MCP-1,SP110和ESRRB基因多態(tài)性與結(jié)核病易感性的關(guān)系研究
發(fā)布時(shí)間:2021-01-27 02:49
目的(1)研究單核細(xì)胞趨化蛋白-1(monocyte chemoattractant protein-1,MCP-1),斑點(diǎn)蛋白110(Speckled protein110,SP110)和雌激素相關(guān)受體β(estrogen-related receptor bata,ESRRB)基因單核苷酸多態(tài)性與結(jié)核。╰uberculosis,TB)易感性之間的關(guān)系。(2)探討血清ESRRB表達(dá)水平與結(jié)核病的相關(guān)性,以及血清ESRRB表達(dá)水平與其編碼基因單核苷酸多態(tài)性的關(guān)系。方法(1)采用病例對照研究的設(shè)計(jì)方法,選取2018年2月至2019年4月期間在首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京胸科醫(yī)院住院的活動(dòng)性結(jié)核病患者607例,納入的患者均符合《肺結(jié)核診斷標(biāo)準(zhǔn)WS 288-2017》,選取同時(shí)期有結(jié)核密切接觸史的健康體檢者(均漢族)660例作為對照,使用競爭性等位基因特異性PCR(KASP)方法,分析MCP-1基因rs1024611位點(diǎn),SP110基因rs1135791,rs11556887和rs9061位點(diǎn)和ESRRB基因rs12437118共計(jì)5個(gè)位點(diǎn)的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide po...
【文章來源】:北京市結(jié)核病胸部腫瘤研究所北京市
【文章頁數(shù)】:67 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
結(jié)核分枝桿菌感染宿主結(jié)果示意圖[6]
北京市結(jié)核病胸部腫瘤研究所碩士學(xué)位論文13圖3ESRRB參與Wnt/Gsk3信號(hào)通路過程[35]趨化因子(CC)與TB發(fā)生的病理機(jī)制有關(guān)。它們通過招募、激活和協(xié)同刺激T細(xì)胞和單核細(xì)胞的能力介導(dǎo)先天性和適應(yīng)性免疫反應(yīng)。MCP-1是單核細(xì)胞的一種普遍趨化蛋白,是最早發(fā)現(xiàn)的CC亞家族趨化因子,趨化因子受體2(CCchemokinereceptor2,CCR2)是MCP-1的特異性受體,它與CCR2結(jié)合后能調(diào)節(jié)單核/巨噬細(xì)胞的遷移、滲透以及募集單核細(xì)胞和淋巴細(xì)胞等炎癥相關(guān)細(xì)胞[36],其表達(dá)可調(diào)節(jié)Th1細(xì)胞因子表達(dá),從而下調(diào)炎癥反應(yīng),在抗結(jié)核免疫應(yīng)答和TB的發(fā)病機(jī)制中起重要作用[37]。近年來,越來越多的研究發(fā)現(xiàn),MCP-1在肺部炎癥性疾。ㄈ缏宰枞苑渭膊⒅夤芟⒎谓Y(jié)核)及肺癌等肺部疾病的發(fā)生和發(fā)展過程中起著重要作用[38]。有文獻(xiàn)報(bào)道,MCP-1基因敲除后的小鼠對早期的結(jié)核分枝桿菌感染更加敏感[39]。SP110基因是核體蛋白家族中的一員,編碼干擾素誘導(dǎo)的核蛋白,主要表達(dá)于外周血和脾臟中,其表達(dá)量受干擾素調(diào)節(jié)。Pan等[40]在小鼠實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)胞內(nèi)病原體體抑制子1(intracellularpathogenresistance1,lpr1)基因在結(jié)核免疫應(yīng)答中發(fā)揮整合信號(hào)的作用,從而影響基因表達(dá)和促進(jìn)宿主巨噬細(xì)胞細(xì)胞的凋亡。