本文關(guān)鍵詞：胃癌外周血基因標(biāo)志物研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的通過(guò)收集和分析胃癌患者及對(duì)照組的血液全基因表達(dá)譜的找出與胃癌相關(guān)的血液基因標(biāo)志物。方法1血樣收集:樣本于2014~2015年采集于安徽醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院包括:胃癌組36份血液樣本;健康對(duì)照組:55例;非胃癌的其他腫瘤對(duì)照組125例。2提取RNA和RNA的質(zhì)量控制:用PAXgene Blood RNA抽提試劑盒提取外周血總RNA。評(píng)估總RNA的濃度和純度。通過(guò)Agilent 2100生物分析儀檢測(cè)總RNA的片段完整性。3基因芯片雜交:全血RNA與基因芯片雜交分析,RNA樣品的基因表達(dá)譜利用Affymetrix表達(dá)控制臺(tái)軟件處理并經(jīng)MAS5算法標(biāo)準(zhǔn)化,使之可被比較分析差異。4基因芯片數(shù)據(jù)分析:運(yùn)用Sentinel Pair TM,Log Reg TM進(jìn)行分析運(yùn)算,用蒙特卡洛方法(Monte Car lo Method)從大量的數(shù)據(jù)中加速尋找表達(dá)有顯著差異的基因組(gene panel)。比較分析各基因組在各實(shí)驗(yàn)組中的區(qū)別能力,甄別出符合假設(shè)的基因組。并用邏輯回歸統(tǒng)計(jì)分析方法評(píng)估上述基因構(gòu)成的基因組合對(duì)胃癌的診斷作用。結(jié)果5通過(guò)自我訓(xùn)練的邏輯回歸模型,研究確定了檢測(cè)胃癌的四個(gè)候選基因包括PURB,SMC1L1,DENND1B和PDCD4。這些基因表達(dá)在胃癌組與健康對(duì)照組對(duì)比顯示:其中兩個(gè)基因(PURB,DENND1B)在胃癌組中過(guò)表達(dá)(2.2倍,1.5倍),另兩個(gè)基因(SMC1L1,PDCD4)則呈低表達(dá)(-1.6倍,-1.7倍)。這個(gè)四基因組表達(dá)在胃癌與健康對(duì)照組之間呈線性倍增變化,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P0.001)。6訓(xùn)練集中,這四個(gè)基因組顯示的ROC AUC為0.99,準(zhǔn)確率95%,敏感性90%,對(duì)健康對(duì)照組特異性為100%,對(duì)非胃癌的其他腫瘤對(duì)照組特異性為95%。7為了驗(yàn)證這四個(gè)基因組的可能性是否僅僅由于隨機(jī)的機(jī)會(huì),我們進(jìn)行了2倍交叉驗(yàn)證,從中我們得出結(jié)論,所觀察到的4個(gè)基因組合的表現(xiàn),不可能是隨機(jī)的結(jié)果。8然后我們用上述建立在訓(xùn)練集上的數(shù)學(xué)預(yù)測(cè)模型來(lái)評(píng)估完全獨(dú)立樣本的測(cè)試集,評(píng)估的結(jié)果與預(yù)測(cè)模型在訓(xùn)練集的表現(xiàn)相似:ROC AUG為99%,準(zhǔn)確率94%,敏感性100%,對(duì)健康對(duì)照組特異性為100%,對(duì)非胃癌的其他腫瘤對(duì)照組特異性為88%。9將訓(xùn)練集和測(cè)試集的結(jié)果相結(jié)合,得出這個(gè)四個(gè)基因組診斷胃癌的準(zhǔn)確度為95%,敏感性為92%,特異性為96%。結(jié)論本研究顯示了使用外周血的基因表達(dá)譜檢測(cè)胃癌的可能性。研究發(fā)現(xiàn)了一個(gè)外周血四基因組的胃癌特異性基因標(biāo)志物,這個(gè)四基因組包含PURB[purine-rich element binding protein B],SMC1L1[structural maintenance of chromosomes 1A],DENND1B[DENN/MADD domain containing 1B]和PDCD4[programmed cell death 4]四個(gè)基因。這一基因組檢測(cè)胃癌具有極高的準(zhǔn)確性、敏感性及特異性,遠(yuǎn)遠(yuǎn)超越傳統(tǒng)的腫瘤標(biāo)記物檢測(cè)。有望成為胃癌的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估基因并成為潛在的臨床生物學(xué)標(biāo)志,為建立實(shí)用的外周血胃癌篩查技術(shù)奠定基礎(chǔ)。
【關(guān)鍵詞】：基因標(biāo)志物 胃癌 基因組 外周血
【學(xué)位授予單位】：安徽醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R735.2
【目錄】：

• 英漢縮略語(yǔ)名詞對(duì)照5-6
• 摘要6-8
• ABSTRACT8-11
• 1 引言11-18
• 2. 實(shí)驗(yàn)材料與方法18-40
• 2.1 研究人群18-19
• 2.2 外周血采集和總RNA抽提19-29
• 2.3 基因表達(dá)譜芯片雜交29-38
• 2.4 數(shù)據(jù)處理和生物信息分析38-40
• 3 結(jié)果40-46
• 4 討論46-49
• 5 結(jié)論49-50
• 6 展望50-51
• 參考文獻(xiàn)51-56
• 附錄56-57
• 致謝57-58
• 綜述58-65
• 參考文獻(xiàn)62-65

