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蘋(píng)果蠹蛾抗藥性相關(guān)基因家族和關(guān)鍵基因抗藥性GWAS分析

發(fā)布時(shí)間:2020-03-22 19:47
【摘要】:蘋(píng)果蠹蛾在世界范圍內(nèi)廣泛分布,是一種毀滅性的檢疫害蟲(chóng),以幼蟲(chóng)蛀果為害,對(duì)全球仁果產(chǎn)業(yè)造成巨大的經(jīng)濟(jì)損失。由于長(zhǎng)期依賴(lài)化學(xué)殺蟲(chóng)劑進(jìn)行防治,致使蘋(píng)果蠹蛾在許多國(guó)家和地區(qū)抗藥性問(wèn)題日趨嚴(yán)重,同時(shí)導(dǎo)致防治成本和質(zhì)量安全隱患不斷增加。系統(tǒng)深入地研究蘋(píng)果蠹蛾抗藥性機(jī)理,挖掘新靶標(biāo)是開(kāi)辟蘋(píng)果蠹蛾防治新方法的有效途徑,迅速成為研究熱點(diǎn),同時(shí),蘋(píng)果蠹蛾基因組測(cè)序的完成大幅降低了研究難度。本文在蘋(píng)果蠹蛾基因組數(shù)據(jù)基礎(chǔ)上,利用生物信息學(xué)和分子生物學(xué)技術(shù)手段,深度挖掘蘋(píng)果蠹蛾基因組中與抗藥性相關(guān)的基因,并結(jié)合重測(cè)序數(shù)據(jù)挖掘抗藥性相關(guān)的突變位點(diǎn),獲得11個(gè)與抗性相關(guān)的基因家族,進(jìn)行了抗藥性全基因組關(guān)聯(lián)分析分析,為全面解析蘋(píng)果蠹蛾抗藥性機(jī)制提供了分子基礎(chǔ),并為新靶標(biāo)基因的挖掘,新藥劑研制和抗藥性綜合治理提供科學(xué)數(shù)據(jù)和理論依據(jù)。主要研究結(jié)果有以下三個(gè)方面:1.基于蘋(píng)果蠹蛾基因組數(shù)據(jù),從基因組水平高通量挖掘、分析抗藥性相關(guān)的基因家族,獲得了殺蟲(chóng)劑作用靶標(biāo)基因和解毒代謝相關(guān)基因家族11個(gè)。其中,與解毒代謝相關(guān)的基因家族4個(gè),包括:127個(gè)細(xì)胞色素P450基因、21個(gè)谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶基因、74個(gè)羧酸酯酶基因、66個(gè)ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白;殺蟲(chóng)劑作用靶標(biāo)基因家族7個(gè),包括:4個(gè)谷氨酸門(mén)控的氯離子通道、4個(gè)GABA門(mén)控的氯離子通道、1個(gè)鈣離子通道、1個(gè)電壓門(mén)控鈉離子通道、12個(gè)乙酰膽堿受體、2個(gè)乙酰膽堿酯酶基因和11個(gè)水通道蛋白編碼基因。此外,與其他物種的基因組比較分析發(fā)現(xiàn),蘋(píng)果蠹蛾的P450基因、ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白、水通道蛋白均有顯著擴(kuò)增的現(xiàn)象。2.靶標(biāo)抗性是昆蟲(chóng)抗藥性的一個(gè)重要機(jī)制,從蘋(píng)果蠹蛾的基因組數(shù)據(jù)中獲得12條煙堿型乙酰膽堿受體基因序列,為進(jìn)一步研究蘋(píng)果蠹蛾對(duì)新煙堿類(lèi)殺蟲(chóng)劑的靶標(biāo)抗性機(jī)制奠定基礎(chǔ)。利用現(xiàn)代分子生物學(xué)技術(shù)克隆獲得了8條蘋(píng)果蠹蛾nAChR亞基基因的全長(zhǎng)序列,對(duì)上述8個(gè)基因序列結(jié)構(gòu)的生物信息學(xué)分析表明:它們的分子量均在36-60 kD之間,PI值在4.7-8.0之間,均含有α螺旋、β折疊、延伸鏈和無(wú)規(guī)則卷曲,所含的內(nèi)含子與外顯子數(shù)目不盡相同,其基因序列比較保守。3.細(xì)胞色素P450的解毒功能也是昆蟲(chóng)抗藥性的一種重要機(jī)制。通過(guò)對(duì)蘋(píng)果蠹蛾基因組中127個(gè)P450基因進(jìn)行5’RACE克隆,成功得到100個(gè)P450基因的5’UTR區(qū)域,將其定位到基因組中并利用蘋(píng)果蠹蛾的重測(cè)序數(shù)據(jù),進(jìn)行GWAS分析。在100個(gè)P450基因的啟動(dòng)子區(qū)域共檢測(cè)到與甲基谷硫磷抗性相關(guān)的SNP位點(diǎn)5個(gè),與溴氰菊酯抗性相關(guān)的SNP位點(diǎn)49個(gè),這些P450基因大部分是Clan3和Clan4亞家族的成員。在CarE、ABC和GST等其它幾個(gè)關(guān)鍵基因的編碼區(qū)域分別找到與甲基谷硫磷抗性相關(guān)的SNP位點(diǎn)4個(gè),與溴氰菊酯抗性相關(guān)的SNP位點(diǎn)25個(gè)。
【圖文】:

