星豹蛛CYP3313A3基因克隆與生物信息學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-01-23 06:47
[目的]星豹蛛是農(nóng)業(yè)害蟲(chóng)的重要捕食性天敵,本課題組通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序鑒定出66條星豹蛛細(xì)胞色素P450基因,篩選分析出5條基因預(yù)測(cè)其與外源物質(zhì)代謝有關(guān),選取其中一條基因進(jìn)行克隆并進(jìn)行生物信息學(xué)分析。[方法]本試驗(yàn)采用RT-PCR技術(shù),將提取的星豹蛛總RNA進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄PCR擴(kuò)增,用割膠回收的擴(kuò)增產(chǎn)物完成克隆及測(cè)序,并對(duì)CYP3313A3基因編碼產(chǎn)物進(jìn)行生物信息學(xué)分析。[結(jié)果]克隆到CYP3313A3基因序列,該基因開(kāi)放閱讀框?yàn)?06bp,編碼301個(gè)氨基酸,其相對(duì)分子質(zhì)量為34. 38 kDa,等電點(diǎn)6. 12,原子總數(shù)4 865,分子式C1546H2451N403O449S16;其中正電荷殘基36個(gè),占氨基酸總數(shù)的12%,負(fù)電荷殘基39個(gè),占氨基酸總數(shù)的13%,編碼蛋白存在細(xì)胞色素P450 3A亞族特征基序,其編碼的蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)中,α螺旋為45. 18%,β折疊為14. 29%,β轉(zhuǎn)角為3. 32%,無(wú)規(guī)則卷曲為37. 21%,亞細(xì)胞定位結(jié)果顯示在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)上。對(duì)其編碼的蛋白進(jìn)行信號(hào)...
【文章來(lái)源】:山西農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2020,40(04)北大核心
【文章頁(yè)數(shù)】:7 頁(yè)
【文章目錄】:
1 材料和方法
1.1 試驗(yàn)材料
1.2 主要試劑
1.3 星豹蛛總RNA的提取及cDNA的合成
1.4 CYP3313A3基因克隆
1.5 CYP3313A3基因及其編碼產(chǎn)物的生物信息學(xué)分析
2 結(jié)果與分析
2.1 CYP3313A3基因克隆
2.2 CYP3313A3編碼的蛋白理化性質(zhì)分析
2.3 CYP3313A3跨膜預(yù)測(cè)、信號(hào)肽和亞細(xì)胞定位分析
2.4 CYP3313A3編碼的蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)分析
2.5 CYP3313A3編碼的蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
2.6 系統(tǒng)發(fā)育分析
3 討論
4 結(jié)論
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]家蠶抗性基因細(xì)胞色素P450的研究進(jìn)展[J]. 高瑞娜. 特種經(jīng)濟(jì)動(dòng)植物. 2019(04)
[2]薇甘菊頸盲蝽細(xì)胞色素P450 PmCYP4基因克隆及表達(dá)分析[J]. 張傳光,澤桑梓,朱家穎,季梅,劉凌,張乃明. 生物安全學(xué)報(bào). 2019(01)
[3]除草劑對(duì)星豹蛛活動(dòng)行為的影響[J]. 袁澤斌,郭鋼鋼,白曉雪,?¢,李慧芳,李銳. 植物保護(hù)學(xué)報(bào). 2017(02)
[4]3種重金屬對(duì)星豹蛛SOD與CAT活性的影響[J]. 張曉陽(yáng),馬敏,李銳,李生才. 內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2015(06)
[5]溫度誘導(dǎo)對(duì)星豹蛛熱激蛋白hsp70和hsp90基因表達(dá)的影響[J]. 李銳,劉佳,李薩麗,李娜,李生才,洪堅(jiān)平. 植物保護(hù)學(xué)報(bào). 2015(03)
[6]低劑量殺蟲(chóng)劑對(duì)星豹蛛捕食效應(yīng)的影響及其機(jī)理[J]. 李銳,李娜,劉佳,李生才,洪堅(jiān)平. 生態(tài)學(xué)報(bào). 2014(10)