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 戴成雨;胃癌20例誤診分析[J];實(shí)用醫(yī)學(xué)雜志;2002年03期

2 李秋波,陶智慧,胡奎,韓智,馬勇;胃癌術(shù)前區(qū)域動(dòng)脈灌注化療加手術(shù)聯(lián)合治療的療效觀察(附24例)[J];航空航天醫(yī)藥;2003年03期

3 倪海濱,毛振彪,黃介飛,肖明兵,季穎林,張彥亮,冒海蕾;血清可溶性細(xì)胞間粘附分子-1與胃癌臨床意義的研究[J];南通醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào);2003年01期

4 邢亞莉;姚春霞;唐曉君;劉春梅;;彩超在胃癌診斷中的價(jià)值[J];基層醫(yī)學(xué)論壇;2007年17期

5 ;日本專家用新技術(shù)提高胃癌診斷準(zhǔn)確率[J];生物醫(yī)學(xué)工程與臨床;2009年02期

6 ;新技術(shù)能提高胃癌診斷準(zhǔn)確率[J];中華中醫(yī)藥學(xué)刊;2009年07期

7 高春光;;胃癌患者的臨床治療體會(huì)[J];中國(guó)民族民間醫(yī)藥;2009年14期

8 高瑞鳳;朱曄;劉興姣;;37例進(jìn)展期胃癌的超聲分析[J];中國(guó)實(shí)用醫(yī)藥;2010年25期

9 姜可偉;;規(guī)范全球第二大致死率疾病的診斷——《胃癌診斷標(biāo)準(zhǔn)》解讀[J];中國(guó)衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)管理;2010年04期

10 張常華;何裕隆;詹文華;吳英;;多學(xué)科小組與胃癌診治[J];現(xiàn)代腫瘤醫(yī)學(xué);2011年06期

中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 武淑蘭;魏志杰;殷宇明;;胃癌致微血管病性溶血性貧血的診斷[A];第十一屆全國(guó)紅細(xì)胞疾病學(xué)術(shù)會(huì)議暨學(xué)習(xí)班論文匯編[C];2007年

2 丁濤;;超聲在診斷胃癌中的應(yīng)用[A];中國(guó)超聲醫(yī)學(xué)工程學(xué)會(huì)第三屆全國(guó)肌肉骨骼超聲醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)交流會(huì)論文匯編[C];2011年

3 陳曉康;呂國(guó)榮;蘇若瑟;;應(yīng)用彩色能量多普勒血流顯像對(duì)胃癌的診斷價(jià)值[A];慶祝中國(guó)超聲醫(yī)學(xué)工程學(xué)會(huì)成立20周年——第八屆全國(guó)超聲醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編[C];2004年

4 于吉人;;胃癌的術(shù)前系統(tǒng)評(píng)估[A];2004年浙江省外科學(xué)學(xué)術(shù)年會(huì)論文匯編[C];2004年

5 楊軍樂(lè);寧文德;董季平;徐敏;;多層螺旋CT在胃癌診斷中的應(yīng)用研究[A];中華醫(yī)學(xué)會(huì)第十三屆全國(guó)放射學(xué)大會(huì)論文匯編（下冊(cè)）[C];2006年

6 張曉鵬;;胃癌磁共振成像研究進(jìn)展[A];第四屆中國(guó)腫瘤學(xué)術(shù)大會(huì)暨第五屆海峽兩岸腫瘤學(xué)術(shù)會(huì)議教育集[C];2006年

7 張麗紅;常維平;黃賢會(huì);;螺旋CT在特殊部位胃癌診斷中的應(yīng)用[A];中國(guó)醫(yī)師協(xié)會(huì)放射醫(yī)師分會(huì)首屆會(huì)員大會(huì)暨第四屆醫(yī)學(xué)影像山東論壇、山東省第16次放射學(xué)會(huì)議暨山東省第14屆醫(yī)學(xué)影像學(xué)學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2007年

8 陳靜;;彩色多普勒超聲檢查在胃癌的應(yīng)用[A];中國(guó)超聲醫(yī)學(xué)工程學(xué)會(huì)第七屆全國(guó)腹部超聲學(xué)術(shù)會(huì)議學(xué)術(shù)論文匯編[C];2007年

9 劉池波;梁勇;王海寶;楊林軍;梁津逍;;胃癌患者中血清淀粉樣蛋白A的測(cè)定及臨床意義[A];第二屆中國(guó)醫(yī)學(xué)細(xì)胞生物學(xué)學(xué)術(shù)大會(huì)暨細(xì)胞生物學(xué)教學(xué)改革會(huì)議論文集[C];2008年

