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控制萵苣種子顏色基因的遺傳定位

發(fā)布時間:2020-11-17 21:25
   萵苣(Lactuca sativa)種子通常為黑色和白色,一些萵筍類型為棕色種子。種子顏色形成機理在擬南芥,大豆和水稻中都有比較深入的研究,在萵苣中的相關(guān)研究卻鮮有報道。本課題首先利用黑色種子萵苣Y37和白色種子萵苣S1雜交,并構(gòu)建F_4重組自交系群體,該群體出現(xiàn)種子顏色黑色和白色的分離。在該群體內(nèi)取20株黑色種子萵苣葉片混合構(gòu)建一個極端池,另取20株白色種子萵苣葉片混合構(gòu)建一個極端池,分別提取RNA并測序。分析測序數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)7號染色體44-51Mb區(qū)域內(nèi)等位基因頻率具有顯著差異,推測該區(qū)域內(nèi)存在控制萵苣種子黑白顏色的基因。擴大群體并利用圖位克隆將基因精細定位到7號染色體49.16Mb-49.26Mb區(qū)域,對候選區(qū)域基因功能進行注釋和預(yù)測,將編碼LsTT2轉(zhuǎn)錄因子的基因確定為候選基因。另外,利用棕色種子萵苣PI251246和白色種子萵苣PI358001-1雜交得到F_1,F_1自交得到F_2,F_2種子顏色出現(xiàn)黑、白、棕三種顏色分離,利用黑色種子萵苣和棕色種子萵苣各20株構(gòu)建兩個極端池,進行RNA-Seq,發(fā)現(xiàn)2號染色體95-102Mb區(qū)域內(nèi)等位基因頻率有顯著差異,開發(fā)分子標記利用圖位克隆最終將基因定位到2號染色體96.24-100.63Mb之間,分析該區(qū)域內(nèi)基因的表達量差異和功能,將一個編碼查爾酮合成酶的基因LG2229551選為候選基因。
【學位單位】:華中農(nóng)業(yè)大學
【學位級別】:碩士
【學位年份】:2018
【中圖分類】:S636.2
【部分圖文】:

二聚體,原花青素,化學結(jié)構(gòu)


紅色、紫色和棕色(Nesi et al 2001)。在擬南芥中,花青素和黃酮醇可在擬南芥所有組織中合成,而原花青素只在種子中合成(Chapple et al 1994),擬南芥中原花青素與種子顏色形成的關(guān)系已經(jīng)研究的非常透徹。在早期的擬南芥種子中,原花青素在種皮的最內(nèi)層細胞合成并積累(Devic et al 1999),因其抗氧化性功能,對早期胚胎有一定的保護作用(Antoine et al 2004),并且原花青素的積累對延長種子壽命也起到非常重要的作用(Debe aujon et al2000;Winkl Shirley et al 1998)。隨著種子的成熟,原花青素也被逐漸氧化而由無色變成棕色進而將種子著色。原花青素是一類寡聚物或者多聚物,由多個單體的黃烷-3-醇合成,各單體因醇的不同而表現(xiàn)不同種類,單體間連接方式也存在差異,主要都是由醚鍵或內(nèi)黃烷鍵連接,根據(jù)單體間連接方式的不同,將原花青素的二聚體分為二聚體 A1 和二聚體 B1(Ferreira et al 1999)。二聚體 A 中連接兩單體的既有內(nèi)黃烷鍵又有醚鍵;二聚體 B 的各單體則只由內(nèi)黃烷鍵連接。多聚化的原花青素由于聚合的單體不同,連接方式不同,造成原花青素的結(jié)構(gòu)多樣性(Xie et al 2005)。

生物合成途徑,擬南芥,查爾酮,柚皮苷


控制萵苣種子顏色基因的遺傳定位用下生成柚皮苷查爾酮,柚皮苷查爾酮再在查爾酮異構(gòu)酶的作用下生,柚皮苷在黃烷酮-3 羥化酶的催化下生成二氫黃酮醇。生成二氫黃酮類黃酮化合物初步生物合成步驟完全相同,都是由一些結(jié)構(gòu)基因調(diào)控酮合成酶(CHS)、查爾酮異構(gòu)酶(CHI)、黃烷酮-3 羥化酶(F3H)黃酮醇在二氫黃酮醇還原酶(DFR)的作用下形成無色花青素。無色可以生成花青素,又可以經(jīng)過另一途徑生成原花青素。無色花青素在原酶(BAN)的作用下生成兒茶素,兒茶素是原花青素的前體,經(jīng)一或多聚反應(yīng)最后生成原花青素。

萵苣種子,顏色,萵苣


實驗室收集到多份萵苣種質(zhì)資源材料,用來研究萵苣中各種性的遺傳規(guī)律。利用這些種質(zhì)資源構(gòu)建多個群體,包括萵苣的全基因組關(guān)聯(lián)分析群體(GWAS 群體),多親本高世代互交群體(MAGIC 群體),還有各種類型萵苣通過雜交產(chǎn)生的群體以及各種野生種萵苣材料和商品種萵苣材料共 100余份萵苣種質(zhì)資源材料,用來研究萵苣中各種性狀的遺傳規(guī)律,根據(jù)不同性狀挑選了 191份作為實驗室核心資源。對核心資源的 191份 GWAS 群體種子顏色進行調(diào)查統(tǒng)計,發(fā)現(xiàn)其中有黑色種子萵苣材料 89 份,白色種子萵苣材料 99 棕色種子萵苣材料 3份。并且三份棕色種子萵苣材料都是萵筍,另外對收集的47 份萵筍材料進行顏色統(tǒng)計,發(fā)現(xiàn)有 21 份萵筍種子顏色為棕色,由統(tǒng)計結(jié)果可知,常見的萵苣種子顏色主要為黑色和白色,部分萵筍品種種子顏色為棕色(圖 3)。
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本文編號:2887933

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