背景和目的:隨著二代及三代測序技術的發(fā)展和完善,各種基因組測序、轉(zhuǎn)錄組測序和單細胞測序等高通量測序技術成本變得越來越低,也變得越來越普及。如何從數(shù)據(jù)的海洋中提取值得我們關注的關鍵點成為越來越具棘手的問題。傳統(tǒng)的生物信息學只是運用不同的計算方法去分析和處理數(shù)據(jù),還不足以解決具體的生物學問題。因此我們希望通過對斑馬魚視網(wǎng)膜五種感光細胞轉(zhuǎn)錄組的分析,在分析斑馬魚感光細胞差異基因過程中,對高通量測序數(shù)據(jù)進行整合和分析,并結(jié)合CRISPR-Cas9基因敲除和免疫組化等經(jīng)典生物技術,以此來分析斑馬魚感光細胞命運分化的控制機制。實驗方法:轉(zhuǎn)錄作為中心法則中重要的一環(huán),是細胞調(diào)控新陳代謝、蛋白質(zhì)合成和增殖等各種生命活動的基礎,而轉(zhuǎn)錄組則包含了這些重要信息。本研究利用斑馬魚視網(wǎng)膜五種感光細胞的轉(zhuǎn)錄組,首先利用傳統(tǒng)生物信息學計算方法,如R語言中的如DESeq2和Limma,分析并得出斑馬魚感光細胞的特異性基因及其信號通道。然后我們結(jié)合參考文獻和富集分析,篩選出值得我們關注的感光細胞的差異性基因。最后對這些差異性基因進行基本的生物學驗證,如CRISPR-Cas9敲除,免疫組化,表型分析等等。以此來探究真正影... 

【文章來源】：浙江大學浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：65 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

1脊椎動物視網(wǎng)膜解剖結(jié)構(gòu)[2]

浙江大學碩士學位論文前言3根據(jù)表達視蛋白的不同，會導致感光細胞吸收光譜的不同，其中人類主要表達四種視蛋白，視紫紅質(zhì)（Rhodopsin）、長波敏感視蛋白（Long-wavelengthsensitive（LWS））、中波敏感型視蛋白（Middle-wavelengthsensitive（MWS））和短波敏感型視蛋白（Short-wavelengthsensitive（SWS））[9]，分別對應視桿細胞，紅色視錐細胞、綠色視錐細胞和藍色視錐細胞。其中視桿細胞主要感受弱光，視紫紅質(zhì)的吸收光譜在色覺中幾乎沒作用。而三種視錐細胞在較亮的光線下，接受不同波長的光并產(chǎn)生神經(jīng)信號傳遞到大腦形式色覺。人類只擁有紅綠藍三種視錐細胞，因而形成所謂的三色色覺，但是自然界很多動物，如鳥、魚、兩棲動物、爬行動物、昆蟲和一些哺乳動物擁有四色色覺[10]。對比正常人類，它們一般多出了能看到紫外線的UV視錐細胞。但這也并不是絕對的，必須要根據(jù)它們表達的視蛋白類型來決定，如蜜蜂對紫外線敏感而對紅色不敏感，金魚則能同時看到紫外線和紅外線[11]。圖1.1.3感光細胞的結(jié)構(gòu)和視蛋白吸光波長[12]

浙江大學碩士學位論文實驗結(jié)果24于靠近0的區(qū)間，表明樣本中大部分基因的表達水平并不高，只有小部分的基因表達量比較高。圖2斑馬魚五種感光細胞基因表達的移動平均趨勢和熱圖


本文編號：2985808