本文關(guān)鍵詞：ERAP1、ERAP2、SLC9B1、AARS2、EXOC4基因插入缺失變異與銀屑病相關(guān)性研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：研究背景:銀屑病是一種常見的免疫介導(dǎo)的丘疹鱗屑性疾病,臨床上主要表現(xiàn)為境界清楚的紅色斑塊上覆蓋白色或銀色鱗屑,皮損常對稱分布,于肘部和膝部伸側(cè)多見。銀屑病的發(fā)病與年齡、種族、地理環(huán)境等因素有關(guān),北歐的發(fā)病率最高,達(dá)到3%,亞洲國家則較低,小于0.5%。至今銀屑病的發(fā)病機制仍不盡清楚,遺傳作為一個重要因素在銀屑病的發(fā)病過程中起著重要作用。本課題組在之前的全基因組靶向測序中發(fā)現(xiàn)ERAP1(chr5_96145335_A/ACT、chr5_96126822_T/TA)、ERAP2(chr5_96258006_G/GAAA、chr5_96258101_CAT/C)、SLC9B1(chr4_104025745_C/CTA)、AARS2(chr6_44382119_GAGA/G)、EXOC4(chr7_133399868_C/CT)是銀屑病的候選插入缺失(Insertion/Deletion,indel)變異。在此基礎(chǔ)上我們開展了獨立樣本的驗證實驗,進(jìn)一步證實這些indel變異與銀屑病的相關(guān)性。目的:通過驗證實驗進(jìn)一步證實ERAP1、ERAP2、SLC9B1、AARS2和EXOC4基因與銀屑病的相關(guān)性,進(jìn)而統(tǒng)計兩階段結(jié)果進(jìn)行結(jié)合分析,并通過對銀屑病的表型進(jìn)行分層分析來探索ERAP1(chr5_96145335)indel變異與銀屑病表型的關(guān)聯(lián)。方法:我們通過獨立樣本(2208病例和2208對照)對候選indel變異進(jìn)行驗證分析,用Plink1.07軟件分析驗證階段數(shù)據(jù)并結(jié)合靶向測序階段數(shù)據(jù)進(jìn)行合并分析,對位于同一染色體的ERAP1(chr5_96145335、chr5_96126822)和ERAP2(chr5_96258006、chr5_96258101)做回歸分析,確定其是否屬于同一信號。整理靶向測序階段和驗證階段共計12154病例和12114對照的臨床信息,indel變異信息來源于靶向測序研究以及驗證分析的數(shù)據(jù)。將數(shù)據(jù)收集、歸納并做成Excel表格,使用Plink1.07軟件對ERAP1(chr5_96145335)indel變異進(jìn)行基因型-表型分析,得出P值、OR值和95%CI(95%置信區(qū)間)。結(jié)果:1.驗證階段發(fā)現(xiàn)ERAP1(chr5_96145335、chr5_96126822)和ERAP2(chr5_96258006、chr5_96258101)indel變異與銀屑病顯著相關(guān)(P96145335=8.24×10-08,OR=0.794;P96126882=1.3×10-04,OR=1.181;P96258006=1.41×10-05,OR=0.825;P96258101=4.51×10-05,OR=0.834)。SLC9B1(chr4_104025745)、AARS2(chr6_44382119)和EXOC4(chr7_133399868)indel變異與銀屑病無明顯相關(guān)(PSLC9B1=0.25,OR=1.051;PAARS2=0.99,OR=0.999;PEXOC4=0.44,OR=0.951)。2.兩階段合并分析發(fā)現(xiàn)4個indel達(dá)到全基因組顯著水平:ERAP1(chr5_96145335,Pcombined=3.98×10-20,OR=0.8462;chr5_96126822,Pcombined=6.67×10-12,OR=1.135)、ERAP2(chr5_96258006,Pcombined=1.40×10-09,OR=0.8931;chr5_96258101,Pcombined=1.87×10-09,OR=0.8939),SLC9B1(Pcombined=3.76×10-04,OR=1.067)、AARS2(Pcombined=1.11×10-04,OR=0.902)和EXOC4(P=0.02,OR=1.067)未達(dá)到全基因組顯著水平。3.ERAP1和ERAP2基因4個indel變異回歸分析發(fā)現(xiàn)他們屬于同一信號。4.在基因型-表型分析中發(fā)現(xiàn)ERAP1(chr5_96145335)indel變異與研究中的四個表型間無統(tǒng)計學(xué)意義。結(jié)論:驗證階段ERAP1和ERAP2基因indel變異與銀屑病顯著關(guān)聯(lián)。兩階段結(jié)合分析ERAP1和ERAP2基因indel變異達(dá)到全基因組顯著水平。進(jìn)一步證實ERAP1和ERAP2 indel變異可能與銀屑病遺傳易感性相關(guān)。ERAP1(chr5_96145335)indel變異與銀屑病特異性表型無關(guān)。
【關(guān)鍵詞】：銀屑病 插入缺失 驗證 基因型-表型
【學(xué)位授予單位】：安徽醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R758.63
【目錄】：

• 英文縮寫詞表6-7
• 中文摘要7-9
• Abstract9-12
• 1 前言12-17
• 1.1 研究背景12-17
• 1.2 本課題研究設(shè)計方案17
• 2 實驗材料與方法17-30
• 2.1 研究對象17-18
• 2.2 調(diào)查表設(shè)計18
• 2.3 臨床資料的收集以及質(zhì)量控制18
• 2.4 臨床表型評估18-19
• 2.5 實驗試劑19-21
• 2.6 研究儀器21-23
• 2.7 實驗方法23-29
• 2.8 統(tǒng)計學(xué)分析及處理29-30
• 3 結(jié)果30-36
• 3.1 研究對象一般情況30-31
• 3.2 基因分型結(jié)果31-34
• 3.3 ERAP1（chr5_96145335）indel 變異與銀屑病臨床表型相關(guān)性分析結(jié)果34-36
• 4 討論36-40
• 5 結(jié)論40
• 6 參考文獻(xiàn)40-47
• 附錄47-49
• 致謝49-50
• 論文綜述50-58
• 參考文獻(xiàn)55-58

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本文編號：299047