第一部分:基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)肝細(xì)胞癌相關(guān)基因的篩選及生物信息學(xué)分析目的:通過生物信息學(xué)方法,利用R軟件從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)篩選出肝細(xì)胞癌差異性表達(dá)的基因,探索肝細(xì)胞癌的發(fā)病機(jī)制。方法:本研究從癌癥基因組圖譜（The Cancer Genome Atlas,TCGA）數(shù)據(jù)庫(kù)下載的423個(gè)肝細(xì)胞癌樣本（373個(gè)腫瘤樣本和50個(gè)正常組織樣本）的mRNA原始表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行了綜合分析,利用R軟件和edgeR包篩選出差異表達(dá)基因（表達(dá)倍數(shù)>2倍,P<0.05）,選取表達(dá)差異顯著上調(diào)與下調(diào)的前100個(gè)基因進(jìn)行基因本體論（Gene Ontology,GO）富集分析、京都基因和基因組百科全書（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）信號(hào)通路富集分析和蛋白互作網(wǎng)絡(luò)（protein-protein interaction network,PPI network）分析。結(jié)果:總共篩選出15508個(gè)肝細(xì)胞癌中表達(dá)顯著的基因,其中7010個(gè)上調(diào)基因,8498個(gè)下調(diào)基因。GO富集分析總共得到20個(gè)條目（P值<0.01,FDR<0.01）,結(jié)果顯示這... 

【文章來源】：河南大學(xué)河南省

【文章頁(yè)數(shù)】：56 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

差異基因火山圖（表達(dá)倍數(shù)>2倍，P<0.05，紅色為顯著上調(diào)，綠色為顯著下調(diào)）

路（P<0.01）。主要富集于細(xì)胞周期、卵母細(xì)胞減數(shù)分裂、孕激素介導(dǎo)卵母細(xì)胞成熟、人T細(xì)胞白血病1型病毒感染、p53信號(hào)通路、微小RNA在癌癥中的作用等信號(hào)通路上。（見表1-4）。其中細(xì)胞周期信號(hào)通路富集程度最高，從圖1-3 中可以看出，在所有參與細(xì)胞通路的基因中顯著表達(dá)的有 CCNB2、CCNB1、PLK1、CDC20、CDC6、PKMYT1、CDC25C、CDK1、BUB1、CDKN2A、BUB1B、E2F1、TTK、PTTG1（圖1-3中紅色標(biāo)注）。這些基因的注釋參考表1-5。表 1-4 KEGG 信號(hào)通路富集分析結(jié)果ID Term Gene number P-Valuehsa04110 Cell cycle 14 1.06E-12hsa04114 Oocyte meiosis 13 1.08E-11hsa04914 Progesterone-mediated oocyte maturation 9 1.37E-07hsa05166 HTLV-I infection 12 3.57E-07hsa04115 p53 signaling pathway 6 5.20E-05hsa05206 MicroRNAs in cancer 8 3.24E-03hsa04320 Dorso-ventral axis formation 3 9.35E-03hsa04380 Osteoclast differentiation 5 9.59E-03hsa04068 FoxO signaling pathway 5 9.59E-03表 1-5 與細(xì)胞周期通路相關(guān)的基因注釋ID Gene Symbol Description9133 CCNB2 Cyclin B2891 CCNB1 Cyclin B15347 PLK1 Polo Like Kinase 1991 CDC20 Cell Division Cycle 20990 CDC6 Cell Division Cycle 69088 PKMYT1 Protein Kinase, Membrane Associated Tyrosine/Threonine 1995 CDC25C Cell Division Cycle 25C983 CDK1 Cyclin Dependent Kinase 1699 BUB1 BUB1 Mitotic Checkpoint Serine/Threonine Kinase1029 CDKN2

前10個(gè)處于蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)中心節(jié)點(diǎn)的基因

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3010263