10 吳厚賓;;腹腔鏡在胃癌診治中的應(yīng)用進(jìn)展(綜述)[A];江西省第二屆胃腸外科學(xué)術(shù)會(huì)議暨江西省第十二次中西醫(yī)結(jié)合普通外科學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編[C];2012年

中國(guó)重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 錢錚;新技術(shù)能提高胃癌診斷準(zhǔn)確率[N];中國(guó)中醫(yī)藥報(bào);2009年

2 記者 陳青;胃癌患者從“存活”邁向“樂(lè)活”[N];文匯報(bào);2010年

3 李楠;胃癌診斷敏感性從不足30%提高到57.4%[N];健康報(bào);2008年

4 通訊員 李楠;胃癌“轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)”研究見(jiàn)成效[N];上海科技報(bào);2008年

5 記者 楚燕　通訊員 那偉 高樹(shù)灼;廈門胃癌研究達(dá)國(guó)際領(lǐng)先水平[N];廈門日?qǐng)?bào);2009年

6 胡德榮;新型胃癌分子標(biāo)志物研究獲突破[N];中國(guó)醫(yī)藥報(bào);2010年

7 本報(bào)記者 周芳;改善飲食習(xí)慣 早發(fā)現(xiàn)早治療[N];吉林日?qǐng)?bào);2006年

8 中南大學(xué)湘雅二醫(yī)院 楊燕貽;胃癌防治有哪些錯(cuò)誤觀念[N];大眾衛(wèi)生報(bào);2005年

9 特約記者 程守勤;胃癌診斷又有新方法[N];家庭醫(yī)生報(bào);2003年

10 重慶萬(wàn)州 黃瓊;胃癌的手術(shù)治療[N];上海中醫(yī)藥報(bào);2013年

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 孫大志;基于microRNA 21的調(diào)控作用探討從痰論治胃癌的作用機(jī)制[D];中國(guó)人民解放軍醫(yī)學(xué)院;2012年

2 陳悅之;TNFAIP8在胃癌中的表達(dá)和對(duì)調(diào)節(jié)胃癌細(xì)胞增殖，影響侵襲及遷移中的作用研究[D];山東大學(xué);2015年

3 殷繼鵬;腫瘤血管靶向肽GX1用于胃癌的分子影像研究[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2015年

4 蔡習(xí)強(qiáng);TFEB介導(dǎo)的自噬在胃癌耐藥中的作用及其機(jī)制研究[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2015年

5 趙曉迪;microRNA-7調(diào)控胃癌惡性生物學(xué)行為的功能與分子機(jī)制研究[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2015年

6 尚華;MicroRNA-125a在胃癌中表達(dá)水平的研究及其臨床意義[D];山東大學(xué);2015年

7 關(guān)中正;TGF-β在胃癌免疫逃逸中作用及機(jī)制研究[D];山東大學(xué);2015年

8 黃勇;AEG-1/MT qDH、NF-κB、MMP-9在胃癌中的表達(dá)及相關(guān)性的研究[D];山東大學(xué);2015年

9 謝黎明;胃癌中miR-124表達(dá)的意義及作用機(jī)制研究[D];南華大學(xué);2015年

10 劉佳寧;SOX9和CEACAM1在胃癌組織中表達(dá)及其對(duì)胃癌細(xì)胞增殖和轉(zhuǎn)移的影響[D];山東大學(xué);2015年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 徐海蓉;胃癌危險(xiǎn)因素的流行病學(xué)研究[D];南京醫(yī)科大學(xué);2002年

2 張軍利;p27、PTEN與VEGF蛋白在胃癌組織中的表達(dá)及其意義[D];泰山醫(yī)學(xué)院;2014年

3 馬春婷;胃癌與幽門螺桿菌的相關(guān)性研究[D];石河子大學(xué);2015年

4 王士杰;腹腔鏡手術(shù)治療進(jìn)展期遠(yuǎn)端胃癌的臨床療效及患者術(shù)后隨訪生存質(zhì)量研究[D];中國(guó)人民解放軍醫(yī)學(xué)院;2015年

5 李浩;胃癌血清蛋白標(biāo)記物的篩選與鑒定[D];鄭州大學(xué);2015年

6 王巍;胃癌患者血液樣品的光譜分析[D];鄭州大學(xué);2015年

7 李玉博;高場(chǎng)磁共振在胃癌術(shù)前T分期與分級(jí)的價(jià)值[D];鄭州大學(xué);2015年

8 張?zhí)K鈺;SOX4和P53蛋白在胃癌組織中的表達(dá)及貞芪扶正膠囊對(duì)胃癌術(shù)后輔助治療作用的觀察[D];蘭州大學(xué);2015年

9 馬來(lái)陽(yáng);能譜CT成像在胃癌術(shù)前分期及分化程度評(píng)價(jià)中的應(yīng)用研究[D];蘭州大學(xué);2015年

10 侯向紅;HORMAD2在胃癌中的表達(dá)及對(duì)胃癌細(xì)胞增殖和凋亡的影響[D];蘭州大學(xué);2015年

  本文關(guān)鍵詞：胃癌外周血基因標(biāo)志物研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

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本文編號(hào)：290229