背景與目的:DNA甲基化是目前研究最廣泛的表觀遺傳修飾,在多種疾病過程中扮演十分重要的角色。異常DNA甲基化通常發(fā)生于惡性腫瘤早期階段且在多種生物樣本中具有較高的穩(wěn)定性,因此它們可以作為潛在的早期診斷的生物標(biāo)志物。食管鱗狀細(xì)胞癌（Esophageal squamous cell carcinoma,ESCC）是我國常見的消化系統(tǒng)惡性腫瘤,缺乏有效的早期診斷方法,導(dǎo)致許多患者診斷時(shí)己處于疾病中晚期或已發(fā)生轉(zhuǎn)移。本研究對91例食管鱗癌患者癌和癌旁配對樣本的全基因組DNA甲基化譜進(jìn)行綜合分析,以期闡明甲基化改變在食管鱗癌異常分子網(wǎng)絡(luò)調(diào)控中的重要作用,鑒別具有應(yīng)用潛力的甲基化診斷標(biāo)志物,為鑒別與食管鱗癌發(fā)生發(fā)展相關(guān)的表觀遺傳改變以及潛在的表觀靶向藥物奠定了基礎(chǔ)。方法:本研究運(yùn)用Illumina450K甲基化芯片方法,分別對91例食管鱗癌患者的配對樣本進(jìn)行全基因組DNA甲基化水平的檢測,進(jìn)行癌和癌旁樣本甲基化譜的比較分析;整合相應(yīng)患者的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),進(jìn)行DNA甲基化和對應(yīng)基因表達(dá)水平的關(guān)聯(lián)分析,闡明不同區(qū)域異常甲基化改變在食管鱗癌關(guān)鍵分子通路中的調(diào)控作用;聯(lián)合隨機(jī)森林和LASSO方法在食管鱗癌異常... 

【文章來源】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院北京市 211工程院校 985工程院校

【文章頁數(shù)】：95 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１－２數(shù)據(jù)分析流程??首先，基于９１對食管鱗癌和癌旁樣本的４５０Ｋ甲基化芯片數(shù)據(jù)，進(jìn)行配對?

相關(guān)區(qū)域、增強(qiáng)子區(qū)域、ＤＮＡ酶Ｉ超敏位點(diǎn)（ＤＮａｓｅｌｈｙｐｅｒｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙｓｉｔｅ）和基??因相關(guān)功能區(qū)域的比例。總的差異甲基化位點(diǎn)在不同染色體之間的分布存在明顯??的差異（圖１－４），例如其在８號染色體的分布比例是背景分布的１．３２倍，而在??２２號染色體的比例顯著低于背景分布。另外，高甲基化位點(diǎn)在１８號染色體存在??顯著富集，而低甲基化位點(diǎn)同樣在８號染色體的占比高于背景比例；我們還發(fā)現(xiàn)??高甲基化和低甲基化位點(diǎn)在９、１７和２２號染色體中的比例顯著低于背景分布（圖??Ｉ－３Ｃ?和圖?Ｉ－６Ａ）。??Ａ??丨??圖１－４總的差異甲基化位點(diǎn)在各個(gè)染色體的統(tǒng)計(jì)分布和風(fēng)險(xiǎn)比??Ａ．

相關(guān)區(qū)域、增強(qiáng)子區(qū)域、ＤＮＡ酶Ｉ超敏位點(diǎn)（ＤＮａｓｅｌｈｙｐｅｒｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙｓｉｔｅ）和基??因相關(guān)功能區(qū)域的比例�？偟牟町惣谆稽c(diǎn)在不同染色體之間的分布存在明顯??的差異（圖１－４），例如其在８號染色體的分布比例是背景分布的１．３２倍，而在??２２號染色體的比例顯著低于背景分布。另外，高甲基化位點(diǎn)在１８號染色體存在??顯著富集，而低甲基化位點(diǎn)同樣在８號染色體的占比高于背景比例；我們還發(fā)現(xiàn)??高甲基化和低甲基化位點(diǎn)在９、１７和２２號染色體中的比例顯著低于背景分布（圖??Ｉ－３Ｃ?和圖?Ｉ－６Ａ）。??Ａ??丨??圖１－４總的差異甲基化位點(diǎn)在各個(gè)染色體的統(tǒng)計(jì)分布和風(fēng)險(xiǎn)比??Ａ．


本文編號：3023262