柑橘植物因果實(shí)富含營養(yǎng)而具有重要經(jīng)濟(jì)價(jià)值。多個(gè)柑橘植物全基因組測序相繼的完成,同時(shí),柑橘所屬的蕓香科中的近源植物酒餅勒基因組也完成了測序,豐富的基因組數(shù)據(jù)為柑橘植物乃至整個(gè)蕓香科植物提供了研究機(jī)會(huì)。本課題通過對(duì)多個(gè)基因組比對(duì)分析,鑒定柑橘基因組中存在的由多倍化產(chǎn)生的重復(fù)基因,以及不同物種之間的直系同源關(guān)系,構(gòu)建了多個(gè)柑橘植物基因組與多倍化和物種分化相關(guān)聯(lián)的同源共線性基因列表,為柑橘植物基因組進(jìn)化和基因功能演化提供了重要的比較基因組學(xué)數(shù)據(jù)資源;通過與外類群葡萄保留的同源染色體區(qū)域進(jìn)行比較,發(fā)現(xiàn)柑橘基因組在多倍化之后同源染色體間的同源共線性遭到了嚴(yán)重破壞,這種破壞可能是由于大量的基因丟失和轉(zhuǎn)位造成。研究中,對(duì)于柑橘植物基因保留的統(tǒng)計(jì)發(fā)現(xiàn),組裝較好的三個(gè)柑橘植物的基因保留率達(dá)65%⁸2%,比其他真雙子葉植物中保留更高;發(fā)現(xiàn)柑橘中的重復(fù)基因丟失屬于隨機(jī)發(fā)生的進(jìn)化事件,并且共線性區(qū)域基因連續(xù)丟失的長度近似服從幾何分布。課題推斷了柑橘植物基因組發(fā)生加倍的時(shí)間,并對(duì)各個(gè)柑橘植物的進(jìn)化時(shí)間進(jìn)行了校正,發(fā)現(xiàn)甜橙在所研究的柑橘植物中進(jìn)化速率最快。同時(shí),推斷出了各個(gè)物種之間的分化時(shí)間節(jié)... 

【文章來源】：華北理工大學(xué)河北省

【文章頁數(shù)】：77 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

同源基因之間的關(guān)系

華北理工大學(xué)碩士學(xué)位論文第 2 章 柑橘植物基因組共線性分析.1 數(shù)據(jù)材料本課題選用柑橘亞科中的六個(gè)代表性物種（甜橙、克萊門蒂小柑橘、柚子、、宜昌橙和酒餅簕）為主要研究對(duì)象，另外選取葡萄作為外類群，進(jìn)行基因組分析研究，各個(gè)物種間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系如下圖 2。

- 14 -圖 3 葡萄基因組點(diǎn)陣圖Fig.3 Homologous dotplot within the genome of Vitis vinifera注：圖中橫、縱坐標(biāo)代表葡萄 19 條染色體上的基因（按照基因在染色體上的位置依次排列）。彩色的點(diǎn)（紅色、藍(lán)色和灰色）代表葡萄基因組內(nèi)的同源基因，形成的片段代表同源基因片段。本研究選取甜橙為柑橘植物的代表，通過繪制甜橙基因組內(nèi)同源基因點(diǎn)陣圖來說明柑橘植物在進(jìn)化過程中基因組結(jié)構(gòu)的變化。如下圖 4 所示，柑橘基因組不同于葡萄基因組結(jié)構(gòu)，只保留有現(xiàn)有的 9 條染色體，而且其染色體在進(jìn)化過程中發(fā)生過很大的變化，尤其是大量的染色體片段的重組。從甜橙基因組結(jié)構(gòu)比對(duì)點(diǎn)陣圖中，可以發(fā)現(xiàn)大量一對(duì)二的同源片段，而這種同源關(guān)系發(fā)生在整個(gè)基因組結(jié)構(gòu)中，可以推甜橙基因組發(fā)生過一次近期的全基因組加倍。不同于葡萄基因組，甜橙基因組經(jīng)


本文編號(hào)：3019029