[7]家蠶細(xì)胞色素P450基因CYP6AE2的分子克隆與序列分析[J]. 艾均文,董元凌,孔衛(wèi)青,楊金宏,劉勁,張永亮,張學(xué)松,柳照應(yīng),朱勇. 蠶業(yè)科學(xué). 2007(03)
[8]昆蟲(chóng)細(xì)胞色素P450基因的克隆及其策略[J]. 李顯春,王蔭長(zhǎng),韓召軍. 華東昆蟲(chóng)學(xué)報(bào). 1999(02)
博士論文
[1]飛蝗細(xì)胞色素P450基因的分子特性及功能研究[D]. 郭艷瓊.山西大學(xué) 2012
碩士論文
[1]星豹蛛生物學(xué)研究及卵黃蛋白特性分析[D]. 姬娜.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的星豹蛛細(xì)胞色素P450的基因鑒定與差異表達(dá)分析[D]. 李薩麗.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
本文編號(hào):2994760
【文章來(lái)源】:山西農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2020,40(04)北大核心
【文章頁(yè)數(shù)】:7 頁(yè)
【文章目錄】:
1 材料和方法
1.1 試驗(yàn)材料
1.2 主要試劑
1.3 星豹蛛總RNA的提取及cDNA的合成
1.4 CYP3313A3基因克隆
1.5 CYP3313A3基因及其編碼產(chǎn)物的生物信息學(xué)分析
2 結(jié)果與分析
2.1 CYP3313A3基因克隆
2.2 CYP3313A3編碼的蛋白理化性質(zhì)分析
2.3 CYP3313A3跨膜預(yù)測(cè)、信號(hào)肽和亞細(xì)胞定位分析
2.4 CYP3313A3編碼的蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)分析
2.5 CYP3313A3編碼的蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
2.6 系統(tǒng)發(fā)育分析
3 討論
4 結(jié)論
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]家蠶抗性基因細(xì)胞色素P450的研究進(jìn)展[J]. 高瑞娜. 特種經(jīng)濟(jì)動(dòng)植物. 2019(04)
[2]薇甘菊頸盲蝽細(xì)胞色素P450 PmCYP4基因克隆及表達(dá)分析[J]. 張傳光,澤桑梓,朱家穎,季梅,劉凌,張乃明. 生物安全學(xué)報(bào). 2019(01)
[3]除草劑對(duì)星豹蛛活動(dòng)行為的影響[J]. 袁澤斌,郭鋼鋼,白曉雪,?¢,李慧芳,李銳. 植物保護(hù)學(xué)報(bào). 2017(02)
[4]3種重金屬對(duì)星豹蛛SOD與CAT活性的影響[J]. 張曉陽(yáng),馬敏,李銳,李生才. 內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2015(06)
[5]溫度誘導(dǎo)對(duì)星豹蛛熱激蛋白hsp70和hsp90基因表達(dá)的影響[J]. 李銳,劉佳,李薩麗,李娜,李生才,洪堅(jiān)平. 植物保護(hù)學(xué)報(bào). 2015(03)
[6]低劑量殺蟲(chóng)劑對(duì)星豹蛛捕食效應(yīng)的影響及其機(jī)理[J]. 李銳,李娜,劉佳,李生才,洪堅(jiān)平. 生態(tài)學(xué)報(bào). 2014(10)
[7]家蠶細(xì)胞色素P450基因CYP6AE2的分子克隆與序列分析[J]. 艾均文,董元凌,孔衛(wèi)青,楊金宏,劉勁,張永亮,張學(xué)松,柳照應(yīng),朱勇. 蠶業(yè)科學(xué). 2007(03)
[8]昆蟲(chóng)細(xì)胞色素P450基因的克隆及其策略[J]. 李顯春,王蔭長(zhǎng),韓召軍. 華東昆蟲(chóng)學(xué)報(bào). 1999(02)
博士論文
[1]飛蝗細(xì)胞色素P450基因的分子特性及功能研究[D]. 郭艷瓊.山西大學(xué) 2012
碩士論文
[1]星豹蛛生物學(xué)研究及卵黃蛋白特性分析[D]. 姬娜.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的星豹蛛細(xì)胞色素P450的基因鑒定與差異表達(dá)分析[D]. 李薩麗.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
本文編號(hào):2994760
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