[目的]1.通過(guò)生物信息學(xué)方法,利用R語(yǔ)言及TCGA等生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù),篩選在肺癌中差異性表達(dá)的基因;2.通過(guò)實(shí)驗(yàn)對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行驗(yàn)證。[方法]1.使用R語(yǔ)言DEseq包對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)LUAD數(shù)據(jù)集進(jìn)行篩選,得到差異表達(dá)基因;2.GO、KEGG分析差異基因所參與生物功能及通路;3.分子互作分子預(yù)測(cè)差異基因相互作用因子;4.將EFNA3表達(dá)水平與患者預(yù)后進(jìn)行生存分析;5.組織免疫組化與細(xì)胞Real Time PCR驗(yàn)證差異基因的表達(dá)。[結(jié)果]1.TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)篩選得到3465個(gè)表達(dá)顯著上調(diào)的差異表達(dá)基因,進(jìn)一步評(píng)估選定EFNA3作為研究靶基因;2.GO、KEGG分析顯示EFNA3參與到了細(xì)胞間相互作用、軸突導(dǎo)向等生物過(guò)程中,并且也參與到了 Ras信號(hào)通路、Rap1信號(hào)通路、PI3K-Akt信號(hào)通路中;3.相互作用因子預(yù)測(cè)可知EFNA3可與miR210、miR1275等miRNA相互作用;4.生存分析顯示EFNA3的表達(dá)水平與預(yù)后水平呈負(fù)相關(guān);5.細(xì)胞Real Time PCR顯示肺腺癌細(xì)胞株中EFNA3的mRNA水平與對(duì)照組無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,而肺癌患者組織切片免疫組化則顯示肺癌患者中EF... 

【文章來(lái)源】：昆明醫(yī)科大學(xué)云南省

【文章頁(yè)數(shù)】：91 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖３．Ｅｐｈ受體在腫瘤免疫循環(huán)中作用模式圖Ｅｐｈ受體是ＴＡＡ的來(lái)源；Ｅｐｈ??與ｅｐｈｒｉｎ在血管新生過(guò)程中的相互作用可調(diào)控腫瘤中淋巴細(xì)胞遷徙；ＥｐｈＢ受體??還可在腫瘤微環(huán)境中作為Ｔ細(xì)胞激活的共刺激因子

結(jié)果??１差異基因分析結(jié)果??使用ＴＣＧＡ數(shù)據(jù)庫(kù)ＬＵＡＤ數(shù)據(jù)集，對(duì)肺腺癌組織及其癌旁組織測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)??行分析，該數(shù)據(jù)及包括５３９例腫瘤患者和５９例對(duì)照樣本的高通量篩選數(shù)據(jù)，以??Ｆｏｌｄ?ｃｈａｎｇｅ大于２為閾值，總共篩選出３４６５個(gè)顯著高表達(dá)的差異基因＿。我們對(duì)??差異表達(dá)基因進(jìn)行了聚類分析，如圖１所示，在熱圖中紅色表示升高，藍(lán)色表示??代表下降。得到差異基因后，結(jié)合大量的文獻(xiàn)查閱及ＧＯ、ＫＥＧＧ分析等，我們??最終把目光集中到了?ＥＦＮ?Ａ３基因。??

圖１０．?ＥＦＮＡ３參與腫瘤ｍｉＲＮＡ信號(hào)中，紅色方格表示ＥＦＮＡ３??Ｆｉｇ?１０．?ＥＦＮＡ３?ｐｌａｙｓ?ａｎ?ｒｏｌｅ?ｉｎＭｉｃｒｏＲＮＡｓ?ｉｎ?ｃａｎｃｅｒ，?ｒｅｄ?ｒｅｃｔａｎｇｌｅ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ??ＥＦＮＡ３??—?４５?—??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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