海洋球石藻Emiliania huxleyi是一種全球廣泛分布且具有重要生態(tài)功能的真核浮游植物,尤其是亞極地高緯度海域的赤潮優(yōu)勢(shì)種。E.huxleyi中的一些類群能夠在細(xì)胞表面形成鈣化的“球石�！辈⒕哂懈弋a(chǎn)DMSP的能力。自然海域中,某些E.huxleyi株系能夠被特異性病毒（E.huxleyi virus,EhVs）感染,并誘導(dǎo)宿主細(xì)胞裂解死亡以控制赤潮消亡及宿主的種群動(dòng)力學(xué)過(guò)程。病毒裂解球石藻造成DMSP的釋放,球石粒大量產(chǎn)生、脫落及沉積,影響水體及大氣中CO₂含量,加劇溫室效應(yīng);同時(shí)細(xì)胞裂解時(shí)CaCO₃沉積于海底并參與生物圈的碳循環(huán)及地質(zhì)演變。因此,E.huxleyi是當(dāng)今研究全球生物地化循環(huán)及氣候變化的一個(gè)關(guān)鍵物種,并由于該藻赤潮的瓦解有賴于病毒感染而更顯重要。然而,目前我們對(duì)病毒感染過(guò)程中球石藻細(xì)胞的生理生化反應(yīng)、病毒增殖的分子生物學(xué)機(jī)理、病毒與細(xì)胞相互作用的生物學(xué)意義等科學(xué)問(wèn)題的認(rèn)識(shí)還十分有限。MicroRNA（miRNA）是近年來(lái)發(fā)現(xiàn)的在真核生物中起轉(zhuǎn)錄后調(diào)控作用的小分子非編碼RNA,它們通過(guò)復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)調(diào)節(jié)基因的表達(dá),在細(xì)胞... 

【文章來(lái)源】：集美大學(xué)福建省

【文章頁(yè)數(shù)】：131 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
主要符號(hào)表
第1章 引言
    1.1 海洋球石藻及海洋球石藻病毒
    1.2 非編碼RNA簡(jiǎn)介
    1.3 microRNA的研究概況
        1.3.1 動(dòng)植物miRNA及其加工作用機(jī)制
        1.3.2 藻類miRNA研究現(xiàn)狀
        1.3.3 miRNA與病毒感染
        1.3.4 miRNA的研究方法
    1.4 研究目的及意義
第2章 病毒感染海洋球石藻相關(guān)microRNA的篩選、鑒定及功能分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)藻種及病毒
        2.1.2 海洋球石藻的培養(yǎng)
        2.1.3 病毒顆粒的大量制備
        2.1.4 病毒感染實(shí)驗(yàn)的設(shè)置及樣品收集
        2.1.5 SmallRNA建庫(kù)主要實(shí)驗(yàn)試劑
        2.1.6 SmallRNA建庫(kù)主要實(shí)驗(yàn)儀器
        2.1.7 總RNA的提取與質(zhì)量檢測(cè)
        2.1.8 SmallRNA文庫(kù)構(gòu)建與測(cè)序
        2.1.9 上機(jī)測(cè)序
        2.1.10 Rawdata質(zhì)量過(guò)濾與分類
        2.1.11 miRNA的預(yù)測(cè)
        2.1.12 表達(dá)量歸一化
        2.1.13 miRNA差異表達(dá)分析
        2.1.14 差異miRNA靶基因預(yù)測(cè)
        2.1.15 GO和KEGG的注釋及富集
        2.1.16 差異表達(dá)miRNA與其靶基因互作網(wǎng)絡(luò)分析
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 RNA質(zhì)檢結(jié)果
        2.2.2 Cleandata與參考基因組比對(duì)結(jié)果
        2.2.3 miRNA序列分析
        2.2.4 miRNA同源性分析
        2.2.5 差異表達(dá)miRNAs的篩選
        2.2.6 差異表達(dá)miRNA的靶基因預(yù)測(cè)與功能分析
        2.2.7 miRNA與靶基因互作網(wǎng)絡(luò)分析
    2.3 討論
        2.3.1 miRNA長(zhǎng)度分布與首位堿基偏好性特點(diǎn)
        2.3.2 E.huxleyiBOF92和EhV99B1miRNA的來(lái)源
        2.3.3 miRNA的同源性
        2.3.4 miRNA的功能分析
    2.4 本章小結(jié)
第3章 miRNA及其靶基因表達(dá)的檢測(cè)與相關(guān)性分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        3.1.2 實(shí)驗(yàn)方法
    3.2 結(jié)果
        3.2.1 差異表達(dá)miRNA莖環(huán)熒光定量RT-PCR驗(yàn)證
        3.2.2 差異表達(dá)miRNA-mRNA互作網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        3.2.3 靶基因熒光定量RT-PCR驗(yàn)證
        3.2.4 miRNA與靶標(biāo)表達(dá)之間的相關(guān)性分析
    3.3 討論
    3.4 本章小結(jié)
第4章 雙熒光素酶報(bào)告系統(tǒng)檢測(cè)病毒miRNA與靶基因之間的關(guān)系
    4.1 材料與方法
        4.1.1 實(shí)驗(yàn)試劑
        4.1.2 實(shí)驗(yàn)儀器
        4.1.3 雙熒光素酶報(bào)告載體系統(tǒng)及細(xì)胞株系
        4.1.4 miRNA與靶基因結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測(cè)
        4.1.5 目標(biāo)序列的合成與實(shí)驗(yàn)組別設(shè)置
        4.1.6 重組載體轉(zhuǎn)化感受態(tài)細(xì)胞
        4.1.7 重組質(zhì)粒的抽提
        4.1.8 重組質(zhì)粒與雙熒光載體psiCHECK2的大量酶切
        4.1.9 雙熒光載體重組載體的連接與轉(zhuǎn)化
        4.1.10 雙熒光素酶重組質(zhì)粒的提取及鑒定
        4.1.11 細(xì)胞培養(yǎng)
        4.1.12 瞬時(shí)轉(zhuǎn)染
        4.1.13 雙熒光素酶報(bào)告系統(tǒng)的檢測(cè)
    4.2 結(jié)果
        4.2.1 miRNA與自噬相關(guān)基因結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測(cè)
        4.2.2 雙熒光素酶重組載體的構(gòu)建
        4.2.3 轉(zhuǎn)染重組質(zhì)粒的熒光素酶的表達(dá)
    4.3 討論
        4.3.1 雙熒光素酶報(bào)告載體的選擇、構(gòu)建與轉(zhuǎn)染體系的優(yōu)化
        4.3.2 miRNA與自噬相關(guān)基因的靶向關(guān)系及可能的調(diào)控方式
    4.4 本章小結(jié)
第5章 結(jié)論與展望
    5.1 本文主要結(jié)論
    5.2 本文主要?jiǎng)?chuàng)新點(diǎn)
    5.3 展望
致謝
參考文獻(xiàn)
附錄
    附錄A：42條miRNA成熟體序列
    附錄B：33條miRNA前體序列
在學(xué)期間科研成果情況


