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乳腺癌中SRA1基因表達(dá)調(diào)控的生物信息學(xué)分析

發(fā)布時(shí)間:2020-08-15 21:18
【摘要】:分析類固醇受體RNA激活物(steroid receptor RNA activator,SRA1)以長(zhǎng)鏈非編碼RNA形式(lncRNA SRA1)和蛋白質(zhì)形式(SRA1蛋白)在乳腺癌中的分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。運(yùn)用RegRNA、Targetscan、MicroCosm Targets、PicTar軟件和HMDD、DAVID在線數(shù)據(jù)庫,預(yù)測(cè)lncRNA SRA1與microRNA及下游靶基因間的多種調(diào)控途徑,對(duì)靶基因進(jìn)行功能富集分析,繪制lncRNA SRA1的核心調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖。同時(shí)運(yùn)用TCGA數(shù)據(jù)庫、string軟件預(yù)測(cè)分析與SRA1蛋白相互作用的蛋白質(zhì)。發(fā)現(xiàn)lncRNA SRA1上存在hsa-let-7b、hsa-let-7c、hsa-let-7g、hsa-let-7i、has-miR-92、has-miR-103、has-miR-194、has-miR-874、has-miR-141、has-miR-146a、has-miR-661這11個(gè)與乳腺癌相關(guān)microRNA的可能結(jié)合位點(diǎn),從而調(diào)節(jié)下游230個(gè)靶基因,構(gòu)建了lncRNA SRA1-miRNAs-mRNAs調(diào)控網(wǎng)絡(luò),提示lncRNA SRA1可能參與基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控、生物合成、MAPK、癌癥相關(guān)通路、緊密連接等信號(hào)通路。并且發(fā)現(xiàn)SRA1蛋白和DDX17、ESR1、NCOA2、NCOA1、NRIP1等多種蛋白存在相互作用。對(duì)SRA1基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的生物信息學(xué)分析有助于理解其在乳腺癌發(fā)生發(fā)展過程中的分子機(jī)制。

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本文編號(hào):2794661


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