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肺炎鏈球菌莢膜基因轉(zhuǎn)錄及其調(diào)控機(jī)制的研究

發(fā)布時(shí)間:2021-03-23 21:45
  肺炎鏈球菌是寄生在人類上呼吸道上主要的病原菌之一。肺炎鏈球菌可以引起急性肺炎、腦膜炎、中耳炎和敗血癥等,每年在全球范圍內(nèi)至少導(dǎo)致1百多萬人死亡。多糖莢膜是肺炎鏈球菌最重要的致病因子,主要通過其多糖分子的負(fù)電荷來排斥白細(xì)胞的吞噬,幫助細(xì)菌逃逸宿主免疫系統(tǒng)的檢測(cè)和殺菌功能。肺炎鏈球菌能夠產(chǎn)生至少97種不同的多糖莢膜(血清型),每種莢膜都是由單個(gè)(37型)或多個(gè)(其他型)基因(基因簇)所編碼的多糖聚合酶來合成的。目前對(duì)肺炎鏈球菌莢膜合成基因在多糖合成和轉(zhuǎn)運(yùn)方面的功能已經(jīng)有了大量的研究,但是在國際范圍內(nèi)對(duì)這些基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制仍然了解甚少。本課題的主要研究目標(biāo)是闡述肺炎鏈球菌莢膜合成基因的轉(zhuǎn)錄機(jī)制。首先,我們研究分析了血清型2 D39菌株莢膜基因簇的轉(zhuǎn)錄特點(diǎn)。確定莢膜基因的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)位于cps2A基因(莢膜基因簇的第一個(gè)基因)上游第25th的鳥嘌呤G。通過染色體突變和熒光報(bào)告系統(tǒng),揭示莢膜基因的轉(zhuǎn)錄不但依賴于cps2A基因上游核心啟動(dòng)子區(qū)域,而且還需要其上游的三個(gè)增強(qiáng)子元件(轉(zhuǎn)座子插入序列IE、RUP和一個(gè)鏈接序列SS)。這些序列在D39菌株染色體上的敲除和置換實(shí)驗(yàn)顯示核心啟動(dòng)子和每個(gè)增強(qiáng)子元件在莢膜合成和致病性方面都具有重要的貢獻(xiàn)。其次,我們測(cè)定了225株肺炎鏈球菌臨床菌株莢膜基因啟動(dòng)子和增強(qiáng)子DNA序列,結(jié)果發(fā)現(xiàn)這個(gè)區(qū)域在增強(qiáng)子元件的排布和DNA序列上具有高度的多樣性。主要表現(xiàn)為:1)序列本身和長短的變化;2)核酸序列組合的多樣化;3)保守序列的選擇性組合;4)與莢膜基因非一一對(duì)應(yīng)的關(guān)系。啟動(dòng)子 增強(qiáng)子置換實(shí)驗(yàn)明確地揭示:莢膜基因增強(qiáng)子元件序列的變異會(huì)導(dǎo)致其下游莢膜基因轉(zhuǎn)錄水平的顯著差異和莢膜厚度的相應(yīng)變化。最后,增強(qiáng)子元件的變異可以導(dǎo)致肺炎鏈球菌菌株在致病性方面的顯著性差異。綜上所述,本課題在國際上第一次揭示了肺炎鏈球菌通過多個(gè)不同的增強(qiáng)子元件來調(diào)控莢膜基因的轉(zhuǎn)錄水平,從而調(diào)控其莢膜的厚度。肺炎鏈球菌還可以通過自然轉(zhuǎn)化所介導(dǎo)的DNA序列平行轉(zhuǎn)移來相互交換莢膜基因,改變莢膜基因增強(qiáng)子元件在染色體上的相對(duì)排布位置和DNA序列,由此調(diào)控莢膜厚度及其相關(guān)的生物學(xué)特性。本課題為充分理解肺炎鏈球菌莢膜合成的調(diào)控機(jī)理奠定了可靠的理論基礎(chǔ),為進(jìn)一步闡明肺炎鏈球菌在致病性方面的分子機(jī)制提供了重要的信息。
【學(xué)位授予單位】:清華大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位授予年份】:2016
【分類號(hào)】:R378.12
文章目錄
摘要
Abstract
主要英文縮略詞對(duì)照表
第1章 引言
    1.1 肺炎鏈球菌概述
        1.1.1 肺炎鏈球菌的侵染和定植
        1.1.2 肺炎鏈球菌的抗藥性
    1.2 肺炎鏈球菌的逃逸機(jī)制
    1.3 莢膜多糖是肺炎鏈球菌逃逸免疫系統(tǒng)的關(guān)鍵結(jié)構(gòu)
    1.4 肺炎鏈球菌表型多樣性的決定因素
        1.4.1 肺炎鏈球菌的自然轉(zhuǎn)化能力
        1.4.2 肺炎鏈球菌中非自然轉(zhuǎn)化導(dǎo)致的特定位點(diǎn)的同源重組
    1.5 肺炎鏈球菌中莢膜多糖所面臨的科學(xué)問題和擬解決的問題
    1.6 論文的研究方法
    1.7 本論文的研究意義
    1.8 本論文的研究結(jié)構(gòu)
第2章 實(shí)驗(yàn)材料和方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)菌株和質(zhì)粒
        2.1.2 實(shí)驗(yàn)所需試劑
        2.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 細(xì)菌培養(yǎng)
        2.2.2 肺炎鏈球菌基因組DNA和大腸桿菌中質(zhì)粒的提取
