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中國黃!熬G潮”滸苔(Ulva prolifera)核糖體基因簇單元全長序列的克隆及應(yīng)用

發(fā)布時間:2020-08-19 10:59
【摘要】:滸苔(Ulva prolifera)屬于石莼科下的一種大型海洋綠藻,在世界各大海洋中廣泛分布。2008年,我國黃海爆發(fā)了世界上最大規(guī)模的綠潮,綠潮不僅給山東沿海和江蘇沿海的的旅游業(yè)、水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)和人們的生活帶來的巨大的影響,而且對當(dāng)?shù)氐纳鷳B(tài)環(huán)境產(chǎn)生不良影響。研究發(fā)現(xiàn):導(dǎo)致我國綠潮形成的直接原因是以滸苔為主的大型海洋綠藻大規(guī)模爆發(fā)漂浮于海面上。在綠潮發(fā)生后,盡管相關(guān)部門采取了一些緊急措施去應(yīng)對,但是取得的效果并不明顯,且來年綠潮又能卷土重來。為了更好地減少綠潮帶來的災(zāi)害,對其主要物種滸苔的生物學(xué)研究就顯得非常必要。本文利用植物基因組DNA提取試劑盒提取滸苔的基因組DNA,并以此為模板對黃海漂浮的滸苔的核糖體基因簇單元全長序列進(jìn)行PCR擴(kuò)增、測序和序列分析。結(jié)果得到滸苔核糖體基因簇單元全長序列為8948bp,其中18S r DNA 1760bp,28S r DNA 3259bp,ITS1 205bp,5.8S r DNA 160bp,ITS2 176bp,IGS 3388bp。對各部分序列堿基組成分析發(fā)現(xiàn),ITS和IGS序列對胞嘧啶具有明顯的偏好性,而18S r DNA和28S r DNA序列對鳥嘌呤具有明顯的偏好性。滸苔核糖體基因簇單元全長序列的GC含量為54.12%,其中ITS和IGS序列的GC含量比保守序列的GC含量高,這表明內(nèi)轉(zhuǎn)錄單元間隔區(qū)序列和基因間間隔區(qū)序列比保守序列變異率更高,進(jìn)化速率更快。另外,IGS序列中發(fā)現(xiàn)大量簡單的直接重復(fù)序列、串聯(lián)重復(fù)序列、短對稱序列和回文序列。利用IGS序列對9個樣品四種不同滸苔種進(jìn)行分類研究,對測序得到的IGS序列結(jié)果分析發(fā)現(xiàn):不同滸苔種的IGS序列長度存在較大的差異,扁滸苔與曲滸苔序列長度相近,滸苔與曲滸苔序列長度相近。IGS序列相似性分析及遺傳距離分析發(fā)現(xiàn)滸苔與曲滸苔具有最大的相似性和最小的遺傳距離,兩者序列的相似性為49.4%,遺傳距離為1.031~1.082;扁滸苔與曲滸苔具有最大的相似性和最小的遺傳距離,兩者序列的相似性為73.7~74.0%,遺傳距離為0.098。構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹中,雖然系統(tǒng)發(fā)育樹的拓補(bǔ)結(jié)構(gòu)與ITS構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹存在一些差異,但是四種滸苔都被聚類到不同的獨(dú)立分枝。因此可知不同種滸苔的IGS序列存在較大差異,可以用于種間的分類鑒定。因?yàn)镮GS序列可用于不同地理群相同物種親緣關(guān)系的研究,所以本文利用部分IGS序列對黃海滸苔的溯源進(jìn)行研究。比較分析后,發(fā)現(xiàn)黃海漂浮的綠潮物種的IGS序列完全相同,為同一類型的相同物種,且漂浮滸苔樣品的IGS序列與海南博鰲(BA)、山東威海文登(WD)、山東威海乳山和尚洞(RS)、江蘇紫菜養(yǎng)殖筏架(PFR)定生滸苔的序列幾乎完全相同,說明黃海綠潮滸苔來源與山東滸苔,江蘇紫菜筏架定生滸苔及海南定生滸苔密切相關(guān)。此外,在山東海陽、江蘇大豐和浙江象山發(fā)現(xiàn)了不同于黃海綠潮滸苔類型的滸苔。本研究結(jié)果為綠潮溯源的研究提供了新的證據(jù)和思路。
【學(xué)位授予單位】:蘇州大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號】:Q943.2
【圖文】:

滸苔,生活史


滸苔(Ulvaprolifera)的生活史Fig.1ThelifehistoryofUlvaprolifera

滸苔,青島沿海,串聯(lián)重復(fù),真核生物


圖 1 2008 年青島沿海漂浮著大量的滸苔Fig. 1Alarge number of Ulva prolifera floating on the coast of Qingdao in 2008在真核生物中,核核糖體序列是由大量的串聯(lián)重復(fù)單元組成,每個單元又有3 個編碼序列(18S rDNA, 5.8S rDNA 和 28S rDNA)和兩個間隔區(qū)序列(內(nèi)轉(zhuǎn)錄間

形態(tài)圖,滸苔,黃海,形態(tài)


元的序列長度及相關(guān)信息卻未見報道。本研究的目的在于通過分子克隆技術(shù),對滸苔的核糖體序列進(jìn)行擴(kuò)增并進(jìn)析。滸苔核糖全長序列的克隆,不僅能夠豐富綠藻核糖體序列庫,而且能為的分子系統(tǒng)發(fā)育及分類鑒定提供有利的工具。1、實(shí)驗(yàn)材料、儀器及試劑1.1 實(shí)驗(yàn)材料本實(shí)驗(yàn)所用的滸苔樣品采自江蘇射陽海域(33.5890°N, 120.3311°E),從海打撈上滸苔新鮮藻體,剔除雜藻等雜物,用吸水紙吸干藻體大部分水分,裝封袋中,放入裝有冰袋的樣品盒中盡快帶回實(shí)驗(yàn)室。樣品運(yùn)回實(shí)驗(yàn)室后,用的蒸餾水浸泡樣品,浸泡過程不斷用毛筆洗刷滸苔藻體表面數(shù)次,最后吸干晾干,裝入密封袋,貼上標(biāo)簽,-20 ℃保存?zhèn)溆。圖 2-1 和圖 2-2 為黃海漂浮的幾種典型形態(tài)特征。

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 吳玲娟;曹叢華;高松;徐江玲;白濤;曹雅靜;;我國綠潮發(fā)生發(fā)展機(jī)理研究進(jìn)展[J];海洋科學(xué);2013年12期

2 劉海燕;劉正一;王寅初;趙玉山;秦松;;Molecular diversity of Enteromorpha from the coast of Yantai:a dual-marker assessment[J];Chinese Journal of Oceanology and Limnology;2013年06期

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4 林中Y

本文編號:2797011


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