【摘要】：利用機器學(xué)習(xí)的方法對基因表達數(shù)據(jù)進行分類,可以有效的對癌癥等疾病進行早期識別診斷,對人類健康水平的提高有十分重要的意義。決策樹算法及相關(guān)的集成算法由于容易理解,結(jié)構(gòu)簡單等特性而被廣泛的應(yīng)用。但由于基因表達數(shù)據(jù)分布不平衡的特點,傳統(tǒng)的分類算法在基因表達數(shù)據(jù)分類方面的表現(xiàn)還有待提高。代價敏感算法可以有效地彌補傳統(tǒng)分類器只注重分類精度的片面性。同時,代價敏感算法本身由于缺乏適當(dāng)?shù)脑u價標(biāo)準(zhǔn)與合理的參數(shù)確定方法,同樣需要進一步優(yōu)化提高。針對上述問題,本文進行了以下研究:(1)基于旋轉(zhuǎn)森林算法在處理基因表達數(shù)據(jù)分類時的優(yōu)勢,提出了一種針對基因表達數(shù)據(jù)分類的代價敏感旋轉(zhuǎn)森林算法。通過將誤分類代價、測試代價和拒識代價嵌入旋轉(zhuǎn)森林算法中,構(gòu)造代價敏感旋轉(zhuǎn)森林算法。實驗結(jié)果表明,代價敏感旋轉(zhuǎn)森林算法可以在保證分類精度的基礎(chǔ)上有效地降低分類代價。(2)結(jié)合幾種常用的評價指標(biāo),提出一種針對代價敏感算法的分類精度計算方法,以平衡精度替換總體精度來有效的評定代價敏感算法的分類性能。相比于傳統(tǒng)的總體精度,平衡精度不會忽略小類樣本的貢獻。通過代價敏感超限學(xué)習(xí)機對基因表達數(shù)據(jù)進行分類對比實驗,結(jié)果表明平衡精度可以更為客觀、合理的表示代價敏感算法的分類性能。(3)以改進的平衡精度作為評價標(biāo)準(zhǔn),通過自適應(yīng)算法得到不同權(quán)值下的分類精度,最終擬合得到可以使分類精度達到最優(yōu)的代價權(quán)值確定函數(shù)。并在基因表達數(shù)據(jù)集上進行驗證,證明通過該函數(shù)獲得的代價權(quán)值對不同類型的數(shù)據(jù)集具有普遍適應(yīng)性。通過以上研究,解決了代價敏感算法在面對基因表達數(shù)據(jù)分類時產(chǎn)生的代價參數(shù)確定問題,根據(jù)分類樣本的特性對代價權(quán)值進行調(diào)整,可以有效地提高代價敏感算法的分類性能。
【學(xué)位授予單位】：中國計量大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：TP181;R730.4
【圖文】：

e)樣例 錯誤正例 FP 正確負(fù)例 T標(biāo)如公式(2-12)所示： 22precisionrecall1 recall precision-measure ,recall precisionTPTP FPTPTP FNF F 準(zhǔn)確率召回率值 準(zhǔn)確率和召回率是結(jié)合使用的，我們在實際分類中很難實現(xiàn)，因此根據(jù)不確率或召回率。F 值綜合了準(zhǔn)確率和評估指標(biāo)的基礎(chǔ)上，利用 ROC 曲線C 曲線是一種用圖形化方式表現(xiàn)分類模的真正率和假正率，如圖 2.1 所示。

Lung上的分類代價

17圖 3. 2 Ovarian 上的分類代價表 3. 3 lung 和 ovarian 數(shù)據(jù)集上的總體分類精度數(shù)據(jù)集 樣本數(shù) 30 60 90 120 150 180 210 240 270 3lungRoF 0.591 0.625 0.698 0.655 0.821 0.83 0.848 0.856 0.878 0C-RoF 0.498 0.538 0.573 0.608 0.693 0.782 0.72 0.755 0.738 ovarianRoF 0.641 0.654 0.657 0.738 0.763 0.825 0.801 0.792 0.849 0C-RoF 0.639 0.64 0.642 0.662 0.725 0.781 0.779 0.769 0.838 0

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7 顧明亮;為基因表達數(shù)據(jù)的發(fā)表制訂標(biāo)準(zhǔn)[J];基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與臨床;2002年04期

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5 武曉巖;方慶偉;;基因表達數(shù)據(jù)分析的隨機森林方法及算法改進[A];黑龍江省第十次統(tǒng)計科學(xué)討論會論文集[C];2008年

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8 王章輝;趙宇海;王國仁;李源;;一種基于投影聚類的無監(jiān)督表型區(qū)分算法[A];NDBC2010第27屆中國數(shù)據(jù)庫學(xué)術(shù)會議論文集(B輯)[C];2010年

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本文編號：2792627