利用WGCNA鑒定谷子內(nèi)源脫落酸響應(yīng)禾生指梗霉脅迫的共表達(dá)基因
發(fā)布時(shí)間:2021-02-24 20:04
【目的】脫落酸(ABA)作為一類逆境激素,在植物生長(zhǎng)發(fā)育、生物脅迫和非生物脅迫中發(fā)揮著重要作用。脫落酸受體蛋白PYR/PYL/PCAR及SNF1相關(guān)的蛋白激酶(SnRK2)是介導(dǎo)脫落酸信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的重要調(diào)控因子。本研究通過(guò)預(yù)測(cè)脫落酸及其信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑中關(guān)鍵基因在谷子白發(fā)病致病菌禾生指梗霉(Sclerospora graminicola)中的調(diào)控作用,為谷子內(nèi)源脫落酸響應(yīng)禾生指梗霉侵染的互作研究提供參考。【方法】通過(guò)對(duì)禾生指梗霉侵染的晉谷21號(hào)谷子進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和脫落酸含量測(cè)定,基于谷子全基因組對(duì)脫落酸信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路上的PYL和SnRK2家族基因進(jìn)行鑒定、分析,利用測(cè)定的轉(zhuǎn)錄組構(gòu)建加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)(WGCNA),并與禾生指梗霉侵染引起的寄主內(nèi)源脫落酸含量進(jìn)行關(guān)聯(lián),預(yù)測(cè)脫落酸及其下游信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)基因PYL和SnRK2在谷子與禾生指梗霉互作調(diào)控中的關(guān)鍵核心基因;利用qRT-PCR技術(shù)對(duì)候選基因進(jìn)行驗(yàn)證!窘Y(jié)果】谷子中存在禾本科中較為保守的PYL和SnRK2家族基因各11個(gè),且在PYL和SnRK2家族基因的啟動(dòng)子上均預(yù)測(cè)到脫落酸響應(yīng)元件。在禾生指梗霉侵染后,寄主內(nèi)源脫落酸在第一、第二時(shí)期大量積累,含量顯...
【文章來(lái)源】:中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020,53(16)北大核心
【文章頁(yè)數(shù)】:14 頁(yè)
【文章目錄】:
0 引言
1 材料與方法
1.1 試驗(yàn)材料
1.2 谷子PYL和Sn RK2家族全基因篩選
1.3 谷子PYL和SnRK2蛋白理化性質(zhì)和基因定位分析
1.4 谷子PYL和Sn RK2的系統(tǒng)進(jìn)化分析
1.5 谷子PYL和Sn RK2的順式作用元件分析
1.6 脫落酸含量的測(cè)定
1.7 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和模塊鑒定
1.8 脫落酸及其下游信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)關(guān)鍵模塊鑒定和功能分析
1.9 谷子PYL和SnRK2在禾生指梗霉脅迫下的表達(dá)模式分析
1.1 0 實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qRT-PCR)
2 結(jié)果
2.1 谷子PYL和Sn RK2的篩選
2.2 谷子PYL和Sn RK2的系統(tǒng)進(jìn)化分析
2.3 順式作用元件預(yù)測(cè)
2.4 脫落酸含量的測(cè)定
2.5 谷子脫落酸共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)鑒定
2.6 谷子脫落酸共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)鑒定
2.7 模塊的功能富集
2.8 表達(dá)模式分析
2.9 實(shí)時(shí)熒光定量PCR
3 討論
4 結(jié)論
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]新中國(guó)成立70年來(lái)植物激素研究進(jìn)展[J]. 黎家,李傳友. 中國(guó)科學(xué):生命科學(xué). 2019(10)
[2]細(xì)菌漆酶的生物信息學(xué)分析[J]. 艾嘉,劉坤,張蕾,吳明旭,陳碩,朱德輝,韓毅強(qiáng),高亞梅. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2019(03)
[3]植物ABA受體及其介導(dǎo)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路[J]. 易文凱,王佳,楊輝,田云,盧向陽(yáng). 植物學(xué)報(bào). 2012(05)
[4]植物基因啟動(dòng)子研究進(jìn)展[J]. 張春曉,王文棋,蔣湘寧,陳雪梅. 遺傳學(xué)報(bào). 2004(12)
博士論文
