利用WGCNA鑒定谷子內(nèi)源脫落酸響應(yīng)禾生指梗霉脅迫的共表達基因
發(fā)布時間:2021-02-24 20:04
【目的】脫落酸(ABA)作為一類逆境激素,在植物生長發(fā)育、生物脅迫和非生物脅迫中發(fā)揮著重要作用。脫落酸受體蛋白PYR/PYL/PCAR及SNF1相關(guān)的蛋白激酶(SnRK2)是介導脫落酸信號轉(zhuǎn)導的重要調(diào)控因子。本研究通過預(yù)測脫落酸及其信號轉(zhuǎn)導途徑中關(guān)鍵基因在谷子白發(fā)病致病菌禾生指梗霉(Sclerospora graminicola)中的調(diào)控作用,為谷子內(nèi)源脫落酸響應(yīng)禾生指梗霉侵染的互作研究提供參考。【方法】通過對禾生指梗霉侵染的晉谷21號谷子進行轉(zhuǎn)錄組測序和脫落酸含量測定,基于谷子全基因組對脫落酸信號轉(zhuǎn)導通路上的PYL和SnRK2家族基因進行鑒定、分析,利用測定的轉(zhuǎn)錄組構(gòu)建加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)(WGCNA),并與禾生指梗霉侵染引起的寄主內(nèi)源脫落酸含量進行關(guān)聯(lián),預(yù)測脫落酸及其下游信號轉(zhuǎn)導基因PYL和SnRK2在谷子與禾生指梗霉互作調(diào)控中的關(guān)鍵核心基因;利用qRT-PCR技術(shù)對候選基因進行驗證!窘Y(jié)果】谷子中存在禾本科中較為保守的PYL和SnRK2家族基因各11個,且在PYL和SnRK2家族基因的啟動子上均預(yù)測到脫落酸響應(yīng)元件。在禾生指梗霉侵染后,寄主內(nèi)源脫落酸在第一、第二時期大量積累,含量顯...
【文章來源】:中國農(nóng)業(yè)科學. 2020,53(16)北大核心
【文章頁數(shù)】:14 頁
【文章目錄】:
0 引言
1 材料與方法
1.1 試驗材料
1.2 谷子PYL和Sn RK2家族全基因篩選
1.3 谷子PYL和SnRK2蛋白理化性質(zhì)和基因定位分析
1.4 谷子PYL和Sn RK2的系統(tǒng)進化分析
1.5 谷子PYL和Sn RK2的順式作用元件分析
1.6 脫落酸含量的測定
1.7 共表達網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和模塊鑒定
1.8 脫落酸及其下游信號轉(zhuǎn)導關(guān)鍵模塊鑒定和功能分析
1.9 谷子PYL和SnRK2在禾生指梗霉脅迫下的表達模式分析
1.1 0 實時熒光定量PCR(qRT-PCR)
2 結(jié)果
2.1 谷子PYL和Sn RK2的篩選
2.2 谷子PYL和Sn RK2的系統(tǒng)進化分析
2.3 順式作用元件預(yù)測
2.4 脫落酸含量的測定
2.5 谷子脫落酸共表達網(wǎng)絡(luò)鑒定
2.6 谷子脫落酸共表達網(wǎng)絡(luò)鑒定
2.7 模塊的功能富集
2.8 表達模式分析
2.9 實時熒光定量PCR
3 討論
4 結(jié)論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]新中國成立70年來植物激素研究進展[J]. 黎家,李傳友. 中國科學:生命科學. 2019(10)
[2]細菌漆酶的生物信息學分析[J]. 艾嘉,劉坤,張蕾,吳明旭,陳碩,朱德輝,韓毅強,高亞梅. 基因組學與應(yīng)用生物學. 2019(03)
[3]植物ABA受體及其介導的信號轉(zhuǎn)導通路[J]. 易文凱,王佳,楊輝,田云,盧向陽. 植物學報. 2012(05)
[4]植物基因啟動子研究進展[J]. 張春曉,王文棋,蔣湘寧,陳雪梅. 遺傳學報. 2004(12)
博士論文