蘋(píng)果蠹蛾,發(fā)育時(shí)期,幼蟲(chóng)


蠹蛾的發(fā)生與危害蛾 Cydia pomonella(L.),英文名為 Codling Moth(CM),又稱(chēng)蘋(píng)果小卷葉蛾idoptera、卷蛾科 Tortricidae、小卷蛾亞科 Olethreutinae、Cydia 屬。蘋(píng)果蠹蛾起區(qū)域,隨著蘋(píng)果的種植面積的不斷擴(kuò)大和國(guó)際果品貿(mào)易活動(dòng)的日益增加,蘋(píng)果進(jìn)行傳播與擴(kuò)散(Reyes and Sauphanor, 2008)。目前,蘋(píng)果蠹蛾在世界范圍內(nèi)分布在除了格陵蘭島和南極洲以外的 70 多個(gè)國(guó)家和地區(qū);其寄主范圍比較廣桃、沙果、石榴、杏、山楂、李、栗等幾十種植物,是一種具有毀滅性的檢疫蛾以幼蟲(chóng)直接蛀食果心,少數(shù)果實(shí)表面僅留有傷疤,多數(shù)果實(shí)表面布滿蟲(chóng)孔,色的蟲(chóng)糞和果皮碎屑由蛀孔排出,聚集在果皮的表面,以絲狀纏繞,串掛在蛀實(shí)的品質(zhì),為害嚴(yán)重時(shí)會(huì)造成大量落果,影響果實(shí)的產(chǎn)量,對(duì)全球仁果產(chǎn)業(yè)造953 年,新疆庫(kù)爾勒地區(qū)首次發(fā)現(xiàn)蘋(píng)果蠹蛾(張學(xué)祖, 1957),之后以其為中心向,導(dǎo)致新疆全境果園均有不同程度的發(fā)生。目前,蘋(píng)果蠹蛾在甘肅省中西部、黑龍江南部地區(qū)、內(nèi)蒙古西部地區(qū)以及遼寧綏中等地區(qū)均有分布,蘋(píng)果蠹蛾的原和渤海灣的蘋(píng)果產(chǎn)區(qū)帶來(lái)了致命威脅(楊樺等, 2012)。截止到 2015 年,蘋(píng)造成的經(jīng)濟(jì)損失高達(dá) 2.98 億元,其中產(chǎn)量損失為每年 1.40 億元,防治費(fèi)用為每等, 2015)。

煙堿型乙酰膽堿受體


圖 1-2 煙堿型乙酰膽堿受體的結(jié)構(gòu)(Jones and Sattelle, 2010)Figure 1-2 Structure of nAChRs(Jones and Sattelle, 2010)蟲(chóng)煙堿型乙酰膽堿受體亞基的研究神經(jīng)系統(tǒng)中重要的酶或受體是大多數(shù)殺蟲(chóng)劑的作用靶標(biāo),作為昆蟲(chóng)神經(jīng)系統(tǒng)中織之一的煙堿型乙酰膽堿受體便成為了神經(jīng)毒性類(lèi)殺蟲(chóng)劑的選擇性靶標(biāo)(Mat的基因組于 2000 年發(fā)表(Deng et al., 2000),之后更多昆蟲(chóng)的全基因組測(cè)序被陸了昆蟲(chóng) nAChRs 的研究。通過(guò)基因組測(cè)序發(fā)現(xiàn),與脊椎動(dòng)物相比,昆蟲(chóng)的 nA較小。在已發(fā)表的全基因組昆蟲(chóng)中,煙堿型乙酰膽堿受體亞基基因數(shù)量統(tǒng)計(jì)如phila melalogaster)10 個(gè)(Dα1-7,Dβ1-3)(Adams et al., 2000);家蠶(Bombyxα1-9,,Bmβ1-3)(Shao et al., 2007);岡比亞按蚊(Anopheles gambiae)10 個(gè)(A)(Holt et al., 2002; Jones et al., 2005);意大利蜜蜂(Apismallifera)11 個(gè)(Am-2)(Usda, 2006; Bentley et al., 2007);麗蠅蛹集金小蜂(Nasonia vitripennis-12,Nvβ1-4)(Jones et al., 2010; Werren et al., 2010),豌豆蚜(Acyrthosiphon pi1-4,Apa6-10,Apβ1-2)(Dale et al., 2010; Tagu et al., 2010),赤擬谷盜(Tribolium c
【學(xué)位授予單位】:中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類(lèi)號(hào)】:S433.4

【參考文獻(xiàn)】

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3 訾靜;CYP2C9基因多態(tài)性對(duì)雙氯芬酸代謝以及藥物抑制性相互作用的影響[D];西北大學(xué);2010年



本文編號(hào):2595532

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