SP110是人類染色體中與lpr1相似度最高的基因,相似度雖僅有為41%,但是它位于人類第二號(hào)染色體,這與小鼠體內(nèi)一號(hào)染色體的結(jié)核超級(jí)易感(supersusceptibilitytoTB,sst1)區(qū)域定點(diǎn)的一號(hào)染色體在系統(tǒng)發(fā)育樹上是一致的,SP110與lpr1有類似的蛋白基序,他們被認(rèn)為是可以調(diào)控基因的表達(dá)[41]。SP110基因多個(gè)SNPs位點(diǎn)已經(jīng)被證實(shí)與結(jié)核易感性相關(guān),可以控制宿主對M.tb感染的先天
北京市結(jié)核病胸部腫瘤研究所碩士學(xué)位論文22表2PCR循環(huán)條件SNP預(yù)變性變性退火變性退火讀數(shù)循環(huán)數(shù)rs1243711895℃15min94℃20s61℃25s94℃20s55℃60s37℃1min37rs102461195℃15min94℃20s61℃25s94℃20s55℃60s37℃1min37rs113579195℃15min94℃20s61℃25s94℃20s55℃60s37℃1min37rs1155688795℃15min94℃20s61℃25s94℃20s55℃60s37℃1min37rs906195℃15min94℃20s61℃25s94℃20s55℃60s37℃1min374.4基因分型結(jié)果讀取應(yīng)用ABI7500儀器GENOTYPING軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)讀取和分析。經(jīng)過37個(gè)循環(huán)的PCR過后,每個(gè)等位基因和對應(yīng)的熒光信號(hào)HEX或FAM被識(shí)別,形成等位基因分型圖(見圖4),從圖中可辨別待測樣本的基因分型結(jié)果,分型不明確樣本的可進(jìn)行多次試驗(yàn),得出結(jié)果。圖4ABI7500儀器識(shí)別KASP基因分型結(jié)果示意圖注:靠近橫縱坐標(biāo)軸的紅色和藍(lán)色均表示純合的基因型,中間對角線綠色表示雜合子基因型,靠近坐標(biāo)軸原點(diǎn)的黑色方塊表示空白對照,黑色X表示分型結(jié)果不明確。4.5質(zhì)量控制(1)在加樣過程中,每個(gè)96孔板中都設(shè)置3種不同基因型的已知樣本作為陽性對照,至少設(shè)置2個(gè)空白孔作為陰性對照,以此來對基因分型結(jié)果進(jìn)行檢測。陽性對照由生工生物工程(上海)股份有限公司測序。(2)通過隨機(jī)抽取不同分型結(jié)果樣本進(jìn)行測序,KASP方法的分型與測序結(jié)果一致性達(dá)100%,測序結(jié)果見圖5。
本文編號(hào):3002285
【文章來源】:北京市結(jié)核病胸部腫瘤研究所北京市
【文章頁數(shù)】:67 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
結(jié)核分枝桿菌感染宿主結(jié)果示意圖[6]
北京市結(jié)核病胸部腫瘤研究所碩士學(xué)位論文13圖3ESRRB參與Wnt/Gsk3信號(hào)通路過程[35]趨化因子(CC)與TB發(fā)生的病理機(jī)制有關(guān)。它們通過招募、激活和協(xié)同刺激T細(xì)胞和單核細(xì)胞的能力介導(dǎo)先天性和適應(yīng)性免疫反應(yīng)。MCP-1是單核細(xì)胞的一種普遍趨化蛋白,是最早發(fā)現(xiàn)的CC亞家族趨化因子,趨化因子受體2(CCchemokinereceptor2,CCR2)是MCP-1的特異性受體,它與CCR2結(jié)合后能調(diào)節(jié)單核/巨噬細(xì)胞的遷移、滲透以及募集單核細(xì)胞和淋巴細(xì)胞等炎癥相關(guān)細(xì)胞[36],其表達(dá)可調(diào)節(jié)Th1細(xì)胞因子表達(dá),從而下調(diào)炎癥反應(yīng),在抗結(jié)核免疫應(yīng)答和TB的發(fā)病機(jī)制中起重要作用[37]。