榔梅作為孑遺樹(shù)種,果實(shí)極具藥用價(jià)值。為研究榔梅檸檬酸的生物合成途徑,采用Illumina HiSeq XTen高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)榔梅果實(shí)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,經(jīng)過(guò)拼接組裝后得到38 936條unigene,其中28 311條unigene被公共數(shù)據(jù)庫(kù)成功注釋,15 193條unigene映射到265條KEGG代謝通路;18 908條unigene可歸類(lèi)到59個(gè)GO功能亞類(lèi)。在檸檬酸合成與代謝途徑中,共有103條unigene編碼15個(gè)關(guān)鍵酶參與檸檬酸循環(huán)。對(duì)檸檬酸合酶進(jìn)行序列分析和同源建模,結(jié)果顯示榔梅的檸檬酸合酶是以α螺旋為主的同源二聚體蛋白,酶的活性中心氨基酸高度保守。該研究為榔梅果實(shí)中檸檬酸生物合成途徑的解析奠定了基礎(chǔ),促進(jìn)了榔梅基因資源的保護(hù)和開(kāi)發(fā)。 

【文章來(lái)源】：中國(guó)中藥雜志. 2020,45(19)北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】：11 頁(yè)

【部分圖文】：

組裝的轉(zhuǎn)錄本序列長(zhǎng)度分布

表2 unigene注釋結(jié)果統(tǒng)計(jì)Table 2 Statistics of unigene annotated results 數(shù)據(jù)庫(kù) unigene/條 占比/% CDD 20 180 51.83 TrEMBL 25 982 66.73 NR 26 426 67.87 NT 18 350 47.13 KEGG 15 193 39.02 Swiss-Prot 19 830 50.93 Pfam 18 023 46.29 GO 18 908 48.56 KOG 14 688 37.722.2.2 KOG分類(lèi)

榔梅轉(zhuǎn)錄組的KOG分類(lèi)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
[1]小金海棠檸檬酸合成酶基因MxCS2的克隆與功能分析[D]. 石巖.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016



本文編號(hào)：3034693