【摘要】：本試驗以甘肅高山細毛羊、藏綿羊、灘羊、塔什庫爾干羊、哈薩克羊和湖羊共6個綿羊群體為研究對象,克隆測定藏綿羊PHD2基因CDS序列并對其進行生物信息學分析;采用實時熒光定量PCR技術(shù)檢測PHD2基因mRNA在綿羊十二指腸等13個組織中的相對表達量。運用PCR-SSCP技術(shù)分析6個綿羊群體中PHD2基因的遺傳多態(tài)性,以探討藏綿羊PHD2基因遺傳特異性,豐富藏綿羊高原低氧適應候選基因的研究基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。主要研究結(jié)果及結(jié)論如下:(1)本試驗經(jīng)克隆測序獲得藏綿羊PHD2基因CDS序列,序列長2609bp,編碼358個氨基酸殘基;與Ensemble數(shù)據(jù)庫中綿羊序列比對發(fā)現(xiàn)2個SNPs,均為同義突變。蛋白分子式為C1691H2674N496O514S12,分子量為38561.5,理論等電點(PI)為8.64。該蛋白由線粒體合成,為親水性蛋白和穩(wěn)定蛋白。預測分析發(fā)現(xiàn)藏綿羊PHD2蛋白無信號肽剪切位點和跨膜螺旋結(jié)構(gòu),存在兩個低復雜度區(qū)域和三個結(jié)構(gòu)域。該蛋白翻譯后修飾的主要方式是磷酸化,在細胞內(nèi)主要行翻譯、氨基酸生物合成、中央中介代謝、調(diào)節(jié)功能、復制和轉(zhuǎn)錄和脂肪酸代謝作用,且以連接酶的形式在細胞內(nèi)發(fā)揮底物合成等酶生物學作用。蛋白二級結(jié)以無規(guī)卷曲為主,三級結(jié)構(gòu)主要由β折疊和無規(guī)卷曲纏繞折疊形成。(2)PHD2基因在綿羊各組織部位中均有表達,但其表達存在組織差異性。其中在十二指腸中表達量最高,大腦和脾臟中該基因中度表達,在其他組織中中度或微量表達。(3)綿羊PHD2基因多態(tài)性豐富、遺傳變異程度高。在內(nèi)含子6-外顯子7區(qū)發(fā)現(xiàn)5處核苷酸突變。6個綿羊群體PHD2基因檢測到AD、AB、BC、BD共4種基因型,由A、B、C、D四個等位基因調(diào)控。序列比對可知,等位基因A序列與GenBank中公布的綿羊PHD2基因原序列無差異;等位基因B序列相較于原序列,在105處插入堿基A;等位基因C序列較原序列,在105處插入堿基A,存在c.278 TC顛換,等位基因D序列較原序列,存在c.188TC顛換、c.286AG顛換和c.290CA顛換;因為擴增序列為內(nèi)含子序列,因此不造成氨基酸的改變。
【學位授予單位】：甘肅農(nóng)業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S826

【參考文獻】

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本文編號：2766820