多重實時PCR技術(shù)用于Ph-like急性淋巴細胞白血病融合基因檢測的研究
發(fā)布時間:2020-12-08 06:30
Ph-like ALL(Philadelphia chromosome-like Acute Lymphoblastic Leukemia)為最新報道的一種ALL亞型,在ALL中約占20%。表達譜聚類分析發(fā)現(xiàn)其基因表達與BCR-ABL1陽性ALL(Ph+ALL)相似,臨床預后也相似,但不存在BCR-ABL1融合基因。Ph-like ALL涉及激酶信號通路異;罨鸵幌盗屑毎蜃邮荏w基因異常,并常伴有淋系發(fā)育相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子異常。近幾年研究發(fā)現(xiàn),基于Ph-like ALL分子遺傳學異常,使用相應(yīng)的酪氨酸激酶抑制劑(TKIs)聯(lián)合化療可以顯著改善Ph-like ALL的療效。因此,檢測Ph-like ALL相關(guān)的分子遺傳學異常具有重要的臨床意義。本研究采用實時PCR技術(shù)平臺,以Ph-like ALL相關(guān)的32種融合基因和一項獨立預后因素為檢測對象,結(jié)合媒介探針技術(shù)和HAND系統(tǒng)(Homo-Tag Assisted Non-Dimer),建立四管多重實時PCR的檢測方法,可檢測與Ph-like ALL相關(guān)的32種融合基因(42種以上的融合形式)和一項獨立預后因素。首先通過文獻調(diào)研確認每種融合基因...
【文章來源】:廈門大學福建省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:79 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1-2?COG的Ph-like?ALL診斷方案丨66丨??Figurel-2?Diagnostic?algorithm?for?identifying?Ph-like?ALL.??
起到封閉作用,防止其結(jié)合到靶DNA后延伸;另一條是通用檢測探針??(Universal?detection?probe),為分子信標其5'端標記熒光基團和3'端標記萍??滅基團,其中分子信標的莖序列的3'區(qū)有一段序列為媒介子雜交區(qū)域(圖1-??3?A)。??基于分子信標媒介探針技術(shù)的工作流程如下:(1)引物和媒介探針退火結(jié)合。??在PCR過程中的變性步驟,模板的DNA雙鏈分開,上下游引物和媒介探針??的靶特異序列分別與模板的DNA相應(yīng)的鏈雜交(圖1-3?B1);?(2)引物延伸??和媒介探針被切。引物在延伸過程中,由于媒介探針5'區(qū)媒介子不與靶DNA??匹配,因此媒介子被具有5'—3'外切酶活性的DNA聚合酶切斷(該酶切位點??主要是在媒介探針上靶結(jié)合序列與靶互補的第一個和第二個堿基中間切斷)??[75,76],從而使媒介子被切下并暴露出3f-0H,而與靶互補的探針則被消化成??碎片[76](圖1-3B2);?(3)媒介子的退火和延伸。再下一輪的PCR退火過程,??暴露出3f-OH的媒介子雜交在分子信標通用檢測探針的環(huán)序列上并延伸,打??開分子信標的莖序列
(__032682.5),其中,別7戶2/4-/451/存在3種融合形式(圖2-1八)。具體的??斷裂點見圖2-1。J5Z7的斷裂點有exon2、exon3和exon4,考慮到擴增子的長??度不能太長,所以上設(shè)計了兩條下游引物和兩條媒介探針,斷裂點ex〇n2??和exon?3共用下游引物和媒介探針。媒介探針和其他上游引物的設(shè)計位點如圖??2-1?B所示。??A??ETV6-ABLl(e5?2)?RCSDJ-ABLl(e2-e4)??i?5?I?i21?一3?i?mfm?丨4一?|5|??NUPm-ABLHen-.D^l)?(e34-e3)?5,V^-.?I/(e3-e4)????32?|?33?|?34]?I?2?I?3? ̄I?I?2?| ̄*3?Vf???? ̄I ̄I?■■一、??ZXHZl-ABLJ(e\S-e2)??32?32?2?3?一?—????r^n? ̄ ̄????RTI ̄17?I?18丨?2?3 ̄??32?33?34?3?4???????????????FOXPJ-ABLJ(e[9-e4)??R.4NB
【參考文獻】:
期刊論文
[1]兒童Ph-like急性淋巴細胞白血病的研究進展[J]. 唐雪,郭霞. 中國當代兒科雜志. 2017(11)
[2]《中國成人急性淋巴細胞白血病診斷與治療的指南(2016版)》解讀[J]. 鄒德慧. 臨床血液學雜志. 2017(05)
[3]急性淋巴細胞白血病的分子遺傳學研究進展[J]. 陳蘇寧,王謙. 臨床血液學雜志. 2017(03)
[4]Ph-like急性淋巴細胞白血病[J]. 沈樹紅. 中國實用兒科雜志. 2016(04)
[5]Ph樣急性淋巴細胞白血病的分子遺傳學進展:第56屆美國血液學會年會報道[J]. 張陽,劉紅星. 白血病·淋巴瘤. 2015 (02)
[6]IKZF1基因IK6亞型在成人急性淋巴細胞白血病中的表達及臨床意義[J]. 袁田,趙邢力,張麗霞,李慶華,田征,唐克晶,王迎,林冬,李巍,劉兵城,周春林,王敏,王建祥,秘營昌. 中國實驗血液學雜志. 2013(03)
碩士論文
[1]流式細胞術(shù)檢測兒童白血病細胞磷酸化信號蛋白的初步研究[D]. 李華梅.廣州醫(yī)學院 2011
[2]多色實時PCR用于食源性致病菌的廣譜檢測與識別[D]. 張佳峰.廈門大學 2007
本文編號:2904629
【文章來源】:廈門大學福建省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:79 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1-2?COG的Ph-like?ALL診斷方案丨66丨??Figurel-2?Diagnostic?algorithm?for?identifying?Ph-like?ALL.??
