目的通過對炎癥性腸病差異基因的篩選以及結直腸癌隊列生存特征和表達模式的探究,為炎癥相關結直腸癌的發(fā)生與發(fā)展的后續(xù)研究提供候選基因。方法從GEO數(shù)據(jù)庫中選擇RNA測序表達譜數(shù)據(jù)集GSE95473和GSE107597,通過常規(guī)轉(zhuǎn)錄組表達譜差異分析,篩選出炎癥性腸病差異表達基因（DEG）,利用GO數(shù)據(jù)庫獲取DEG的功能注釋,并利用KEGG數(shù)據(jù)庫進行通路富集分析。同時基于TCGA數(shù)據(jù)庫進一步在結直腸癌數(shù)據(jù)集中篩選具有預后意義的基因,并評價其在結直腸腫瘤中的表達特征。結果兩個數(shù)據(jù)集篩選到了共有DEGs 100個,通過主成分分析證實這些基因能夠?qū)Y直腸癌腫瘤和黏膜區(qū)分良好。進一步篩選,獲得ALDOB,SPINK4,REG4,IL1B,C2CD4A,CXCL8,NOS2,CXCL3等候選基因。這些基因在結直腸腫瘤中高表達,并且這些基因的高表達往往提示患者預后較好。結論 ALDOB,SPINK4,REG4,IL1B,C2CD4A,CXCL8,NOS2,CXCL3可能在炎癥相關結直腸癌的發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮重要作用,有待于后續(xù)炎癌轉(zhuǎn)化相關功能驗證和機制探究。 

【文章來源】：中華結直腸疾病電子雜志. 2020,9(03)

【文章頁數(shù)】：9 頁

【文章目錄】：
資料與方法
    一、在GEO數(shù)據(jù)庫中篩選炎癥性腸病相關基因
    二、功能富集分析
    三、通過TCGA進一步篩選結直腸癌預后相關基因及數(shù)據(jù)庫內(nèi)驗證
    四、統(tǒng)計學分析
結 果
    一、GEO數(shù)據(jù)庫中炎癥性腸病相關基因篩選結果
    二、炎癥性腸病相關差異表達基因的功能富集分析
    三、通過TCGA篩選出提示結直腸癌預后不良的基因
    四、在TCGA數(shù)據(jù)庫中探索候選基因在結直腸癌中的表達模式
討 論



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