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香蕉全基因組NBS抗病基因密碼子使用偏好性分析

發(fā)布時間:2019-10-10 18:20
【摘要】:為了解香蕉NBS抗病基因的密碼子使用特點,掌握其基因編碼規(guī)律,以香蕉全基因組NBS基因的74條高置信蛋白編碼信息為數(shù)據(jù)來源,借助Codon W等軟件對蛋白質(zhì)的每個氨基酸編碼數(shù)據(jù)進行了統(tǒng)計分析。結(jié)果表明,G+C含量范圍為32.8%~45.4%,共鑒定獲得了GUC和UAC等8個最優(yōu)密碼子且全部以G或C結(jié)尾。中性繪圖分析發(fā)現(xiàn),大部分基因分布在對角線及其附近區(qū)域,ENC與GC3的關(guān)聯(lián)分析顯示大部分基因落在標準曲線附近,這些都表明密碼子偏好性受到堿基突變影響較大。密碼子各參數(shù)相關(guān)性分析表明,ENC和G3s、C3s的大小都呈顯著負相關(guān),在基因表達密碼子使用時,更傾向于選擇第三位堿基是G/C的同義密碼子。本研究分析了香蕉全基因組NBS基因的密碼子偏好性,為通過密碼子優(yōu)化來提高NBS基因在香蕉中的表達,對香蕉進行抗性改良具有十分重要的指導(dǎo)作用。
【作者單位】: 廣西作物遺傳改良生物技術(shù)重點開放實驗室;廣西農(nóng)業(yè)科學院;
【基金】:廣西八桂學者專項資金項目([2013]3號) 廣西自然科學基金重點項目(2015GXNSFDA139014) 廣西農(nóng)科院科技發(fā)展基金(桂農(nóng)科2015JM28)共同資助
【分類號】:S668.1;Q943.2

【參考文獻】

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本文編號:2547276

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