【摘要】：近年來,高通量測序技術的快速發(fā)展在表觀遺傳方面產生了海量的數(shù)據(jù),這些大數(shù)據(jù)隱含了很多表觀修飾的生物學功能,如何去揭示表觀修飾的生物學功能迫切地需要我們這些生物信息工作者的參與。此外,組蛋白修飾作為最重要的表觀修飾之一,它不僅與基因表達有一定的關系,而且對于癌癥的發(fā)生也有關鍵的調節(jié)作用。因此,了解組蛋白修飾對癌癥發(fā)生的調控機制和對癌癥的治療都有一定的幫助。本論文選用了人類血液組織中正常細胞系GM12878和血液組織中癌變細胞系K562作為研究對象;在GM12878細胞系和K562細胞系里分別計算了癌基因的表達值與11種組蛋白修飾之間的Spearman相關性大小;在K562中對多種組蛋白修飾進行聚類分析,構造了血癌中癌基因的組蛋白修飾簇;建立了K562中癌基因的11種組蛋白修飾的偏相關網(wǎng)絡圖;在DAVID數(shù)據(jù)庫中對血癌中的癌基因作了GO功能和KEGG通路分析。文中詳細的研究內容如下:1.研究了啟動子區(qū)域11種組蛋白修飾在癌基因上的分布情況。結果表明,不同組蛋白修飾在基因啟動子區(qū)域里偏好的位置也是不同的,有些組蛋白修飾會出現(xiàn)在轉錄起始位點(TSS)附近的兩端,有些組蛋白修飾會出現(xiàn)在轉錄起始位點下游的位置,還有一部分在啟動子區(qū)域很少出現(xiàn)。2.計算了組蛋白修飾與基因表達之間的Spearman相關性,找出了調控血癌發(fā)生的4種重要組蛋白修飾分別是H3K9ac、H3K27ac、H3K79me2和H3K36me3。從多元線性回歸的理論中也得到了這4種組蛋白修飾在血癌中調控的重要性。3.重新篩選癌基因,在K562中構造了與癌基因有關的組蛋白修飾偏相關網(wǎng)絡圖。對多種組蛋白修飾作了聚類分析,發(fā)現(xiàn)了原癌基因中有兩個關聯(lián)性很強的組蛋白修飾簇(H3K4me3、H3K4me2、H3K79me2、H3K9ac、H3K27ac)和(H3K4me1、H3K36me3),而在抑癌基因中有1個關聯(lián)性很強的組蛋白修飾簇(H3K4me2、H3K4me3、H2az、H3K9ac、H3K27ac、H3K79me2、H3K4me1)。4.在DAVID數(shù)據(jù)庫中對癌基因作了GO功能和KEGG通路分析,再與超級增強子調控的細胞身份基因取交集,得到了調控血癌發(fā)生的4個關鍵原癌基因FOXL2、GATA1、LYL1和TRIM24;調控血癌發(fā)生的1個關鍵抑癌基因PTEN。
【學位授予單位】：內蒙古大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2018
【分類號】：Q78;R730.2
【圖文】：

內蒙古大學碩士畢業(yè)論文強子是基因序列上的一段重要的調控作用元件，而超級增強子是由多個因序列。目前的研究表明，超級增強子不僅比增強子跨越更長的基更強的促進能力，對基因表達有更強的調控作用[48]。此外Whyte等控的基因具有細胞特異性[48,49]。與正常細胞相比，超級增強子在腫癌基因[50]。而且超級增強子受到人們越來越多的關注，目前超級增表性的數(shù)據(jù)庫，dbSUPER（http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/dbsuper/）g），其中dbSUPER數(shù)據(jù)庫是由清華大學張學工教授團隊建立的，該集了Young團隊預測出來的數(shù)據(jù)。SEA數(shù)據(jù)庫是由哈爾濱醫(yī)科大學張據(jù)庫的數(shù)據(jù)收集了GEO等大型公共數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)。

第三章 組蛋白修飾在血癌中的特征3.1 基因表達值比較我們利用公式（2-2）分別計算了 oncogene 和 TSG 在 GM12878 中和在 K562 細胞系KM 值。我們把 K562 細胞系中 oncogene 和 TSG 按照 RPKM 值的高低排序，把 oncRPKM 值是前 50%的基因作為研究的原癌基因，把 RPKM 值為后 50%的 TSG 作為研基因并把它們的表達值作了箱線圖（圖 3.1）。我們能夠發(fā)現(xiàn)大多數(shù) oncogene 在 K5 GM12878 細胞系中的表達量高，大多數(shù) TSG 在 GM12878 中比在 K562 細胞系中的。這也是前人在癌癥的研究中發(fā)現(xiàn)的有關癌基因表達的普遍規(guī)律。

【參考文獻】

相關期刊論文 前1條

1 孫芳;潘云;李艷;;組蛋白修飾在常見血液系統(tǒng)腫瘤中作用的研究進展[J];中國實驗血液學雜志;2015年04期

本文編號：2735792