖 6。
圖 5 病例組與健康對照組甲基化程度全基因相關(guān)性ip between the case group and the healthy control group wmethylation whole gene（相關(guān)性檢驗 P=2.2e-16，PCC=0.9968）
【參考文獻】：
期刊論文
[1]印記基因調(diào)控腫瘤的研究進展[J]. 劉巖,王芳. 醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報. 2016(01)
[2]維吾爾族飼鴿者肺IFN-γ及IL-4基因多態(tài)性研究[J]. 李黎,鄔超,王懷振,楊曉紅,買買提艾力·吐爾遜,魏雪梅. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進展. 2015(36)
[3]飼鴿者肺與HLA-Ⅱ類因子甲基化的研究進展[J]. 王金芳,楊曉紅. 新疆醫(yī)學(xué). 2015(09)
[4]IL-10基因單核苷酸多態(tài)性與維吾爾族飼鴿者肺的研究[J]. 王文藝,丁巍,楊曉紅. 國際呼吸雜志. 2015 (18)
[5]白介素8蛋白表達水平及基因多態(tài)性與維吾爾族飼鴿者肺的相關(guān)性[J]. 王文藝,丁巍,楊曉紅. 中國全科醫(yī)學(xué). 2015(26)
[6]維吾爾族飼鴿者肺患者細胞因子水平變化及臨床意義研究[J]. 王文藝,鄔超,楊曉紅. 中國全科醫(yī)學(xué). 2014(32)
[7]外源性過敏性肺泡炎的臨床特點分析[J]. 夏海峰,王金花. 中國基層醫(yī)藥. 2014 (19)
[8]基因組DNA甲基化及組蛋白甲基化[J]. 王瑞嫻,徐建紅. 遺傳. 2014(03)
[9]SFRP5在白血病細胞中基因甲基化狀態(tài)及蛋白表達分析[J]. 王慧涵,張國君,姚鯤,楊威,廖愛軍,趙成海,劉卓剛. 中國醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 2012(12)
[10]表觀遺傳學(xué)調(diào)節(jié)子基因突變與骨髓增生異常綜合征發(fā)生[J]. 王婕妤,肖志堅. 中國實驗血液學(xué)雜志. 2011(05)
碩士論文
[1]TNF-α基因多態(tài)性與維吾爾族飼鴿者肺易感性的研究[D]. 孟珍芝.新疆醫(yī)科大學(xué) 2014
[2]HLA-DQA1基因多態(tài)性與兒童支氣管哮喘的相關(guān)性及血清IL-4、IFN-γ水平關(guān)系的研究[D]. 黃飛燕.瀘州醫(yī)學(xué)院 2013
本文編號：3072742
【文章來源】：新疆醫(yī)科大學(xué)新疆維吾爾自治區(qū)
【文章頁數(shù)】：60 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
實驗流程Fig.1Experimentalprocess
醫(yī)院確診的 4 例飼鴿者肺患者為病例組（A 組照組（B 組）4 例，為維吾爾族飼養(yǎng)鴿子時間在現(xiàn)的維吾爾族人；正常對照組（C 組）為 4 例其中對照組 4 例，年齡、性別、籍貫等均病例）、陰性對照組(B 組)及健康對照組(C析分析，在 Illumina 甲基化 HM450K BeadChip 礎(chǔ)之上實現(xiàn)背景數(shù)值校正預(yù)處理，之后對探針在對原始甲基化數(shù)據(jù)進行基礎(chǔ)處理之后，用各關(guān)系數(shù)(Pearson Correlation Coefficiency, PCC)，基化譜相關(guān)性進行分析，對 A、B、C 三組兩兩都有較高的相關(guān)性，這在一定程度上表明樣本。除此之外，對三組的探針進行統(tǒng)計，得到平照組之間的聯(lián)系進行明確，最終的結(jié)果證明患關(guān)性檢驗 P=2.2e-16），見圖 4，圖 5，圖 6。
圖 5 病例組與健康對照組甲基化程度全基因相關(guān)性ip between the case group and the healthy control group wmethylation whole gene（相關(guān)性檢驗 P=2.2e-16，PCC=0.9968）
【參考文獻】：
期刊論文
[1]印記基因調(diào)控腫瘤的研究進展[J]. 劉巖,王芳. 醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報. 2016(01)
[2]維吾爾族飼鴿者肺IFN-γ及IL-4基因多態(tài)性研究[J]. 李黎,鄔超,王懷振,楊曉紅,買買提艾力·吐爾遜,魏雪梅. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進展. 2015(36)
[3]飼鴿者肺與HLA-Ⅱ類因子甲基化的研究進展[J]. 王金芳,楊曉紅. 新疆醫(yī)學(xué). 2015(09)
[4]IL-10基因單核苷酸多態(tài)性與維吾爾族飼鴿者肺的研究[J]. 王文藝,丁巍,楊曉紅. 國際呼吸雜志. 2015 (18)
[5]白介素8蛋白表達水平及基因多態(tài)性與維吾爾族飼鴿者肺的相關(guān)性[J]. 王文藝,丁巍,楊曉紅. 中國全科醫(yī)學(xué). 2015(26)
[6]維吾爾族飼鴿者肺患者細胞因子水平變化及臨床意義研究[J]. 王文藝,鄔超,楊曉紅. 中國全科醫(yī)學(xué). 2014(32)
[7]外源性過敏性肺泡炎的臨床特點分析[J]. 夏海峰,王金花. 中國基層醫(yī)藥. 2014 (19)
[8]基因組DNA甲基化及組蛋白甲基化[J]. 王瑞嫻,徐建紅. 遺傳. 2014(03)
[9]SFRP5在白血病細胞中基因甲基化狀態(tài)及蛋白表達分析[J]. 王慧涵,張國君,姚鯤,楊威,廖愛軍,趙成海,劉卓剛. 中國醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 2012(12)
[10]表觀遺傳學(xué)調(diào)節(jié)子基因突變與骨髓增生異常綜合征發(fā)生[J]. 王婕妤,肖志堅. 中國實驗血液學(xué)雜志. 2011(05)
碩士論文
[1]TNF-α基因多態(tài)性與維吾爾族飼鴿者肺易感性的研究[D]. 孟珍芝.新疆醫(yī)科大學(xué) 2014
[2]HLA-DQA1基因多態(tài)性與兒童支氣管哮喘的相關(guān)性及血清IL-4、IFN-γ水平關(guān)系的研究[D]. 黃飛燕.瀘州醫(yī)學(xué)院 2013
本文編號：3072742
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