[1]水稻ABA受體OsPYLs基因家族的鑒定和功能研究[D]. 田曉杰.中國(guó)科學(xué)院大學(xué)(中國(guó)科學(xué)院東北地理與農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所) 2017
[2]中國(guó)谷子產(chǎn)業(yè)發(fā)展問(wèn)題研究[D]. 張雪峰.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[3]煙草WD40蛋白TTG2對(duì)生長(zhǎng)發(fā)育和抗病性的調(diào)控作用[D]. 李寶燕.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[4]植物黃酮類化合物槲皮素與轉(zhuǎn)錄因子AtMYB44誘導(dǎo)和調(diào)控植物防衛(wèi)反應(yīng)的研究[D]. 賈振華.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
本文編號(hào):3049880
【文章來(lái)源】:中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020,53(16)北大核心
【文章頁(yè)數(shù)】:14 頁(yè)
【文章目錄】:
0 引言
1 材料與方法
1.1 試驗(yàn)材料
1.2 谷子PYL和Sn RK2家族全基因篩選
1.3 谷子PYL和SnRK2蛋白理化性質(zhì)和基因定位分析
1.4 谷子PYL和Sn RK2的系統(tǒng)進(jìn)化分析
1.5 谷子PYL和Sn RK2的順式作用元件分析
1.6 脫落酸含量的測(cè)定
1.7 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和模塊鑒定
1.8 脫落酸及其下游信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)關(guān)鍵模塊鑒定和功能分析
1.9 谷子PYL和SnRK2在禾生指梗霉脅迫下的表達(dá)模式分析
1.1 0 實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qRT-PCR)
2 結(jié)果
2.1 谷子PYL和Sn RK2的篩選
2.2 谷子PYL和Sn RK2的系統(tǒng)進(jìn)化分析
2.3 順式作用元件預(yù)測(cè)
2.4 脫落酸含量的測(cè)定
2.5 谷子脫落酸共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)鑒定
2.6 谷子脫落酸共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)鑒定
2.7 模塊的功能富集
2.8 表達(dá)模式分析
2.9 實(shí)時(shí)熒光定量PCR
3 討論
4 結(jié)論
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]新中國(guó)成立70年來(lái)植物激素研究進(jìn)展[J]. 黎家,李傳友. 中國(guó)科學(xué):生命科學(xué). 2019(10)
[2]細(xì)菌漆酶的生物信息學(xué)分析[J]. 艾嘉,劉坤,張蕾,吳明旭,陳碩,朱德輝,韓毅強(qiáng),高亞梅. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2019(03)
[3]植物ABA受體及其介導(dǎo)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路[J]. 易文凱,王佳,楊輝,田云,盧向陽(yáng). 植物學(xué)報(bào). 2012(05)
[4]植物基因啟動(dòng)子研究進(jìn)展[J]. 張春曉,王文棋,蔣湘寧,陳雪梅. 遺傳學(xué)報(bào). 2004(12)
博士論文
[1]水稻ABA受體OsPYLs基因家族的鑒定和功能研究[D]. 田曉杰.中國(guó)科學(xué)院大學(xué)(中國(guó)科學(xué)院東北地理與農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所) 2017
[2]中國(guó)谷子產(chǎn)業(yè)發(fā)展問(wèn)題研究[D]. 張雪峰.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[3]煙草WD40蛋白TTG2對(duì)生長(zhǎng)發(fā)育和抗病性的調(diào)控作用[D]. 李寶燕.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[4]植物黃酮類化合物槲皮素與轉(zhuǎn)錄因子AtMYB44誘導(dǎo)和調(diào)控植物防衛(wèi)反應(yīng)的研究[D]. 賈振華.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
本文編號(hào):3049880
本文鏈接:http://sikaile.net/kejilunwen/jiyingongcheng/3049880.html
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