合浦珠母貝（Pinctada fucata）是世界上培育海水珍珠的主要貝種,其分布廣泛,在太平洋、印度洋和大西洋的主要熱帶和溫帶海洋都有分布。它也是中國重要的海水養(yǎng)殖種類,其培育的珍珠即為聞名遐邇的“南珠”,具有極高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。中國合浦珠母貝的遺傳育種研究經(jīng)歷了十余年的發(fā)展,在不同年代提供了針對(duì)養(yǎng)殖育種現(xiàn)狀和經(jīng)濟(jì)需求的多種研究思路及方案,并取得過豐碩成果。隨著現(xiàn)代生物技術(shù)不斷進(jìn)步發(fā)展,各種水產(chǎn)動(dòng)物包括合浦珠母貝的遺傳育種都迎來了新的思考角度和發(fā)展機(jī)遇。相比傳統(tǒng)的家系選育需要多個(gè)世代長(zhǎng)達(dá)十幾年的育種年限,現(xiàn)代生物技術(shù)能大大加速育種的效率,也能針對(duì)種質(zhì)衰退、養(yǎng)殖環(huán)境惡化等現(xiàn)狀,提供多水平更精準(zhǔn)的遺傳育種解決方案。全基因組SNP分型技術(shù)能對(duì)合浦珠母貝遺傳育種工作帶來技術(shù)上的進(jìn)步升級(jí),具有廣闊的研究及應(yīng)用前景。為此,本研究以合浦珠母貝為研究對(duì)象,開展的研究包括（1）基于GBS簡(jiǎn)化基因組技術(shù)的大規(guī)模SNP標(biāo)記的開發(fā)、注釋及個(gè)體基因分型;（2）利用開發(fā)的SNP標(biāo)記構(gòu)建高密度遺傳連鎖圖譜,并結(jié)合采集的該家系表型信息,進(jìn)行QTL定位及分析;（3）克隆了合浦珠母貝熱休克蛋白基因HSP22,并探究了高溫脅... 

【文章來源】：上海海洋大學(xué)上海市

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

合浦珠母貝部分樣品基因組DNA瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)結(jié)果

上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文2.3.3 GBS 測(cè)序數(shù)據(jù)對(duì) 978 個(gè)合浦珠母貝個(gè)體構(gòu)建了測(cè)序文庫，并全部獲得了測(cè)序數(shù)據(jù)，用 BWA軟件將 GBS 測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)到合浦珠母貝參考基因組，通過比對(duì)率檢測(cè)樣品與參考基因組的相似程度，全部樣品比對(duì)率范圍為 3.8%~94.0%ǐ根據(jù)比對(duì)結(jié)果統(tǒng)計(jì)發(fā)現(xiàn)，所有樣品獲得的標(biāo)簽平均數(shù)目為 312,008 個(gè)，平均測(cè)序深度為 13 ，對(duì)參考基因組的覆蓋度范圍為 0.84%~12.50%，平均覆蓋度為 5.43%ǐ為保證分析質(zhì)量，對(duì)所有個(gè)體的測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控后獲得 HighQReads，下圖作為示例，是所測(cè)樣品中的其中л個(gè)合浦珠母貝個(gè)體質(zhì)控后 HighQ Reads 的堿基分布和質(zhì)量分布圖，展示了該個(gè)體Reads各個(gè)位置出現(xiàn)A/C/G/T/N堿基的比例（A）和各個(gè)位置上的測(cè)序質(zhì)量分布（B）ǐ可以看出，測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量主要分布在 Q30以上，表明數(shù)據(jù)質(zhì)量較高，這樣能保證后續(xù)分析的正常進(jìn)行ǐ

共計(jì)獲得 129,584 個(gè) SNP 位點(diǎn)，比對(duì)率較低且 SNP 分型缺失率高于30%的樣品定義為異常樣品，異常樣品出現(xiàn) 3 個(gè)，其信息統(tǒng)計(jì)表如表 2-5 所示，剔除異常樣品后獲得新的分型結(jié)果文件，大小為 2,727,057 Kbǐ表 2-5 異常樣品信息統(tǒng)計(jì)表Tab 2-5Abnormal sample information樣品名稱 Sample name 分型缺失率 Genotyping missing rateA6.C09.85 41.08%A6.F08.109 95.86%A3.D06.81 95.96%2.3.5 SNP 注釋結(jié)果SNP 注釋用的是 SnpEff 軟件，得到詳細(xì)的 vcf 格式注釋結(jié)果文件和網(wǎng)頁版匯總結(jié)果，注釋結(jié)果涵蓋大量信息，圖 2-4 是注釋結(jié)果總覽ǐ

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]馬氏珠母貝“海選1號(hào)”和對(duì)照群體生長(zhǎng)性狀的比較[J]. 陳小宏,蔡強(qiáng),陳海進(jìn),趙軍,徐會(huì)平.  安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(01)
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[3]合浦珠母貝選育組和對(duì)照組生長(zhǎng)性狀相關(guān)分析[J]. 郭奕惠,劉寶鎖,范嗣剛,張博,陳曉玲,喻達(dá)輝.  上海海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2017(02)
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博士論文
[1]牡蠣生長(zhǎng)與高溫耐受性狀的遺傳解析[D]. 王金鵬.中國科學(xué)院研究生院(海洋研究所) 2016
[2]蝦夷扇貝橘紅色閉殼肌產(chǎn)生的原因及其在育種中的應(yīng)用[D]. 李寧.中國海洋大學(xué) 2009

碩士論文
[1]類胡蘿卜素含量和SCD基因表達(dá)水平對(duì)合浦珠母貝高溫適應(yīng)性的影響[D]. 孟子豪.上海海洋大學(xué) 2017
[2]馬氏珠母貝SNP標(biāo)記開發(fā)與其生長(zhǎng)性狀的關(guān)聯(lián)分析[D]. 溫海洋.海南大學(xué) 2014
[3]櫛孔扇貝、海灣扇貝熱休克蛋白22基因的克隆和表達(dá)及其與櫛孔扇貝抗熱性狀相關(guān)SNP位點(diǎn)的篩查[D]. 張蕾.中國海洋大學(xué) 2009



本文編號(hào)：3025325