目的通過甲狀腺乳頭狀癌（papillary thyroid carcinoma,PTC）生物信息學(xué)分析,獲取與PTC預(yù)后顯著相關(guān)的基因,為PTC的發(fā)病機制提供理論依據(jù)。方法從NCBI的GEO Databases數(shù)據(jù)庫檢索PTC的芯片數(shù)據(jù)GSE3678、GSE33630和GSE82208,三組基因芯片共包含94例PTC及77例癌旁組織基因表達譜。使用GEO2R工具分析PTC與癌旁組織差異表達的基因;將共表達的基因?qū)肟梢暬瘮?shù)據(jù)庫（the database for annotation,visualization and integrated discovery,DAVID）進行基因富集分析（gene ontology,GO）和信號通路分析（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）;使用STRING和Cytoscape進行蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析（protein-protein interaction,PPI）;使用GEPIA分析核心基因的生存信息。隨后培養(yǎng)PTC細(xì)胞株,收集52例臨床組織樣本,分別驗證FN1在PTC組織樣本和細(xì)胞中的表達情況。結(jié)... 

【文章來源】：右江醫(yī)學(xué). 2020,48(07)

【文章頁數(shù)】：9 頁

【部分圖文】：

三組基因表達芯片的Venn分析

基因芯片的火山圖分析,差異表達倍數(shù) |logFC| >2

共有52例臨床樣本納入研究,FN1在31例(59.61%)PTC組織中呈上調(diào)表達,平均表達倍數(shù)變化為(3.75±5.90)倍。見圖6A、圖6C。與Nthy-ori 3-1細(xì)胞相比,BCPAP和TPC-1中FN1的表達水平分別提高了(4.75±1.12)倍、(11.89±3.53)倍(均P<0.01)。見圖6B。表明FN1在PTC組織和細(xì)胞中的表達增加,可能與PTC病情進展相關(guān)。圖4 DEGs蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)互作分析

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3033632