賽葵黃脈病毒（Malvastrum yellow vein virus,MaYVV）屬于雙生病毒科（Geminiviridae）菜豆金色花葉病毒屬（Begomovirus）的成員,該病毒首次于2003年在云南省紅河地區(qū)表現(xiàn)黃脈癥狀的賽葵上分離,在我國云南、四川等地賽葵、勝紅薊等雜草上廣泛發(fā)生。MaYVV為單組份雙生病毒,并伴隨有β衛(wèi)星分子（Malvastrum yellow vein betasatellite,MaYVB）。MaYVV與MaYVB共同侵染本氏煙（Nicotiana benthamiana）可引起黃脈、曲葉的癥狀,但其癥狀形成機理仍不清楚。為鑒定與寄主黃脈癥狀形成相關(guān)的寄主基因,本研究對MaYVV/MaYVB侵染的本氏煙和未接種對照植株進行轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-Seq）,分析病毒侵染后寄主內(nèi)源基因的差異表達。對差異表達基因進行GO富集分析發(fā)現(xiàn),病毒侵染后,本氏煙體內(nèi)差異表達基因顯著富集到136個terms,主要在tRNA代謝、光系統(tǒng)II析氧復(fù)合體等過程顯著富集;KEGG通路富集分析發(fā)現(xiàn),病毒侵染后,卟啉與葉綠素代謝、光合作用等通路發(fā)生顯著改變,從而推斷卟啉與葉綠素代謝和光... 

【文章來源】：西南大學(xué)重慶市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：73 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

MaYVV/MaYVB侵染本氏煙癥狀表型A：MaYVV/MaYVB侵染本氏煙；B：陰性對照

第二章 MaYVV/MaYVB 侵染本氏煙的比較轉(zhuǎn)錄組學(xué)分aYVV/MaYVB 的 PCR 檢測集 3.1 中 MaYVV/MaYVB 接種或陰性對照本氏煙各A+β_1、NbY47A+β_2、NbY47A+β_3，NbCK1、NbCK法[9]提取植物組織總 DNA，設(shè)計引物 MaYVV-F/R，MaY植物體 MaYVV/MaYVB，其中 NbY47A+β_1、NbY47A+β均擴增到目的條帶大小的片段。（圖 2.2）。

(24.8%)(25.78%)(24.7%)(22.09%)(23.33%Uniquely mapped10090615(72.99%)10186414(71.96%)11881191(73.12%)9766217(74.73%)1114894(73.72%Reads map to '+'5048730(36.52%)5096010 (36%)5945164(36.59%)4881174(37.35%)557671(36.88%Reads map to '-'5041885(36.47%)5090404(35.96%)5936027(36.53%)4885043(37.38%)557223(36.85%Non-splice reads8658536(62.63%)8737123(61.72%)10242853(63.04%)8469483(64.81%)957659(63.33%Splice reads1432079(10.36%)1449291(10.24%)1638338(10.08%)1296734(9.92%)157234(10.4%：(1) Total reads：測序序列經(jīng)過測序數(shù)據(jù)過濾后的數(shù)量統(tǒng)計(Clean data)。(2) Total mapped：能定位到基因組上的測序序列的數(shù)量的統(tǒng)計；一般情況下，如果不存在污染并且參考基因組選擇合情況下，這部分?jǐn)?shù)據(jù)的百分比大于 70%。(3) Multiple mapped：在參考序列上有多個比對位置的測序序列的數(shù)量統(tǒng)計；這部分?jǐn)?shù)據(jù)的百分比一般會小于 10%。(4) Uniquely mapped：在參考序列上有唯一比對位置的測序序列的數(shù)量統(tǒng)計。(5) Reads map to '+'，Reads map to '-'：測序序列比對到基因組上正鏈和負(fù)鏈的統(tǒng)計。(6) Splice reads：(2)中，分段比對到兩個外顯子上的測序序列(也稱為 Junction reads)的統(tǒng)計，Non-splice reads 為整段到外顯子的測序序列的統(tǒng)計，Splice reads 的百分比取決于測序片段的長度。

【參考文獻】：
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本文編號：3038070