發(fā)布時(shí)間：2019-05-08 07:29

【摘要】：發(fā)菜是一種陸生耐旱固氮藍(lán)藻,具有重要的生態(tài)和資源價(jià)值,但目前發(fā)菜的基因組和轉(zhuǎn)錄組信息還比較缺乏。本研究采用Illumina Hi Seq TM 2500高通量測(cè)序平臺(tái)對(duì)充分吸水和失水后的發(fā)菜藻體進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,經(jīng)過拼接組裝共獲得30 013 560條clean reads,3 100個(gè)Unigene,序列平均長(zhǎng)度854 nt。將Unigene序列與NR、NT、Swiss-Port、PFAM、GO、COG、KEGG(E-value1.0E~(-5))等數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì),共有2 874個(gè)Unigene獲得了注釋。通過GO功能分類,917個(gè)Unigene映射到GO不同功能節(jié)點(diǎn)上;通過Unigene與COG數(shù)據(jù)庫(kù)的比對(duì),可將有COG功能的514個(gè)Unigene分為20類;通過KEGG pathway分析,有1 220個(gè)編碼基因參與了135條已知的代謝通路。提示谷胱甘肽、類胡蘿卜素、淀粉和蔗糖、ABC轉(zhuǎn)運(yùn)體等代謝途徑的部分基因在失水藻體上調(diào)表達(dá),說(shuō)明這些通路與發(fā)菜耐旱性關(guān)系密切。因此這些注釋信息為今后發(fā)菜耐旱基因的挖掘提供了重要依據(jù),同時(shí)也為發(fā)菜分子生物學(xué)的進(jìn)一步研究提供了試驗(yàn)基礎(chǔ)。
[Abstract]:Nostoc is a kind of terrestrial nitrogen-fixing cyanobacteria, which has important ecological and resource value. However, the information of genome and transcript of lettuce is still lacking at present. In this study, the Illumina Hi Seq TM 2500 high throughput sequencing platform was used to analyze the transcripts of fully absorbed and dehydrated seaweed. A total of 30,013,560 clean reads,3 100 Unigene, sequences with an average length of 854 nt. were obtained by splicing and assembling. The Unigene sequence was compared with NR,NT,Swiss-Port,PFAM,GO,COG,KEGG (Evalue1.0E~ (- 5) database, and a total of 2874 Unigene were annotated. Through the classification of GO functions, 917 Unigene are mapped to different functional nodes of GO, and through the comparison of Unigene and COG database, the 514 Unigene with COG function can be divided into 20 categories. By KEGG pathway analysis, 1 220 coding genes were involved in 135 known metabolic pathways. It was suggested that some genes of metabolic pathways such as glutathione carotenoid starch sucrose and ABC transporter were up-regulated in dehydrated algae suggesting that these pathways are closely related to drought tolerance of lettuce. Therefore, these annotated information provide an important basis for the excavation of drought-tolerant genes in the future, and also provide an experimental basis for the further study of molecular biology of the lettuce.
【作者單位】： 寧夏大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31360054) 寧夏自然科學(xué)基金項(xiàng)目(NZ1608)共同資助
【分類號(hào)】：Q943.2

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本文編號(hào)：2471717