細(xì)辛能外散風(fēng)寒、內(nèi)祛陰寒,具有止痛、鎮(zhèn)咳的功效,是治療風(fēng)寒,頭痛及咳嗽類病癥的要藥。細(xì)辛為馬兜鈴科植物,含有馬兜鈴酸。目前,多種含馬兜鈴酸的中草藥品種處于禁用或限制使用當(dāng)中。中藥的傳統(tǒng)使用方法炮制、蒸煮、合理配伍都對(duì)馬兜鈴酸的去除有一定的效果,但難以從根本上解決馬兜鈴酸的毒性問題。生物技術(shù)手段的不斷進(jìn)步為中藥減毒展開了新天地,利用現(xiàn)代生物技術(shù)了解掌握馬兜鈴酸在植物體內(nèi)的合成途徑,并從遺傳學(xué)角度在基因水平上去除或減少細(xì)辛中的馬兜鈴酸,既有必要性,也有可能性。本研究進(jìn)行了針對(duì)上述問題的工作。本研究首次通過無參高通量測(cè)序,取得了北細(xì)辛轉(zhuǎn)錄組信息。并對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果進(jìn)行了綜合分析,在KEGG Pathway 350中找到了馬兜鈴酸合成途徑中離馬兜鈴酸最近的代謝產(chǎn)物千金藤堿,綜合KEGG Pathway 950的上下調(diào)基因后,確定酪氨酸脫羧酶（TyrDCs）家族基因作為關(guān)鍵酶基因,進(jìn)一步開展馬兜鈴酸合成途徑的研究;本研究成功克隆出TyrDC1,TyrDC2,TyrDC3基因,測(cè)序結(jié)果在BLAST上進(jìn)行比對(duì)分析,確定為完整的CDS序列;TyrDC1和TyrDC3在進(jìn)行堿基序列對(duì)比時(shí)均能對(duì)比到同源性... 

【文章來源】：吉林農(nóng)業(yè)大學(xué)吉林省

【文章頁(yè)數(shù)】：118 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析流程

圖 1.2 細(xì)辛總 RNA 提取Fig. 1.2 Total RNA extraction of Asarum00；1：北細(xì)辛葉；2：北細(xì)辛根。，RNA 提取質(zhì)量較好，檢測(cè)濃度為 OD260/280序和閱讀組裝細(xì)辛的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)，從 3 株北細(xì)辛中收集的成總共 268,492,920 個(gè)原始讀數(shù)，讀取長(zhǎng)度為 10，多聚腺苷酸尾巴以及短和低質(zhì)量序列之后，恢復(fù)原始數(shù)據(jù)（PFD）與干凈數(shù)據(jù)（CD）的數(shù)據(jù)質(zhì)量表 1-3 數(shù)據(jù)質(zhì)量統(tǒng)計(jì)表Tab.1-3 Data of quality statistics數(shù)據(jù)Data總堿基數(shù)BasesQ20（%） Q30（ 44162550 6624382500 95.45 89.7 43557996 6418359982 96.35 90.8 43709506 6556425900 96.29 91.4

Clean Data 進(jìn)行拼接得到長(zhǎng)的非冗余的 UniGene 序列，序列數(shù)量與長(zhǎng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)，統(tǒng)計(jì) UniGene 數(shù)量與長(zhǎng)度分布情況如下（表 1-4）：表 1-4 UniGene 數(shù)量與長(zhǎng)度分布統(tǒng)計(jì)Tab.1-4 UniGene number and length distribution statistics數(shù)ences總堿基數(shù)量bases最短拼接長(zhǎng)度Min最長(zhǎng)拼接長(zhǎng)度Max平均長(zhǎng)度Average4212 897936422 25 15756 64.16 357 237624367 201 15756 507.36 處理后包含 468,357 個(gè) UniGene，N50 為 611bp。UniGene 總累積大為201-15,756bp，平均大小為507.36bp。在200-500bp范圍內(nèi)為340），在 500-1000bp 范圍內(nèi)為 81,770 個(gè) UniGene（17.46％），在 1,00,261 個(gè) UniGen（e4.97％），在 1,500-2,000 bp 范圍內(nèi)為 10,756 個(gè) UniG 處為 11,961 個(gè) UniGene（2.55％），見圖 1.3。


本文編號(hào)：3000620