毛竹（Phyllostachys edulis）為禾本科竹亞科剛竹屬竹種,是我國(guó)竹類(lèi)植物中分布最廣、面積最大、經(jīng)濟(jì)價(jià)值最高的筍材兩用竹種,在我國(guó)南方重要的森林資源。毛竹在栽培過(guò)程中也會(huì)經(jīng)常遭受季節(jié)性干旱和土壤鹽堿化的威脅,造成竹材、竹筍和竹副產(chǎn)品減產(chǎn),所以研究毛竹的抗逆機(jī)理,具有重要的社會(huì)、生態(tài)意義。本實(shí)驗(yàn)從生物信息學(xué)與基因功能角度系統(tǒng)分析毛竹SOD基因家族特征與功能。本實(shí)驗(yàn)取得以下研究結(jié)果:1.在NCBI網(wǎng)站下載模式植物SOD蛋白序列,利用Blast軟件在毛竹蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)中比對(duì)得到七條蛋白序列,其中包括三條Pe CZSOD蛋白、兩條Pe Mn SOD蛋白以及兩條Pe Fe SOD蛋白;并從毛竹CDS數(shù)據(jù)庫(kù)中找到相對(duì)應(yīng)的毛竹SOD基因序列。2.通過(guò)對(duì)毛竹SOD蛋白理化性質(zhì)、基因結(jié)構(gòu)以及與模式植物SOD基因家族聚類(lèi)分析,發(fā)現(xiàn)毛竹同一亞家族蛋白理化性質(zhì)與基因結(jié)構(gòu)較為相似,從SOD基因家族聚類(lèi)分析得出毛竹SOD基因家族與水稻、二穗短柄草SOD基因遺傳距離較近,與擬南芥SOD基因遺傳距離較遠(yuǎn)。3.對(duì)毛竹SOD各亞家族蛋白進(jìn)行亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè),發(fā)現(xiàn)Pe CZSOD亞家族成員主要定位在細(xì)胞周質(zhì)和葉綠體... 

【文章來(lái)源】：浙江農(nóng)林大學(xué)浙江省

【文章頁(yè)數(shù)】：92 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

毛竹SOD家族各成員結(jié)構(gòu)圖

進(jìn)一步說(shuō)明了毛竹與水稻具有更近的親緣關(guān)系。而擬南芥 Cu/ZnSOD 家族中存在一條 SOD 蛋白，該蛋白單獨(dú)歸為一類(lèi)，且在 CuZnSOD 進(jìn)化早期分化，分化之后沒(méi)有進(jìn)行拷貝。MnSOD 亞家族中，兩條 PeMnSOD 旁系同源蛋白相似度很高。說(shuō)明這兩條 SOD 蛋白在較近的時(shí)間發(fā)生過(guò)一次復(fù)制事件。FeSOD 亞家族可細(xì)分為四個(gè)小分支，其中 C-Ⅱ與 C-Ⅲ-2 小分支中僅由擬南芥 MnSOD 蛋白構(gòu)成。而另外兩個(gè)分支中都含有水稻、二穗短柄草和毛竹 FeSOD 蛋白。結(jié)果表明，毛竹與水稻、二穗短柄草的聚類(lèi)相似度高于擬南芥，從進(jìn)化角度分析可得出毛竹與水稻、二穗短柄草的遺傳距離比擬南芥更加相近。

圖 3.1 毛竹 SOD 家族旁系同源基因系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)Figure3.1 The phylogenetic tree of SOD family paralogous gene pair in Phyllostachys edulis圖 3.2 毛竹 SOD 家族旁系同源基因?qū)?Ka/Ks 率Figure3.2 The Ka/Ks ratio of SOD family paralogous gene pair in Phyllostachys edulis00.050.10.150.20.250.30.350.40.45PeCZSOD1/PeCZSOD3 PeCZSOD1/PeCZSOD2 PeFeSOD1/PeFeSOD2 PeMnSOD1/PeMnSOD2a/KsKparalogousgene pair200因復(fù)制事件基

【參考文獻(xiàn)】：
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博士論文
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碩士論文
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本文編號(hào)：2957156