【摘要】：為深入研究腸道細(xì)菌乳糖酶基因多樣性,根據(jù)NCBI公布的細(xì)菌乳糖酶基因[Beta-galactosidase(lac Z)]序列,利用軟件Primer Premier 5.0前后設(shè)計(jì)合成7對(duì)通用引物,經(jīng)過PCR擴(kuò)增、宏基因組測(cè)序和生物信息學(xué)分析進(jìn)行引物篩選.PCR擴(kuò)增電泳中,436R、375R、217R和406R四對(duì)引物沒有擴(kuò)增出目的片段,436、324和194三對(duì)引物均有目的條帶擴(kuò)出.內(nèi)容物樣品擴(kuò)增,436引物條帶最清晰,靈敏性高,324和194引物條帶質(zhì)量相差不大;粘膜樣品擴(kuò)增,324引物均擴(kuò)增出目的條帶,條帶清晰明亮.436引物只擴(kuò)增出一個(gè)樣品的目的條帶,靈敏度較差;194引物擴(kuò)增雜帶多,特異性差.樣品序列統(tǒng)計(jì)方面,刪除宿主序列信息后,內(nèi)容物樣品中,194、324和436三對(duì)引物最終序列比例均達(dá)98%以上;粘膜樣品中,194引物特異性最差,436引物最好,324引物居中.OTU聚類和注釋方面,內(nèi)容物樣品中,324引物擴(kuò)增物種也較436引物多;粘膜樣品中,324引物能聚類最多的物種.Alpha多樣性方面,內(nèi)容物樣品中,324引物的Chao1、ACE、Simpson、Shannon指數(shù)較436引物大,436引物的Simpson、Shannon指數(shù)較194引物大;粘膜樣品中,324引物的Chao1、ACE、Simpson、Shannon指數(shù)均較436引物大.綜合分析,對(duì)腸道內(nèi)容物和腸道粘膜細(xì)菌乳糖酶基因多樣性研究選用324通用引物最佳.
[Abstract]:In order to study the diversity of intestinal bacterial lactase gene, seven pairs of universal primers were designed and synthesized by using software Primer Premier 5.0.Based on the sequence of bacterial lactase gene [Beta-galactosidase (lac Z)] published by NCBI, 7 pairs of primers were designed and synthesized before and after PCR amplification. Four pairs of primers, 436R, 375R, 217R and 406R, did not amplify the target fragment, but three pairs of 436324 and 194 pairs of primers all had the target band in the PCR amplification of 436R, 375R, 217R and 406R. The bands of 436 primers were the clearest, the sensitivity was high, and the band quality of 324 and 194 primers had no significant difference. The target bands were amplified with 324 primers and only one sample was amplified with 436 primers with poor sensitivity and 194 primers with many heterozygotes and poor specificity. In terms of sample sequence statistics, after deleting host sequence information, the final sequence proportion of 194324 and 436 pairs of primers was more than 98% in the entrapment samples. In mucosa samples, 194 primers had the worst specificity, 436 primers were the best, 324 primers were in the middle. In OTU cluster and annotation, 324 primers amplified more species than 436 primers in the content sample. In mucosal samples, 324 primers could cluster the most species. Alpha diversity, the Chao1,ACE,Simpson,Shannon index of 324 primer was higher than that of 436 primer, and the Simpson,Shannon index of 436 primer was higher than that of 194 primer. In mucosa samples, the Chao1,ACE,Simpson,Shannon index of 324 primer was higher than that of 436 primer. According to the comprehensive analysis, 324 universal primers were the best for the study of intestinal contents and intestinal mucosal bacterial lactase gene diversity.
【作者單位】： 湖南中醫(yī)藥大學(xué);湖南人文科技學(xué)院數(shù)學(xué)與金融學(xué)院;
【基金】：國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(81573951)資助~~
【分類號(hào)】：Q933

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本文編號(hào)：2466316