基因和表型之間關(guān)系的確定是分子生物學(xué)研究的核心目標(biāo)之一。前期的研究結(jié)果表明,決定相同或相似性狀的基因在蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)聯(lián)性較強(qiáng)�；谶@個(gè)假設(shè),研究者們提出了一系列以網(wǎng)絡(luò)為基礎(chǔ)的方法以確定基因和表型之間的關(guān)系。在這些不同的算法中,基于擴(kuò)散譜的方法表現(xiàn)出了較好的預(yù)測(cè)效果。本文提出了一種基于擴(kuò)散譜的新方法來(lái)確定可能的致病基因。對(duì)某種特定疾病而言,其擴(kuò)散譜定義為PPI網(wǎng)絡(luò)中候選致病基因的穩(wěn)態(tài)分布。通過(guò)比較候選致病基因與相應(yīng)疾病之間的擴(kuò)散譜相似性,就可以對(duì)候選的基因進(jìn)行排序。最后,我們對(duì)訓(xùn)練集中的基因(預(yù)留的作為訓(xùn)練集的基因和隨機(jī)抽取的基因)進(jìn)行留一交叉驗(yàn)證來(lái)檢驗(yàn)方法的穩(wěn)健性。結(jié)果表明所提方法相比其它基于擴(kuò)散譜的方法表現(xiàn)出了更好的預(yù)測(cè)效果。除此之外,我們將該方法應(yīng)用于預(yù)測(cè)包括前列腺癌和阿爾茲海默病在內(nèi)的16種多因子疾病以進(jìn)一步驗(yàn)證所提方法的泛化能力,結(jié)果表明該方法所預(yù)測(cè)出的致病基因與已有的科學(xué)文獻(xiàn)報(bào)道具有很強(qiáng)的一致性。研究表明,對(duì)多種信息數(shù)據(jù)(表型相似性數(shù)據(jù)、疾病和基因擴(kuò)散譜相似性數(shù)據(jù))的整合可以更有效的幫助人們確定候選致病基因。細(xì)菌蛋白的亞細(xì)胞分布信息對(duì)蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)、基因組功能注釋及藥物設(shè)計(jì)等方面發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。在本研究中,我們提出了一種新的方法來(lái)預(yù)測(cè)細(xì)菌蛋白的亞細(xì)胞分布特性。該類方法整合基于位置信息的分?jǐn)?shù)矩陣的特征信息及基因功能注釋信息,進(jìn)而進(jìn)行分布特性預(yù)測(cè)。隨后采用一種基于線性核函數(shù)的支持向量機(jī)后向特征選擇方法對(duì)整合后的特征向量進(jìn)行排序并篩選出最優(yōu)特征向量。最后,基于上述特征選擇方法挑選出來(lái)的最優(yōu)特征向量,我們使用了支持向量機(jī)方法對(duì)蛋白質(zhì)亞細(xì)胞分布特性進(jìn)行預(yù)測(cè)。為了檢驗(yàn)所提方法的穩(wěn)健性及泛化能力,我們進(jìn)一步使用了與訓(xùn)練集具有低相似性的三個(gè)數(shù)據(jù)集(M638,Gneg1456,Gpos523)進(jìn)行重疊交叉驗(yàn)證。對(duì)于這三類數(shù)據(jù)集的準(zhǔn)確率分別達(dá)到94.98%,93.21%和94.57%。這比之前方法在準(zhǔn)確性方面提高了1.8%-10.9%。綜合比較的結(jié)果表明,本文所提的方法在預(yù)測(cè)細(xì)菌蛋白的亞細(xì)胞分布特性方面表現(xiàn)出了很大的優(yōu)勢(shì),可以作為一種有效的工具進(jìn)行相應(yīng)的預(yù)測(cè)研究。
【學(xué)位單位】：上海師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位年份】：2016
【中圖分類】：R3416
【部分圖文】：

對(duì)上述問(wèn)題的處理即為支持向量機(jī)中的線性分類情況，支持向量機(jī)分類的最16

科夫鏈的幾個(gè)例子：（圖 2-1）被關(guān)在一個(gè)籠子里，該籠子被分割為兩個(gè)空間（1 號(hào)、22 號(hào)房放置新鮮的和腐爛的奶酪。某個(gè)科研人員專門(mén)負(fù)責(zé)小鼠所在的位置。在時(shí)刻 n 小鼠位于 1 號(hào)房間，則在時(shí)刻于 1 號(hào)房間或者位于 2 號(hào)房間�；诖罅康膶�(shí)驗(yàn)觀察，研 1 號(hào)房間進(jìn)入 2 號(hào)房間的概率為 α = 0.05（無(wú)論小鼠的起似地，小鼠由 2 號(hào)房間進(jìn)入 1 號(hào)房間的概率為 β =0.9下的方式記錄小鼠的此種運(yùn)動(dòng)規(guī)律：

圖 2-4知（H 健康；S 生病；D 死亡），該人患病概率（假設(shè)該人最初狀態(tài)為健康）；上為條件概率），這是因?yàn)槌闪㈥P(guān)系式, , ,1H H H S H Dp = p p
【相似文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2881525