出芽短梗霉轉(zhuǎn)錄組分析及產(chǎn)普魯蘭糖相關(guān)基因的分析
發(fā)布時(shí)間:2020-10-23 17:21
出芽短梗霉是一類具有典型細(xì)胞多形性腐生真菌,它們的生長(zhǎng)周期中包括酵母狀細(xì)胞、芽孢子、膨大細(xì)胞、菌絲狀細(xì)胞和厚垣孢子等多種形態(tài)。在不同的生長(zhǎng)形態(tài)下,出芽短梗霉可以合成代謝出不同的代謝產(chǎn)物。普魯蘭糖是出芽短梗霉合成的細(xì)胞外線性多糖。普魯蘭糖具有極佳的成膜性、成纖維性、阻氧性、可塑性、粘結(jié)性及易自然降解等獨(dú)特的理化和生物學(xué)特性,無毒無害,對(duì)人體無任何副作用,因此它在生物醫(yī)藥,食品等方面具有廣泛的應(yīng)用。普魯蘭糖的生物合成過程至今還沒有完全清楚。為研究不同形態(tài)下出芽短梗霉的特性,以及普魯蘭糖的生物合成機(jī)理。本試驗(yàn)通過密度梯度離心,分離出不同形態(tài)的出芽短梗霉細(xì)胞。并且對(duì)不同培養(yǎng)條件下產(chǎn)糖有顯著差異的出芽短梗霉細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組從頭組裝測(cè)序,分析差異表達(dá)基因,發(fā)掘普魯蘭糖的合成相關(guān)基因。本試驗(yàn)得到了下列結(jié)論。(1)在60%的percoll細(xì)胞分離液中,成功分離出芽短梗霉的酵母狀細(xì)胞和膨大細(xì)胞。電子顯微鏡觀察發(fā)現(xiàn)膨大細(xì)胞內(nèi)有明顯的糖分積累。(2)通過Illumina Hi Seq 2000轉(zhuǎn)錄組從頭測(cè)序,我們得到了25,134,395對(duì)雙末端測(cè)序讀數(shù)。其中,有23843614對(duì)過濾后的讀數(shù),它們的GC含量為53.29%。我們通過序列組裝得到了13,705個(gè)unigenes,總共長(zhǎng)度為19,965,178bp。這些unigenes的長(zhǎng)度范圍從201到15116 bp,平均長(zhǎng)度為1457 bp,N50為2221 bp。其中54.38%的unigenes長(zhǎng)度大于500 bp。(3)通過對(duì)YPD(產(chǎn)糖)和YND(不產(chǎn)糖)兩種不同培養(yǎng)條件下的出芽短梗霉進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,發(fā)現(xiàn)有5649個(gè)基因具有顯著差異表達(dá),其中有2618個(gè)基因在YPD中高表達(dá),有3031個(gè)基因在YND中高表達(dá)。對(duì)這些差異基因進(jìn)行KEGG注釋,發(fā)現(xiàn)它們被注釋到了137個(gè)代謝通路中,其中關(guān)于普魯蘭糖合成的候選基因有15個(gè)。在沒有基因組信息的情況下,轉(zhuǎn)錄組從頭測(cè)序?yàn)槲覀兲峁┝艘粋(gè)相對(duì)合理的基因信息來了解出芽短梗霉的整個(gè)基因組序列。它為我們發(fā)現(xiàn)新的基因,分子標(biāo)記和組織特異性表達(dá)的基因提供了很好的平臺(tái)。為我們今后的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)提供了更多有意義的參考。
【學(xué)位單位】:沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位年份】:2018
【中圖分類】:Q933
【部分圖文】:
1988)。胞形態(tài)轉(zhuǎn)變過程復(fù)雜,影響條件眾多。對(duì)出芽短梗霉細(xì)胞分化的研現(xiàn)象觀察。我們很難通過分子手段來研究出芽短梗霉細(xì)胞的分化特機(jī)制,我們的認(rèn)識(shí)還有很大的局限性。出芽短梗霉培養(yǎng)快速,各個(gè)是研究細(xì)胞分化機(jī)理潛在的生物學(xué)模型,具有重要研究?jī)r(jià)值。糖研究概述糖是由酵母狀真菌合成的重要的微生物胞外多糖。它是一種水溶性基馬來酰亞胺和二甲基亞砜,普魯蘭糖不溶于有機(jī)溶劑(Leathers,要由麥芽三糖單元通過 α(1-6)糖苷鍵連接而成。麥芽三糖之間生1-4)糖苷鍵連接而成(圖 1-2)。普魯蘭糖具有優(yōu)異的理化性質(zhì),種工業(yè),包括食品,農(nóng)業(yè),紡織品,化妝品和藥品。受發(fā)酵條件的子量一般在 4×104到 6×105Da 之間(Lee and Yoo,1993)。平均分普魯蘭糖的的生物活性至關(guān)重要,這包括化學(xué)釋放能力和免疫調(diào)節(jié)活。
沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文物合成或者參與合成普魯蘭糖的前體物質(zhì)。只是,我們還由研究表明,在含有麥芽糖培養(yǎng)條件下通過糖基的轉(zhuǎn)移反和異麥芽糖(Hayashi et al,1994)。88)指出出芽短梗霉并不是直接轉(zhuǎn)移葡糖糖基團(tuán)到普魯蘭糖累普魯蘭糖合成的前體物質(zhì),然后當(dāng)細(xì)胞需要合成普魯蘭魯蘭糖。后來有研究發(fā)現(xiàn),普魯蘭糖的生物合成與細(xì)胞內(nèi)imon et al,1998)。這一結(jié)果證實(shí)了 LeDuy 的猜想。an 研究發(fā)現(xiàn),當(dāng)普魯蘭糖被合成時(shí)出芽短梗霉細(xì)胞中的 U因?yàn)?UDPG 的大量消耗。同時(shí)細(xì)胞中的 α-磷酸變位酶,酶的活性都很高。根據(jù)自身的研究結(jié)果,以及結(jié)合前人的的可能合成路徑。首先,UDPG 介導(dǎo)的葡萄糖殘基附著在。然后 UDPG 繼續(xù)轉(zhuǎn)移葡萄糖殘基到磷脂分子上形成脂質(zhì),異麥芽糖與脂質(zhì)相連的葡萄糖基反應(yīng)形成潘糖殘基。最接到普魯蘭糖鏈上。推測(cè)的普魯蘭糖合成路徑可見圖 1-3
圖 2-1 不同濃度下兩種形態(tài)出芽短梗霉細(xì)胞分離效果g.2-1 Different concentrations of the two forms of aureobasidous cell isolation e芽短梗霉細(xì)胞的電鏡研究材料樣品來自 YPD 培養(yǎng)基培養(yǎng)三天經(jīng)過密度梯度離心分離得到的酵母步驟取材:收集的不同形態(tài)的細(xì)胞于 1.5ml 的 ep 管中。固定:磷酸緩沖液配置的 2.5%戊二醛固定 2 小時(shí)或更長(zhǎng)時(shí)間。 0.1M 磷酸漂洗液漂洗三次每次 15min。 1%的鋨酸進(jìn)行固定 2-3 個(gè)小時(shí)。
【參考文獻(xiàn)】
本文編號(hào):2853320
【學(xué)位單位】:沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位年份】:2018
【中圖分類】:Q933
【部分圖文】:
1988)。胞形態(tài)轉(zhuǎn)變過程復(fù)雜,影響條件眾多。對(duì)出芽短梗霉細(xì)胞分化的研現(xiàn)象觀察。我們很難通過分子手段來研究出芽短梗霉細(xì)胞的分化特機(jī)制,我們的認(rèn)識(shí)還有很大的局限性。出芽短梗霉培養(yǎng)快速,各個(gè)是研究細(xì)胞分化機(jī)理潛在的生物學(xué)模型,具有重要研究?jī)r(jià)值。糖研究概述糖是由酵母狀真菌合成的重要的微生物胞外多糖。它是一種水溶性基馬來酰亞胺和二甲基亞砜,普魯蘭糖不溶于有機(jī)溶劑(Leathers,要由麥芽三糖單元通過 α(1-6)糖苷鍵連接而成。麥芽三糖之間生1-4)糖苷鍵連接而成(圖 1-2)。普魯蘭糖具有優(yōu)異的理化性質(zhì),種工業(yè),包括食品,農(nóng)業(yè),紡織品,化妝品和藥品。受發(fā)酵條件的子量一般在 4×104到 6×105Da 之間(Lee and Yoo,1993)。平均分普魯蘭糖的的生物活性至關(guān)重要,這包括化學(xué)釋放能力和免疫調(diào)節(jié)活。
沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文物合成或者參與合成普魯蘭糖的前體物質(zhì)。只是,我們還由研究表明,在含有麥芽糖培養(yǎng)條件下通過糖基的轉(zhuǎn)移反和異麥芽糖(Hayashi et al,1994)。88)指出出芽短梗霉并不是直接轉(zhuǎn)移葡糖糖基團(tuán)到普魯蘭糖累普魯蘭糖合成的前體物質(zhì),然后當(dāng)細(xì)胞需要合成普魯蘭魯蘭糖。后來有研究發(fā)現(xiàn),普魯蘭糖的生物合成與細(xì)胞內(nèi)imon et al,1998)。這一結(jié)果證實(shí)了 LeDuy 的猜想。an 研究發(fā)現(xiàn),當(dāng)普魯蘭糖被合成時(shí)出芽短梗霉細(xì)胞中的 U因?yàn)?UDPG 的大量消耗。同時(shí)細(xì)胞中的 α-磷酸變位酶,酶的活性都很高。根據(jù)自身的研究結(jié)果,以及結(jié)合前人的的可能合成路徑。首先,UDPG 介導(dǎo)的葡萄糖殘基附著在。然后 UDPG 繼續(xù)轉(zhuǎn)移葡萄糖殘基到磷脂分子上形成脂質(zhì),異麥芽糖與脂質(zhì)相連的葡萄糖基反應(yīng)形成潘糖殘基。最接到普魯蘭糖鏈上。推測(cè)的普魯蘭糖合成路徑可見圖 1-3
圖 2-1 不同濃度下兩種形態(tài)出芽短梗霉細(xì)胞分離效果g.2-1 Different concentrations of the two forms of aureobasidous cell isolation e芽短梗霉細(xì)胞的電鏡研究材料樣品來自 YPD 培養(yǎng)基培養(yǎng)三天經(jīng)過密度梯度離心分離得到的酵母步驟取材:收集的不同形態(tài)的細(xì)胞于 1.5ml 的 ep 管中。固定:磷酸緩沖液配置的 2.5%戊二醛固定 2 小時(shí)或更長(zhǎng)時(shí)間。 0.1M 磷酸漂洗液漂洗三次每次 15min。 1%的鋨酸進(jìn)行固定 2-3 個(gè)小時(shí)。
【參考文獻(xiàn)】
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1 何方剛;劉良;黃代新;楊慶恩;李小廷;尹慧;翟仙敦;;不同條件下Percoll密度梯度離心分離組織細(xì)胞浮游生物的比較[J];中國(guó)法醫(yī)學(xué)雜志;2007年03期
2 溫星橋;李小娟;張勇;周祥福;蔡育彬;高新;;應(yīng)用Percoll非連續(xù)密度梯度離心法富集人前列腺上皮細(xì)胞[J];中山大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)科學(xué)版);2006年02期
3 周文化,鐘秋平;出芽短梗霉菌的微生物發(fā)酵及在食品工業(yè)中的應(yīng)用[J];食品科學(xué);2004年S1期
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本文編號(hào):2853320
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