發(fā)布時(shí)間：2020-05-17 01:15

【摘要】：背景:恒河猴(Macacamulatta)為靈長目,猴科,獼猴屬,主要分布在我國的西南、華南和華北地區(qū)以及國外的印度、孟加拉、尼泊爾和越南等地,是重要的實(shí)驗(yàn)用非人靈長類動(dòng)物。遺傳背景清晰的實(shí)驗(yàn)用恒河猴是動(dòng)物模型構(gòu)建的基礎(chǔ)。因此對恒河猴的遺傳背景進(jìn)行研究具有十分重要的意義。STR(Short Tandem Repeat)即短串聯(lián)重復(fù)序列,是一種共顯性分子遺傳標(biāo)記,具有高度的多態(tài)性,其主要用于群體遺傳背景的研究。目的:獲得中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)生物學(xué)研究所靈長類實(shí)驗(yàn)動(dòng)物中心恒河猴的STR分布特征,為科學(xué)研究提供遺傳背景清晰的恒河猴遺群。方法:采用熒光標(biāo)記PCR以及毛細(xì)管電泳相結(jié)合的方法對58只恒河猴的24個(gè)STR位點(diǎn)進(jìn)行檢測。使用GeneMapper、CERVUS、Popgene等軟件對數(shù)據(jù)進(jìn)行處理分析。結(jié)果:選取的恒河猴中每個(gè)STR位點(diǎn)的等位基因數(shù)從4到20不等。群體1(population 1,popl)和群體 2(population 2,pop2)平均期望雜合度分別為 0.7373和0.7555;平均觀察雜合度分別為0.7125和0.7566;平均香農(nóng)信息指數(shù)分別為1.5548和1.7029。24個(gè)STR位點(diǎn)的哈迪-溫伯格平衡檢測結(jié)果顯示popl和pop2中各有11個(gè)位點(diǎn)偏離哈迪-溫伯格平衡,其中有7個(gè)位點(diǎn)是相同的,分別為D6S276、D6S291、D6S1691、D6S2741、D11S2002、DRA-CA、D6S2876;4 個(gè)位點(diǎn)是不同的,popl 中為 MICA、D6S501、D5S1457 和 D4S2365,pop2 中為D10S611、D15S823、D19S255 和 DXS2506。UPGMA 聚類分析結(jié)果顯示,中國來源的恒河猴聚在一支,與印度來源的恒河猴分離。Nei's遺傳分化系數(shù)計(jì)算結(jié)果顯示,總遺傳多樣性(HT)分別為0.735,種群內(nèi)平均遺傳多樣性(Hs)為0.747。結(jié)論:24個(gè)STR位點(diǎn)在選取的恒河猴中等位基因分布不同,未出現(xiàn)規(guī)律分布的情況,多態(tài)性都較高。兩個(gè)群體的各項(xiàng)遺傳多樣性指數(shù)均處于較高水平。popl和pop2中各有11個(gè)STR位點(diǎn)偏離哈迪-溫伯格平衡,我們推測造成這種現(xiàn)象的直接原因?yàn)楸狙芯窟x取的恒河猴數(shù)目過少。Nei's遺傳多樣性參數(shù)結(jié)果顯示群體多樣性主要來自于群體內(nèi)部。UPGMA構(gòu)樹結(jié)果顯示,中國來源恒河猴與印度來源恒河猴分在不同的分支,遺傳距離較遠(yuǎn),說明中國來源恒河猴與印度來源恒河猴在遺傳背景上存在差異。背景:CCR5 是親巨噬細(xì)胞性(M-tropic)HIV-1(Human Immunodeficiency Virus)與猴免疫缺陷病毒侵染靶細(xì)胞的主要輔助受體。研究表明恒河猴是一種研究人免疫缺陷病毒的良好動(dòng)物模型。因此研究恒河猴群中CCR5基因的突變情況以及恒河猴CCR5基因與人的差異,可能為揭示HIV和SIV的致病機(jī)理,了解艾滋病的發(fā)生發(fā)展,進(jìn)行艾滋病的遺傳治療等方面提供有用的信息。目的:研究恒河猴的CCR5(C-C chemokine receptor type 5)基因變異情況并比較恒河猴與人的CCR5基因(X91492.1)在核酸序列以及氨基酸序列上的異同,探討這些差異位點(diǎn)對其功能的潛在影響。方法:隨機(jī)選取82只恒河猴(Macacamulatta),對其CCR5全基因序列進(jìn)行PCR擴(kuò)增并測序。使用DNASTAR、MEGA等軟件對序列進(jìn)行翻譯比對。結(jié)果:通過與Genbank數(shù)據(jù)庫中恒河猴DNA參考序列進(jìn)行比對發(fā)現(xiàn),82只恒河猴群的CCR5全基因序列中共存在8個(gè)突變位點(diǎn),均為同義突變,其中3個(gè)位點(diǎn)與人CCR5基因突變情況相同。與人的DNA參考序列比對發(fā)現(xiàn),兩者的基因序列和氨基酸序列存在很高的相似性,共有33個(gè)位置上存在堿基差異,其中有8個(gè)位置的編碼氨基酸不同。與人類及部分非人靈長類動(dòng)物的CCR5基因編碼序列和氨基酸序列進(jìn)行比對發(fā)現(xiàn),DNA序列共有44個(gè)位點(diǎn)存在差異,氨基酸序列共有14個(gè)位點(diǎn)存在差異,非人靈長類動(dòng)物CCR5基因均未發(fā)現(xiàn)A32缺失結(jié)論:恒河猴群CCR5基因突變可作為較好的模型研究CCR5基因變異在SIVs感染中的作用與機(jī)制。
【圖文】：

