目的通過加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（WGCNA）探索與結(jié)腸癌預(yù)后有關(guān)的長鏈非編碼RNA （LncRNA）,并對下游靶基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析。方法從The Cancer Genome Atlas （TCGA）數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站下載人結(jié)腸癌RNA二代測序原始數(shù)據(jù),利用R語言對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,篩選差異表達(dá)基因。對差異表達(dá)基因進(jìn)行WGCNA分析,進(jìn)行基因模塊的鑒定及結(jié)腸癌預(yù)后相關(guān)LncRNA的篩選。從Gene Expression Omnibus （GEO）數(shù)據(jù)庫下載獨立數(shù)據(jù)集GSE39582、GSE20916和GSE41568對候選LncRNA進(jìn)行驗證。在Lnc ACTdb2. 0數(shù)據(jù)庫中,對候選LncRNA下游靶基因進(jìn)行功能及信號通路富集分析,以推測lncRNA的生物學(xué)功能。結(jié)果分析TCGA中的結(jié)腸癌數(shù)據(jù)集共發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)基因4227個,其中上調(diào)基因1899個,下調(diào)基因2328個。WGCNA將所有差異表達(dá)的基因分成12個模塊。粉色模塊（pink module）的特征值與結(jié)腸癌患者的總生存期具有較高的相關(guān)性（r=0. 68,P=0. 0001）。LINC01021高表達(dá)的結(jié)腸癌患者的總體存活率更低（P=... 

【文章來源】：錦州醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 2020,41(03)

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【部分圖文】：

lncRNA-mR NA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)

基于加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析將所有差異表達(dá)的基因分成12個模塊，見圖1A。為了推測這些基因的臨床意義，將基因模塊與結(jié)腸癌患者的臨床信息相結(jié)合。腫瘤組織分期及患者生存資料作為選擇功能模塊的重要評估指標(biāo)。結(jié)果顯示粉色模塊(pink module)的特征值與結(jié)腸癌患者的總生存期具有較高的相關(guān)性(r=0.68,P=0.0001)，見圖1B。為了探索預(yù)后分子標(biāo)志物，本研究選擇粉色模塊中的LncRNA進(jìn)行下一步的生存分析。2.3 篩選與結(jié)腸癌患者總體生存率相關(guān)的Ln-cRNA

使用另外的獨立數(shù)據(jù)集GSE20916對候選lncRNA在結(jié)腸癌中的表達(dá)水平進(jìn)行驗證，LINC01021在結(jié)腸癌中表達(dá)水平高于正常結(jié)腸組織，兩組LINC01021表達(dá)水平比較，差異有統(tǒng)計學(xué)意義(t=9.549,P<0.01)，見圖3A。此外，在數(shù)據(jù)集GSE41568中，LINC01021在轉(zhuǎn)移結(jié)腸癌中的表達(dá)水平高于原位結(jié)腸癌，差異有統(tǒng)計學(xué)意義(t=4.927,P<0.01)，見圖3B。使用LncACT-db2.0數(shù)據(jù)庫預(yù)測LINC01021下游靶基因，共137個基因，見圖4。為了進(jìn)一步推測LINC01021的功能，對下游靶基因進(jìn)行功能富集分析和信號通路富集分析，GO分析發(fā)現(xiàn)lncRNA-mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)中的mRNA主要參與細(xì)胞增殖負(fù)調(diào)控，調(diào)節(jié)細(xì)胞周期素依賴蛋白激酶活性，調(diào)節(jié)細(xì)胞周期等，KEGG分析發(fā)現(xiàn)lncRNA-mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)中的mRNA主要參與PI3K/AKT信號通路激活和CT-NNB1磷酸化級聯(lián)反應(yīng)等，結(jié)果見圖5。圖3 在各組織標(biāo)本中LINC01021的表達(dá)水平

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Long noncoding RNA HOXA11-AS promotes gastric cancer cell proliferation and invasion via SRSF1 and functions as a biomarker in gastric cancer[J]. Yun Liu,Yu-Mei Zhang,Feng-Bo Ma,Su-Rong Pan,Bao-Zhen Liu.  World Journal of Gastroenterology. 2019(22)
[2]連翹提取物通過PI3K-AKT-mTOR信號通路逆轉(zhuǎn)結(jié)腸癌氟尿嘧啶耐藥細(xì)胞株的研究[J]. 俞燕麗,傅睿.  新中醫(yī). 2019(05)

碩士論文
[1]長鏈非編碼RNA LINC01021在食管鱗癌中的表達(dá)及其對食管癌細(xì)胞生物學(xué)行為的影響[D]. 徐鳳樓.河北醫(yī)科大學(xué) 2018



本文編號：3010635