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]應(yīng)用于miRNA靶標(biāo)檢測(cè)的雙熒光素酶報(bào)告載體的構(gòu)建及鑒定[J]. 印翠,張俊玲,施志儀,孫文慧,孫近近.  生物技術(shù)通報(bào). 2015(12)
[2]植物中miRNA及其靶基因的檢測(cè)與鑒定方法[J]. 位明明,李維國(guó).  熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué). 2015(08)
[3]MicroRNA與病毒感染[J]. 趙福林,李宇寧,段招軍.  病毒學(xué)報(bào). 2015(02)
[4]非編碼RNA與細(xì)胞自噬調(diào)控[J]. 韓博煒,陳月琴.  生命的化學(xué). 2014(04)
[5]非編碼RNA與基因表達(dá)調(diào)控[J]. 楊福蘭,饒周舟,陳漢春.  生命的化學(xué). 2014(01)
[6]microRNAs in a multicellular green alga Volvox carteri[J]. LI JingRui,WU Yang,QI YiJun.  Science China(Life Sciences). 2014(01)
[7]基于microRNA共調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的microRNA調(diào)控機(jī)制研究[J]. 包鍇,劉珂,孫之榮.  生物信息學(xué). 2012(04)
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[10]Dicer蛋白分子的進(jìn)化與結(jié)構(gòu)研究進(jìn)展[J]. 劉新建,陶剛,劉永翔,劉作易.  貴州農(nóng)業(yè)科學(xué). 2011(06)

博士論文
[1]對(duì)蝦miR-71介導(dǎo)的自噬及白斑綜合癥病毒（WSSV）編碼的miRNA在病毒感染中的作用[D]. 何耀東.浙江大學(xué) 2014
[2]植物miRNA基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建及intronic miRNA分析[D]. 楊國(guó)棟.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012

碩士論文
[1]海洋球石藻病毒（Coccolithovirus）絲氨酸棕櫚酰轉(zhuǎn)移酶（SPT）基因克隆、表達(dá)及其與宿主神經(jīng)酰胺合成之間的關(guān)系[D]. 劉旭宏.集美大學(xué) 2012
[2]海洋微擬球藻microRNA測(cè)序鑒定及其轉(zhuǎn)基因體系的建立[D]. 陳常杰.中國(guó)海洋大學(xué) 2012



本文編號(hào)：2901863