[目的]1.通過生物信息學(xué)方法,利用R語言及TCGA等生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫,篩選在肺癌中差異性表達的基因;2.通過實驗對差異表達基因進行驗證。[方法]1.使用R語言DEseq包對TCGA數(shù)據(jù)庫LUAD數(shù)據(jù)集進行篩選,得到差異表達基因;2.GO、KEGG分析差異基因所參與生物功能及通路;3.分子互作分子預(yù)測差異基因相互作用因子;4.將EFNA3表達水平與患者預(yù)后進行生存分析;5.組織免疫組化與細胞Real Time PCR驗證差異基因的表達。[結(jié)果]1.TCGA數(shù)據(jù)庫篩選得到3465個表達顯著上調(diào)的差異表達基因,進一步評估選定EFNA3作為研究靶基因;2.GO、KEGG分析顯示EFNA3參與到了細胞間相互作用、軸突導(dǎo)向等生物過程中,并且也參與到了 Ras信號通路、Rap1信號通路、PI3K-Akt信號通路中;3.相互作用因子預(yù)測可知EFNA3可與miR210、miR1275等miRNA相互作用;4.生存分析顯示EFNA3的表達水平與預(yù)后水平呈負相關(guān);5.細胞Real Time PCR顯示肺腺癌細胞株中EFNA3的mRNA水平與對照組無統(tǒng)計學(xué)差異,而肺癌患者組織切片免疫組化則顯示肺癌患者中EF... 

【文章來源】：昆明醫(yī)科大學(xué)云南省

【文章頁數(shù)】：91 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖３．Ｅｐｈ受體在腫瘤免疫循環(huán)中作用模式圖Ｅｐｈ受體是ＴＡＡ的來源；Ｅｐｈ??與ｅｐｈｒｉｎ在血管新生過程中的相互作用可調(diào)控腫瘤中淋巴細胞遷徙；ＥｐｈＢ受體??還可在腫瘤微環(huán)境中作為Ｔ細胞激活的共刺激因子

結(jié)果??１差異基因分析結(jié)果??使用ＴＣＧＡ數(shù)據(jù)庫ＬＵＡＤ數(shù)據(jù)集，對肺腺癌組織及其癌旁組織測序數(shù)據(jù)進??行分析，該數(shù)據(jù)及包括５３９例腫瘤患者和５９例對照樣本的高通量篩選數(shù)據(jù)，以??Ｆｏｌｄ?ｃｈａｎｇｅ大于２為閾值，總共篩選出３４６５個顯著高表達的差異基因＿。我們對??差異表達基因進行了聚類分析，如圖１所示，在熱圖中紅色表示升高，藍色表示??代表下降。得到差異基因后，結(jié)合大量的文獻查閱及ＧＯ、ＫＥＧＧ分析等，我們??最終把目光集中到了?ＥＦＮ?Ａ３基因。??

圖１０．?ＥＦＮＡ３參與腫瘤ｍｉＲＮＡ信號中，紅色方格表示ＥＦＮＡ３??Ｆｉｇ?１０．?ＥＦＮＡ３?ｐｌａｙｓ?ａｎ?ｒｏｌｅ?ｉｎＭｉｃｒｏＲＮＡｓ?ｉｎ?ｃａｎｃｅｒ，?ｒｅｄ?ｒｅｃｔａｎｇｌｅ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ??ＥＦＮＡ３??—?４５?—??

【參考文獻】：
期刊論文
[1]miR-183通過靶定EPHA4調(diào)控老年前列腺癌細胞的轉(zhuǎn)移[J]. 趙濤,劉家驥.  中國老年學(xué)雜志. 2018(04)
[2]EphA2調(diào)控結(jié)直腸癌細胞耐藥的初步研究[J]. 李霞,馬超,孔令偉,李慧,許聰聰,李軍峰.  中國病理生理雜志. 2017(12)
[3]受體酪氨酸激酶Eph基因在甲狀腺癌中表達及作用的研究進展[J]. 郭書偉,周曉蝶,王建東.  臨床腫瘤學(xué)雜志. 2017(12)
[4]受體酪氨酸激酶Eph基因與腫瘤微環(huán)境及相關(guān)治療的研究進展[J]. 劉志,陶自堅.  臨床與實驗病理學(xué)雜志. 2017(11)
[5]Eph-Ephrin信號通路雙向調(diào)節(jié)功能與胃癌的研究進展[J]. 王海洋,夏化文,王葆春.  海南醫(yī)學(xué). 2017(17)
[6]EphA2受體與惡性腫瘤關(guān)系的研究進展[J]. 張本斯,李莊,卞思源,楊桂.  解剖學(xué)雜志. 2017(04)
[7]Eph及配體ephrin在惡性膠質(zhì)瘤的研究進展[J]. 劉展聞,陳曉豐,滕雷.  中國微侵襲神經(jīng)外科雜志. 2017(08)
[8]Eph及其配體Ephrin在腫瘤轉(zhuǎn)移中的研究進展[J]. 祝娉婷,劉兆國,劉玉萍,單云龍,韋忠紅,周梁,陶麗,吳紅雁,曹玉珠,孫麗華,陳文星,王愛云,陸茵.  腫瘤. 2015(06)
[9]2004-2010年中國肺癌死亡分布及趨勢分析[J]. 屈若祎,周寶森.  中國衛(wèi)生統(tǒng)計. 2014(06)



本文編號：3009468