發(fā)布時(shí)間：2021-01-18 22:48

　　背景和目的:隨著二代及三代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展和完善,各種基因組測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和單細(xì)胞測(cè)序等高通量測(cè)序技術(shù)成本變得越來(lái)越低,也變得越來(lái)越普及。如何從數(shù)據(jù)的海洋中提取值得我們關(guān)注的關(guān)鍵點(diǎn)成為越來(lái)越具棘手的問(wèn)題。傳統(tǒng)的生物信息學(xué)只是運(yùn)用不同的計(jì)算方法去分析和處理數(shù)據(jù),還不足以解決具體的生物學(xué)問(wèn)題。因此我們希望通過(guò)對(duì)斑馬魚(yú)視網(wǎng)膜五種感光細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的分析,在分析斑馬魚(yú)感光細(xì)胞差異基因過(guò)程中,對(duì)高通量測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行整合和分析,并結(jié)合CRISPR-Cas9基因敲除和免疫組化等經(jīng)典生物技術(shù),以此來(lái)分析斑馬魚(yú)感光細(xì)胞命運(yùn)分化的控制機(jī)制。實(shí)驗(yàn)方法:轉(zhuǎn)錄作為中心法則中重要的一環(huán),是細(xì)胞調(diào)控新陳代謝、蛋白質(zhì)合成和增殖等各種生命活動(dòng)的基礎(chǔ),而轉(zhuǎn)錄組則包含了這些重要信息。本研究利用斑馬魚(yú)視網(wǎng)膜五種感光細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組,首先利用傳統(tǒng)生物信息學(xué)計(jì)算方法,如R語(yǔ)言中的如DESeq2和Limma,分析并得出斑馬魚(yú)感光細(xì)胞的特異性基因及其信號(hào)通道。然后我們結(jié)合參考文獻(xiàn)和富集分析,篩選出值得我們關(guān)注的感光細(xì)胞的差異性基因。最后對(duì)這些差異性基因進(jìn)行基本的生物學(xué)驗(yàn)證,如CRISPR-Cas9敲除,免疫組化,表型分析等等。以此來(lái)探究真正影... 

【文章來(lái)源】：浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：65 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

1脊椎動(dòng)物視網(wǎng)膜解剖結(jié)構(gòu)[2]

浙江大學(xué)碩士學(xué)位論文前言3根據(jù)表達(dá)視蛋白的不同，會(huì)導(dǎo)致感光細(xì)胞吸收光譜的不同，其中人類主要表達(dá)四種視蛋白，視紫紅質(zhì)（Rhodopsin）、長(zhǎng)波敏感視蛋白（Long-wavelengthsensitive（LWS））、中波敏感型視蛋白（Middle-wavelengthsensitive（MWS））和短波敏感型視蛋白（Short-wavelengthsensitive（SWS））[9]，分別對(duì)應(yīng)視桿細(xì)胞，紅色視錐細(xì)胞、綠色視錐細(xì)胞和藍(lán)色視錐細(xì)胞。其中視桿細(xì)胞主要感受弱光，視紫紅質(zhì)的吸收光譜在色覺(jué)中幾乎沒(méi)作用。而三種視錐細(xì)胞在較亮的光線下，接受不同波長(zhǎng)的光并產(chǎn)生神經(jīng)信號(hào)傳遞到大腦形式色覺(jué)。人類只擁有紅綠藍(lán)三種視錐細(xì)胞，因而形成所謂的三色色覺(jué)，但是自然界很多動(dòng)物，如鳥(niǎo)、魚(yú)、兩棲動(dòng)物、爬行動(dòng)物、昆蟲(chóng)和一些哺乳動(dòng)物擁有四色色覺(jué)[10]。對(duì)比正常人類，它們一般多出了能看到紫外線的UV視錐細(xì)胞。但這也并不是絕對(duì)的，必須要根據(jù)它們表達(dá)的視蛋白類型來(lái)決定，如蜜蜂對(duì)紫外線敏感而對(duì)紅色不敏感，金魚(yú)則能同時(shí)看到紫外線和紅外線[11]。圖1.1.3感光細(xì)胞的結(jié)構(gòu)和視蛋白吸光波長(zhǎng)[12]

浙江大學(xué)碩士學(xué)位論文實(shí)驗(yàn)結(jié)果24于靠近0的區(qū)間，表明樣本中大部分基因的表達(dá)水平并不高，只有小部分的基因表達(dá)量比較高。圖2斑馬魚(yú)五種感光細(xì)胞基因表達(dá)的移動(dòng)平均趨勢(shì)和熱圖


本文編號(hào)：2985808