        2.2.3 肺炎鏈球菌血清型的鑒定
        2.2.4 肺炎鏈球菌自然轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)
        2.2.5 luc熒光蛋白報(bào)告系統(tǒng)的構(gòu)建和測(cè)定
        2.2.6 肺炎鏈球菌的基因敲除和回補(bǔ)菌株的構(gòu)建
        2.2.7 肺炎鏈球菌生長速率的測(cè)定
        2.2.8 肺炎鏈球菌莢膜多糖的測(cè)定
        2.2.9 肺炎鏈球菌與細(xì)胞的粘附實(shí)驗(yàn)
        2.2.10 RNA提取和Northern印跡
        2.2.11 逆轉(zhuǎn)錄PCR和實(shí)時(shí)定量PCR
        2.2.12 引物延伸鑒定轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)
        2.2.13 肺炎鏈球菌的動(dòng)物感染實(shí)驗(yàn)
        2.2.14 七價(jià)疫苗抗體制備
        2.2.15 統(tǒng)計(jì)分析
        2.2.16 倫理申明
第3章 針對(duì)肺炎鏈球菌莢膜多糖啟動(dòng)子和操縱子的研究
    3.1 確定肺炎鏈球菌D39菌株中17個(gè)莢膜合成相關(guān)基因的共轉(zhuǎn)錄
    3.2 鑒定肺炎鏈球菌D39的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)
    3.3 確定肺炎鏈球菌D39莢膜基因上游序列對(duì)cps轉(zhuǎn)錄水平的影響
    3.4 確定SS序列中影響莢膜基因轉(zhuǎn)錄水平的關(guān)鍵區(qū)域
    3.5 確定肺炎鏈球菌D39莢膜基因上游dexB和cps2A之間的序列對(duì)莢膜合成的影響
    3.6 確定肺炎鏈球菌TIGR4莢膜基因上游SS序列對(duì)cps轉(zhuǎn)錄水平和莢膜合成的影響
    3.7 確定肺炎鏈球菌D39莢膜基因上游序列對(duì)粘附真核細(xì)胞的影響
    3.8 確定D39莢膜基因上游序列對(duì)肺炎鏈球菌毒力的影響
    3.9 肺炎鏈球菌莢膜多糖基因簇中保守基因cpsABCD對(duì)莢膜基因轉(zhuǎn)錄水平的影響
    3.10 討論
    3.11 小結(jié)
第4章 肺炎鏈球菌多樣性莢膜啟動(dòng)子的生物學(xué)意義
    4.1 侵襲性肺炎鏈球菌莢膜基因上游序列組成和核苷酸多態(tài)性分析
    4.2 確定22種IPD莢膜基因上游序列對(duì)轉(zhuǎn)錄水平的影響
    4.3 IPD莢膜基因上游序列的內(nèi)在變化能調(diào)節(jié)莢膜的合成量
    4.4 IPD莢膜基因上游序列的變化能調(diào)節(jié)與宿主細(xì)胞的粘附和致病性
    4.5 肺炎鏈球菌血清型 6B多樣性莢膜啟動(dòng)子在D39中的影響
    4.6 血清型 6B多樣性莢膜啟動(dòng)子在ST858(type 6B)中的影響
    4.7 討論
        4.7.1 肺炎鏈球菌可以通過莢膜基因的轉(zhuǎn)錄變化調(diào)節(jié)莢膜的合成
        4.7.2 肺炎鏈球菌多樣性的莢膜啟動(dòng)子序列和致病性之間的關(guān)系
        4.7.3 肺炎鏈球菌多樣性的莢膜啟動(dòng)子序列是自然選擇的結(jié)果
        4.7.4 肺炎鏈球菌的自然轉(zhuǎn)化能力是致使莢膜啟動(dòng)子多樣性的主要機(jī)制
    4.8 小結(jié)
第5章 莢膜啟動(dòng)子core和SS序列中核苷酸功能的鑒定
    5.1 熒光報(bào)告系統(tǒng)檢測(cè)core序列中起關(guān)鍵作用的位點(diǎn)
    5.2 熒光報(bào)告系統(tǒng)檢測(cè)SS序列中起關(guān)鍵作用的位點(diǎn)
    5.3 討論
    5.4 小結(jié)
第6章 總結(jié)和展望
    6.1 論文總結(jié)
    6.2 論文展望
        6.2.1 氧氣濃度影響肺炎鏈球菌莢膜合成的思考
        6.2.2 糖水化合物影響肺炎鏈球菌莢膜合成的思考
        6.2.3 上皮細(xì)胞影響肺炎鏈球菌莢膜合成的思考
        6.2.4 血液成分影響肺炎鏈球菌莢膜合成的思考
        6.2.5 生物被膜形成對(duì)肺炎鏈球菌莢膜合成影響的思考
        6.2.6 肺炎鏈球菌莢膜基因cpsABCD對(duì)莢膜合成的影響
        6.2.7 SpxB和SpxR對(duì)肺炎鏈球菌莢膜合成的影響
        6.2.8 限制修飾系統(tǒng)對(duì)肺炎鏈球菌莢膜合成的影響
參考文獻(xiàn)
致謝
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本文編號(hào):2432622

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