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南瓜性別分化轉(zhuǎn)錄組及差異表達(dá)基因分析

發(fā)布時(shí)間:2020-04-30 09:36
【摘要】:南瓜是葫蘆科南瓜屬(Cucubita ssp.)一年生草本植物,是典型的雌雄異花同株植物,雜種優(yōu)勢明顯,雜交種生產(chǎn)過程中,需要人工去雄,費(fèi)時(shí)費(fèi)力。解析南瓜性別決定機(jī)制,為雌性系的培育提供理論依據(jù)具有重要意義。本研究以印度南瓜強(qiáng)雌自交系‘2013-12’和強(qiáng)雄自交系‘9-6’為試材,取兩份材料第一片真葉與第十片真葉長出1 cm時(shí)的莖尖進(jìn)行Illumina HiSeq轉(zhuǎn)錄組測序,對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)與質(zhì)量分析,篩選出與性別分化相關(guān)的重要基因,并對差異表達(dá)基因進(jìn)行初步功能分析。研究內(nèi)容如下:1、對印度南瓜強(qiáng)雌自交系‘2013-12’和強(qiáng)雄自交系‘9-6’的莖尖進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序得到63.56 Gb的Clean reads,序列組裝拼接獲得條131960條unigene,平均長度為688 bp。四個(gè)發(fā)育時(shí)期,相互比較共有496個(gè)基因上調(diào),375個(gè)基因下調(diào)。通過對差異表達(dá)基因進(jìn)行GO功能聚類分析發(fā)現(xiàn)參與南瓜性別表達(dá)分別與乙烯、生長素、赤霉素、脫落酸及油菜素內(nèi)酯等多種激素合成、信號傳導(dǎo)等代謝途徑相關(guān)。經(jīng)過KEGG注釋得到7205條Unigene,所有的基因可以歸為176個(gè)信號途徑,主要包括蛋白質(zhì)合成和代謝以及信號傳導(dǎo)等,其中參與植物激素信號傳導(dǎo)的基因最多。差異表達(dá)基因中篩選出38個(gè)參與植物激素合成、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑相關(guān)的關(guān)鍵基因,其中10個(gè)參與乙烯合成與信號傳導(dǎo)相關(guān)基因、5個(gè)參與脫落酸合成和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑的蛋白激酶基因、2個(gè)與細(xì)胞分裂素相關(guān)基因、12個(gè)編碼生長素響應(yīng)蛋白AUX/IAA基因和2個(gè)赤霉素合成途徑基因在雄花階段上調(diào)表達(dá),7個(gè)與乙烯、脫落酸、生長素和細(xì)胞分裂素相關(guān)的基因在雌花階段上調(diào)表達(dá)。從中選取17個(gè)關(guān)鍵基因進(jìn)行qRT-PCR表達(dá)量驗(yàn)證,基因表達(dá)變化與轉(zhuǎn)錄組的變化趨勢一致。2、檢測5個(gè)ACC氧化酶基因CmACO1,CmACO2,CmACO3,CmACO4,CmACO5在強(qiáng)雌自交系‘2013-12’開花期不同器官中的表達(dá)模式,這5個(gè)基因在根、莖、葉、雌花和雄花中均有表達(dá),其中CmACO1基因在雌花中表達(dá)量最高。進(jìn)一步檢測CmACO1基因在不同花部位、雌蕊和雄蕊不同發(fā)育時(shí)期以及不同激素處理的表達(dá)模式,發(fā)現(xiàn)隨著雌花發(fā)育CmACO1基因積累量隨之增加,推測CmACO1基因參與雌花的發(fā)育,乙烯利和生長素處理后CmACO1基因表達(dá)量相比對照顯著增加,表明CmACO1基因同時(shí)受乙烯和生長素調(diào)控。對CmACO1進(jìn)行克隆得到cDNA序列全長為936 bp,并對CmACO1基因編碼蛋白進(jìn)行了生物信息學(xué)分析。3、檢測3個(gè)AP2基因CmAP2-1,CmAP2-2,CmAP2-3在強(qiáng)雌自交系‘2013-12’開花期不同器官中的表達(dá)模式,這3個(gè)基因在根、莖、葉、雌花和雄花中都有表達(dá),其中CmAP2-2基因在雌花中表達(dá)量最高。檢測CmAP2-2基因在不同花部位、雌蕊和雄蕊不同發(fā)育時(shí)期的表達(dá)以及不同激素處理的表達(dá)模式,發(fā)現(xiàn)隨著子房發(fā)育CmAP2-2基因積累量隨之增加,且乙烯利處理后CmAP2-2基因大量表達(dá),表明CmAP2-2基因參與子房的發(fā)育并參與乙烯信號途徑。進(jìn)一步檢測CmAP2-2基因在授粉后1、3、5、7天胚珠中的表達(dá)模式,表明CmAP2-2基因隨著胚的發(fā)育表達(dá)量逐漸增加;利用外源激素ACC、IAA對胚進(jìn)行處理,表明CmAP2-2基因不僅參與了乙烯信號通路還可能參與生長素信號通路的應(yīng)答。克隆得到的印度南瓜CmAP2-2基因cDNA序列全長為1682 bp,并對CmAP2-2基因編碼蛋白進(jìn)行了生物信息學(xué)分析。
【圖文】:

模型圖,模型,性別決定基因,篩選技術(shù)


圖 1-1 花器官決定的 ABCDE 模型[13]Fig. 1-1 The ABCDE model of flower organ ide分離通常采用差減雜交篩選技術(shù),,或利用特異蛋研究者們已經(jīng)在植物差異表達(dá)基因的研究方面取物中的第一個(gè)性別決定基因 TASSELSEED2,該基

示意圖,單性花,黃瓜,性別表現(xiàn)


圖 1-2 黃瓜單性花 3 個(gè)基因的控制示意圖[20]Fig. 1-2 Three genes control cucumber unisexual flowers of schematic 植物激素對性別分化的影響物的性別表現(xiàn)除了受到遺傳物質(zhì)的調(diào)控,還與多種因素的影響有關(guān)[27],例如溫
【學(xué)位授予單位】:東北農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號】:S642.1

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本文編號:2645629

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