起到封閉作用,防止其結(jié)合到靶DNA后延伸;另一條是通用檢測探針??(Universal?detection?probe),為分子信標其5'端標記熒光基團和3'端標記萍??滅基團,其中分子信標的莖序列的3'區(qū)有一段序列為媒介子雜交區(qū)域(圖1-??3?A)。??基于分子信標媒介探針技術(shù)的工作流程如下:(1)引物和媒介探針退火結(jié)合。??在PCR過程中的變性步驟,模板的DNA雙鏈分開,上下游引物和媒介探針??的靶特異序列分別與模板的DNA相應(yīng)的鏈雜交(圖1-3?B1);?(2)引物延伸??和媒介探針被切。引物在延伸過程中,由于媒介探針5'區(qū)媒介子不與靶DNA??匹配,因此媒介子被具有5'—3'外切酶活性的DNA聚合酶切斷(該酶切位點??主要是在媒介探針上靶結(jié)合序列與靶互補的第一個和第二個堿基中間切斷)??[75,76],從而使媒介子被切下并暴露出3f-0H,而與靶互補的探針則被消化成??碎片[76](圖1-3B2);?(3)媒介子的退火和延伸。再下一輪的PCR退火過程,??暴露出3f-OH的媒介子雜交在分子信標通用檢測探針的環(huán)序列上并延伸,打??開分子信標的莖序列
(__032682.5),其中,別7戶2/4-/451/存在3種融合形式(圖2-1八)。具體的??斷裂點見圖2-1。J5Z7的斷裂點有exon2、exon3和exon4,考慮到擴增子的長??度不能太長,所以上設(shè)計了兩條下游引物和兩條媒介探針,斷裂點ex〇n2??和exon?3共用下游引物和媒介探針。媒介探針和其他上游引物的設(shè)計位點如圖??2-1?B所示。??A??ETV6-ABLl(e5?2)?RCSDJ-ABLl(e2-e4)??i?5?I?i21?一3?i?mfm?丨4一?|5|??NUPm-ABLHen-.D^l)?(e34-e3)?5,V^-.?I/(e3-e4)????32?|?33?|?34]?I?2?I?3? ̄I?I?2?| ̄*3?Vf???? ̄I ̄I?■■一、??ZXHZl-ABLJ(e\S-e2)??32?32?2?3?一?—????r^n? ̄ ̄????RTI ̄17?I?18丨?2?3 ̄??32?33?34?3?4???????????????FOXPJ-ABLJ(e[9-e4)??R.4NB
【參考文獻】:
期刊論文
[1]兒童Ph-like急性淋巴細胞白血病的研究進展[J]. 唐雪,郭霞. 中國當代兒科雜志. 2017(11)
[2]《中國成人急性淋巴細胞白血病診斷與治療的指南(2016版)》解讀[J]. 鄒德慧. 臨床血液學雜志. 2017(05)
[3]急性淋巴細胞白血病的分子遺傳學研究進展[J]. 陳蘇寧,王謙. 臨床血液學雜志. 2017(03)
[4]Ph-like急性淋巴細胞白血病[J]. 沈樹紅. 中國實用兒科雜志. 2016(04)
[5]Ph樣急性淋巴細胞白血病的分子遺傳學進展:第56屆美國血液學會年會報道[J]. 張陽,劉紅星. 白血病·淋巴瘤. 2015 (02)
[6]IKZF1基因IK6亞型在成人急性淋巴細胞白血病中的表達及臨床意義[J]. 袁田,趙邢力,張麗霞,李慶華,田征,唐克晶,王迎,林冬,李巍,劉兵城,周春林,王敏,王建祥,秘營昌. 中國實驗血液學雜志. 2013(03)
碩士論文
[1]流式細胞術(shù)檢測兒童白血病細胞磷酸化信號蛋白的初步研究[D]. 李華梅.廣州醫(yī)學院 2011
[2]多色實時PCR用于食源性致病菌的廣譜檢測與識別[D]. 張佳峰.廈門大學 2007
本文編號:2904629
本文鏈接:http://sikaile.net/kejilunwen/jiyingongcheng/2904629.html
最近更新
教材專著