近年來,越來越多的研究發(fā)現(xiàn),MCP-1在肺部炎癥性疾。ㄈ缏宰枞苑渭膊⒅夤芟⒎谓Y(jié)核)及肺癌等肺部疾病的發(fā)生和發(fā)展過程中起著重要作用[38]。有文獻(xiàn)報(bào)道,MCP-1基因敲除后的小鼠對早期的結(jié)核分枝桿菌感染更加敏感[39]。SP110基因是核體蛋白家族中的一員,編碼干擾素誘導(dǎo)的核蛋白,主要表達(dá)于外周血和脾臟中,其表達(dá)量受干擾素調(diào)節(jié)。Pan等[40]在小鼠實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)胞內(nèi)病原體體抑制子1(intracellularpathogenresistance1,lpr1)基因在結(jié)核免疫應(yīng)答中發(fā)揮整合信號(hào)的作用,從而影響基因表達(dá)和促進(jìn)宿主巨噬細(xì)胞細(xì)胞的凋亡。SP110是人類染色體中與lpr1相似度最高的基因,相似度雖僅有為41%,但是它位于人類第二號(hào)染色體,這與小鼠體內(nèi)一號(hào)染色體的結(jié)核超級(jí)易感(supersusceptibilitytoTB,sst1)區(qū)域定點(diǎn)的一號(hào)染色體在系統(tǒng)發(fā)育樹上是一致的,SP110與lpr1有類似的蛋白基序,他們被認(rèn)為是可以調(diào)控基因的表達(dá)[41]。SP110基因多個(gè)SNPs位點(diǎn)已經(jīng)被證實(shí)與結(jié)核易感性相關(guān),可以控制宿主對M.tb感染的先天
北京市結(jié)核病胸部腫瘤研究所碩士學(xué)位論文22表2PCR循環(huán)條件SNP預(yù)變性變性退火變性退火讀數(shù)循環(huán)數(shù)rs1243711895℃15min94℃20s61℃25s94℃20s55℃60s37℃1min37rs102461195℃15min94℃20s61℃25s94℃20s55℃60s37℃1min37rs113579195℃15min94℃20s61℃25s94℃20s55℃60s37℃1min37rs1155688795℃15min94℃20s61℃25s94℃20s55℃60s37℃1min37rs906195℃15min94℃20s61℃25s94℃20s55℃60s37℃1min374.4基因分型結(jié)果讀取應(yīng)用ABI7500儀器GENOTYPING軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)讀取和分析。經(jīng)過37個(gè)循環(huán)的PCR過后,每個(gè)等位基因和對應(yīng)的熒光信號(hào)HEX或FAM被識(shí)別,形成等位基因分型圖(見圖4),從圖中可辨別待測樣本的基因分型結(jié)果,分型不明確樣本的可進(jìn)行多次試驗(yàn),得出結(jié)果。圖4ABI7500儀器識(shí)別KASP基因分型結(jié)果示意圖注:靠近橫縱坐標(biāo)軸的紅色和藍(lán)色均表示純合的基因型,中間對角線綠色表示雜合子基因型,靠近坐標(biāo)軸原點(diǎn)的黑色方塊表示空白對照,黑色X表示分型結(jié)果不明確。4.5質(zhì)量控制(1)在加樣過程中,每個(gè)96孔板中都設(shè)置3種不同基因型的已知樣本作為陽性對照,至少設(shè)置2個(gè)空白孔作為陰性對照,以此來對基因分型結(jié)果進(jìn)行檢測。陽性對照由生工生物工程(上海)股份有限公司測序。(2)通過隨機(jī)抽取不同分型結(jié)果樣本進(jìn)行測序,KASP方法的分型與測序結(jié)果一致性達(dá)100%,測序結(jié)果見圖5。
本文編號(hào):3002285
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