納入研究的５８只恒河猴來源于中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)生物學(xué)研究所（實(shí)驗(yàn)動(dòng)逡逑物生產(chǎn)許可證ＳＣＸＫ邋（滇）２００５－０００４）。利用恒河猴的ｍｔＤＮＡ序列將選取的恒逡逑河猴分為兩群：ｐｏｐｌ和ｐ0ｐ２，，結(jié)果見圖１。（此部分由靈長類實(shí)驗(yàn)動(dòng)物中心禹文逡逑海老師完成）逡逑ａ邐５邋３邋｜邋＾邋＞逡逑＾邐＾邋Ｓ邋｜邋｜邋＾邋ｓ逡逑圖１選取恒河猴ＮＪ法分群圖逡逑７逡逑

３．１檢測結(jié)果逡逑３．１．１電櫝測結(jié)果逡逑對完成ＰＣＲ的樣品進(jìn)行電泳檢測，部分結(jié)果見圖２。如圖所示，片段條帶明逡逑亮清晰，無雜帶，引物特異性較好。Ｍａｒｋｅｒ?yàn)椋矗猓穑模危铃澹蹋幔洌洌澹�，條帶大小約為逡逑２２０ｂｐｃ逡逑圖２部分樣本電泳檢測圖逡逑３．１．２分型結(jié)果逡逑ＡＢＩ公司ｒｕｎ邋３７３０邋ｄａｔａ邋ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ邋ｖ２．０自動(dòng)將原始電泳信號轉(zhuǎn)變?yōu)榉鍒D文件，逡逑采用ＡＢＩ公司的ＧｅｎｅＭａｐｐｅｒ邋Ｓｏｆｔｗａｒｅｖ３．５對峰圖文件進(jìn)行分析，獲取每一個(gè)樣逡逑本在各個(gè)８�。保蔽稽c(diǎn)的基因型，片段大小在７９？３７６＆？化３５６口出＾）之間。峰圖文逡逑件顯示：ＰＣＲ產(chǎn)物峰高在一定范圍內(nèi)，峰型清晰，說明ＰＣＲ擴(kuò)增效率及特異性逡逑均較好，見圖３。將峰圖文件轉(zhuǎn)化為基因型數(shù)據(jù)，見表３。逡逑｜邐邐邐邋．．邐＇邋＾ｔ＊＊＊＊．邋邋ｉ邋ｇ0邐ｊ逡逑ｉｘ邐ｉＭ邐＞ｎ＞邐ｉ＊ｃ邐ｉｉｄ邐ｎｏ邐－ｒｗ邐＂ｗ邐＾｜0邐ｒｔｔｒ邐ＩＳ＊逡逑■ｕｏｏ邐？？？逡逑二邋Ａ邐Ｂ逡逑＝邐ｗ逡逑”，邐ｉ逡逑0；邐邐邐邐邐邐邐—Ａ－邐邐邋．．．邋．邋Ｏｉ邋邋邐邋．邋ＩＩ邋Ｉ邐Ｍｉｎ邋邋邋■■邋■邋？邋Ｉ逡逑Ｔ邋＾邐ＯＶｆｔ邐１１０￥邐１ＪＴ＊邐１４Ｊ邋Ｓ邐）＊１邋Ｓ逡逑二邋ｃ逡逑
【學(xué)位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：Q953

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：2667672