[1]水稻ABA受體OsPYLs基因家族的鑒定和功能研究[D]. 田曉杰.中國科學院大學(中國科學院東北地理與農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所) 2017
[2]中國谷子產(chǎn)業(yè)發(fā)展問題研究[D]. 張雪峰.東北農(nóng)業(yè)大學 2013
[3]煙草WD40蛋白TTG2對生長發(fā)育和抗病性的調(diào)控作用[D]. 李寶燕.南京農(nóng)業(yè)大學 2012
[4]植物黃酮類化合物槲皮素與轉(zhuǎn)錄因子AtMYB44誘導和調(diào)控植物防衛(wèi)反應(yīng)的研究[D]. 賈振華.南京農(nóng)業(yè)大學 2010
本文編號:3049880
【文章來源】:中國農(nóng)業(yè)科學. 2020,53(16)北大核心
【文章頁數(shù)】:14 頁
【文章目錄】:
0 引言
1 材料與方法
1.1 試驗材料
1.2 谷子PYL和Sn RK2家族全基因篩選
1.3 谷子PYL和SnRK2蛋白理化性質(zhì)和基因定位分析
1.4 谷子PYL和Sn RK2的系統(tǒng)進化分析
1.5 谷子PYL和Sn RK2的順式作用元件分析
1.6 脫落酸含量的測定
1.7 共表達網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和模塊鑒定
1.8 脫落酸及其下游信號轉(zhuǎn)導關(guān)鍵模塊鑒定和功能分析
1.9 谷子PYL和SnRK2在禾生指梗霉脅迫下的表達模式分析
1.1 0 實時熒光定量PCR(qRT-PCR)
2 結(jié)果
2.1 谷子PYL和Sn RK2的篩選
2.2 谷子PYL和Sn RK2的系統(tǒng)進化分析
2.3 順式作用元件預(yù)測
2.4 脫落酸含量的測定
2.5 谷子脫落酸共表達網(wǎng)絡(luò)鑒定
2.6 谷子脫落酸共表達網(wǎng)絡(luò)鑒定
2.7 模塊的功能富集
2.8 表達模式分析
2.9 實時熒光定量PCR
3 討論
4 結(jié)論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]新中國成立70年來植物激素研究進展[J]. 黎家,李傳友. 中國科學:生命科學. 2019(10)
[2]細菌漆酶的生物信息學分析[J]. 艾嘉,劉坤,張蕾,吳明旭,陳碩,朱德輝,韓毅強,高亞梅. 基因組學與應(yīng)用生物學. 2019(03)
[3]植物ABA受體及其介導的信號轉(zhuǎn)導通路[J]. 易文凱,王佳,楊輝,田云,盧向陽. 植物學報. 2012(05)
[4]植物基因啟動子研究進展[J]. 張春曉,王文棋,蔣湘寧,陳雪梅. 遺傳學報. 2004(12)
博士論文
[1]水稻ABA受體OsPYLs基因家族的鑒定和功能研究[D]. 田曉杰.中國科學院大學(中國科學院東北地理與農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所) 2017
[2]中國谷子產(chǎn)業(yè)發(fā)展問題研究[D]. 張雪峰.東北農(nóng)業(yè)大學 2013
[3]煙草WD40蛋白TTG2對生長發(fā)育和抗病性的調(diào)控作用[D]. 李寶燕.南京農(nóng)業(yè)大學 2012
[4]植物黃酮類化合物槲皮素與轉(zhuǎn)錄因子AtMYB44誘導和調(diào)控植物防衛(wèi)反應(yīng)的研究[D]. 賈振華.南京農(nóng)業(yè)大學 2010
本文編號:3049880
本文鏈接:http://sikaile.net/kejilunwen/jiyingongcheng/3049880.html
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